Соединения и способы для лечения и диагностики хламидийной инфекции

Соединения и способы для лечения и диагностики хламидийной инфекции

Иллюстрации

Показать все

Реферат

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ

Данное изобретение относится в основном к обнаружению и лечению хламидийной инфекции. В частности, данное изобретение относится к полипептидам, содержащим антиген Chlamydia, и применению таких полипептидов для серодиагностики и лечения хламидийной инфекции.

ПРЕДПОСЫЛКИ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Chlamydia являются внутриклеточными бактериальными патогенами, которые ответственны за большое разнообразие важных инфекций человека и животных. Chlamydia trachomatis является одной из наиболее обычных причин передающихся половым путем заболеваний и может приводить к воспалению тазовых органов (PID), ведущему к непроходимости маточных труб и бесплодию. Chlamydia trachomatis может также играть роль в мужском бесплодии. В 1990 году расходы на лечение PID в США оценивались в 4 миллиарда долларов. Трахома, вызываемая глазной инфекцией Chlamydia trachomatis, является основной причиной предотвращаемой слепоты во всем мире. Chlamydia pneumoniae является основной причиной острых инфекций дыхательных путей у человека и, как считается, играет роль в патогенезе атеросклероза и, в частности, ишемической болезни сердца. Было показано, что индивидуумы с высоким титром антител к Chlamydia pneumoniae имеют, по меньшей мере, вдвое большую вероятность заболевания ишемической болезнью сердца, чем сероотрицательные индивидуумы. Таким образом, хламидийные инфекции составляют существенную проблему здравоохранения как в США, так и во всем мире.

Хламидийная инфекция часто является бессимптомной. Например, к тому времени, когда женщина обращается к врачу по поводу PID, необратимое повреждение может уже произойти, приводя к бесплодию. Таким образом, в данной области остается потребность в усовершенствованных вакцинах и фармацевтических композициях для профилактики и лечения хламидийных инфекций. Данное изобретение удовлетворяет данную потребность и дополнительно обеспечивает другие связанные с данным преимущества.

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Данное изобретение относится к композициям и способам диагностики и терапии инфекции Chlamydia. В одном аспекте данное изобретение относится к полипептидам, содержащим иммуногенную часть антигена Chlamydia или вариант такого антигена. Определенные части и другие варианты являются иммуногенными, так что способность такого варианта взаимодействовать с антиген-специфическими антисыворотками по существу не уменьшается. В некоторых вариантах данный полипептид содержит аминокислотную последовательность, кодируемую полинуклеотидной последовательностью, выбранной из группы, состоящей из (а) последовательностей SEQ ID NO:358-361, 366-385, 406-430, 455-489, 515-517, 523-559 и 582-596; (b) комплементов указанных последовательностей и (с) последовательностей, которые гибридизуются с последовательностью (а) или (b) в умеренно жестких условиях - условиях высокой жесткости. В конкретных вариантах полипептиды данного изобретения содержат, по меньшей мере, часть белка Chlamydia, которая включает аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей, представленных в SEQ ID NO:362-365, 386-405, 431-454, 490-515, 518-522, 560-581 и 597-599, и их вариантов.

Далее, данное изобретение относится к полинуклеотидам, которые кодируют полипептид, описанный выше, или его часть (например, часть, кодирующую, по меньшей мере, 15 аминокислотных остатков белка Chlamydia), экспрессирующие векторы, содержащие такие полинуклеотиды, и клетки-хозяева, трансформированные или трансфицированные такими экспрессирующими векторами.

В родственном аспекте представлены также полинуклеотидные последовательности, кодирующие вышеуказанные полипептиды, рекомбинантные экспрессирующие векторы, содержащие одну или несколько из данных полинуклеотидных последовательностей, и клетки-хозяева, трансформированные или трансфицированные такими экспрессирующими векторами.

В другом аспекте данное изобретение относится к слитым белкам, содержащим полипептид данного изобретения или, альтернативно, полипептид данного изобретения и известный антиген Chlamydia, а также полинуклеотиды, кодирующие такие слитые белки, в комбинации с физиологически приемлемым носителем или иммуностимулятором для применения в качестве их фармацевтических композиций и вакцин.

Данное изобретение относится, кроме того, к фармацевтическим композициям, которые содержат: (а) антитело, как поликлональное, так и моноклональное, или его антигенсвязывающий фрагмент, который специфически связывается с белком Chlamydia; и (b) физиологически приемлемый носитель. В других аспектах данное изобретение относится к фармацевтическим композициям, которые содержат один или более из описываемых полипептидов Chlamydia, например полипептид, представленный в SEQ ID NO:362-365, 386-405, 431-454, 490-515, 518-522, 560-581 и 597-599, или полинуклеотидную молекулу, кодирующую такой полипептид, такую как полинуклеотид, представленный в SEQ ID NO:358-361, 366-385, 406-430, 455-489, 516-517, 523-559 и 582-596, и физиологически приемлемый носитель. Данное изобретение относится также к вакцинам для профилактических и терапевтических целей, содержащим один или несколько из описываемых полипептидов и иммуностимулятор вместе с вакцинами, содержащими одну или несколько полинуклеотидных последовательностей, кодирующих такие полипептиды, и иммуностимулятор.

Еще в одном аспекте представлены способы индукции защитного иммунитета у пациента, предусматривающие введение пациенту эффективного количества одной или нескольких из указанных выше фармацевтических композиций или вакцин.

В следующем аспекте представлены способы лечения инфекции Chlamydia у пациента, предусматривающие получение мононуклеарных клеток периферической крови (РВМС) от пациента, инкубирование данных РВМС с полипептидом данного изобретения (или полинуклеотидом, который кодирует такой полипептид), для получения инкубированных Т-клеток и введение инкубированных Т-клеток пациенту. Данное изобретение относится дополнительно к способам лечения инфекции Chlamydia, которые предусматривают инкубирование антигенпрезентирующих клеток с полипептидом данного изобретения (или полинуклеотидом, который кодирует такой полипептид), для получения инкубированных антигенпрезентирующих клеток и введение инкубированных антигенпрезентирующих клеток пациенту. Пролиферированные клетки могут быть, но не обязательно, клонированы перед введением пациенту. В некоторых вариантах антигенпрезентирующие клетки выбирают из группы, состоящей из дендритных клеток, макрофагов, моноцитов, В-клеток и фибробластов. Представлены также композиции для лечения инфекции Chlamydia, содержащие Т-клетки или антигенпрезентирующие клетки, которые были инкубированы с полипептидом или полинуклеотидом данного изобретения. В родственных аспектах представлены вакцины, которые содержат: (а) антигенпрезентирующую клетку, которая экспрессирует полипептид, описанный выше, и (b) иммуностимулятор.

Данное изобретение относится дополнительно, в других аспектах, к способам удаления инфицированных Chlamydia клеток из биологического образца, предусматривающим контактирование биологического образца с Т-клетками, которые специфически реагируют с белком Chlamydia, где стадию контактирования выполняют в условиях и в течение времени, достаточных для обеспечения удаления клеток, экспрессирующих данный белок, из образца.

В родственных аспектах представлены способы ингибирования развития инфекции Chlamydia у пациента, предусматривающие введение пациенту биологического образца, обработанного, как описано выше. В следующих аспектах данное изобретение относится к способам и диагностическим наборам для обнаружения инфекции Chlamydia у пациента. В одном варианте данный способ предусматривает: (а) контактирование биологического образца, по меньшей мере, с одним из полипептидов или слитых белков, описываемых здесь; и (b) определение в данном образце присутствия связывающих агентов, которые связываются с данным полипептидом или слитым белком, с обнаружением, таким образом, инфекции Chlamydia в данном биологическом образце. Подходящие биологические образцы включают цельную кровь, мокроту, сыворотку, плазму, слюну, цереброспинальную жидкость и мочу. В одном варианте диагностические наборы содержат один или несколько полипептидов или слитых белков, описываемых в комбинации с детектирующим реагентом. Еще в одном варианте диагностические наборы содержат либо моноклональное антитело, либо поликлональное антитело, которое связывается с полипептидом данного изобретения.

Данное изобретение относится также к способам обнаружения инфекции Chlamydia, предусматривающим: (а) получение биологического образца от пациента; (b) контактирование данного образца, по меньшей мере, с двумя олигонуклеотидными праймерами в полимеразной цепной реакции, причем, по меньшей мере, один из данных олигонуклеотидных праймеров является специфическим в отношении описываемой полинуклеотидной последовательности; и (с) определение в данном образце полинуклеотидной последовательности, которая амплифицируется в присутствии данных олигонуклеотидных праймеров. В одном варианте данный олигонуклеотидный праймер содержит, по меньшей мере, приблизительно 10 смежных нуклеотидов описываемой полинуклеотидной последовательности или последовательности, которая гибридизуется с ней.

В следующем аспекте данное изобретение относится к способу обнаружения инфекции Chlamydia у пациента, предусматривающему: (а) получение биологического образца от данного пациента; (b) контактирование данного образца с олигонуклеотидным зондом, специфическим для описываемой полинуклеотидной последовательности; и (с) определение в образце полинуклеотидной последовательности, которая гибридизуется с данным олигонуклеотидным зондом. В одном варианте данный олигонуклеотидный зонд содержит, по меньшей мере, приблизительно 15 смежных нуклеотидов описываемого полинуклеотида или последовательность, которая гибридизуется с ними.

Данные и другие аспекты данного изобретения станут очевидными при ссылке на следующее подробное описание. Все представленные ссылки тем самым включены в данное описание в виде ссылок во всей их полноте, как если бы каждая из них была включена индивидуально.

ИДЕНТИФИКАТОРЫ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

SEQ ID NO:1 является определенной последовательностью ДНК для клона 1-В1-66 C. trachomatis.

SEQ ID NO:2 является определенной последовательностью ДНК для клона 4-D7-28 C. trachomatis.

SEQ ID NO:3 является определенной последовательностью ДНК для клона 3-G3-10 C. trachomatis.

SEQ ID NO:4 является определенной последовательностью ДНК для клона 10-С10-31 C. trachomatis.

SEQ ID NO:5 является предсказанной аминокислотной последовательностью для 1-В1-66.

SEQ ID NO:6 является предсказанной аминокислотной последовательностью для 4-D7-28.

SEQ ID NO:7 является первой предсказанной аминокислотной последовательностью для 3-G3-10.

SEQ ID NO:8 является второй предсказанной аминокислотной последовательностью для 3-G3-10.

SEQ ID NO:9 является третьей предсказанной аминокислотной последовательностью для 3-G3-10.

SEQ ID NO:10 является четвертой предсказанной аминокислотной последовательностью для 3-G3-10.

SEQ ID NO:11 является пятой предсказанной аминокислотной последовательностью для 3-G3-10.

SEQ ID NO:12 является предсказанной аминокислотной последовательностью для 10-С10-31.

SEQ ID NO:13 является аминокислотной последовательностью синтетического пептида 1-В1-66/48-67.

SEQ ID NO:14 является аминокислотной последовательностью синтетического пептида 1-В1-66/58-77.

SEQ ID NO:15 является определенной последовательностью ДНК для клона 2С7-8 серовара LGV II C. trachomatis.

SEQ ID NO:16 является последовательностью ДНК предполагаемой открытой рамки считывания из района генома серовара D C. trachomatis, в котором картирован 2С7-8.

SEQ ID NO:17 является предсказанной аминокислотной последовательностью, кодируемой последовательностью ДНК SEQ ID NO:16.

SEQ ID NO:18 является аминокислотной последовательностью синтетического пептида CtC7.8-12.

SEQ ID NO:19 является аминокислотной последовательностью синтетического пептида CtC7.8-13.

SEQ ID NO:20 является предсказанной аминокислотной последовательностью, кодируемой второй предполагаемой открытой рамкой считывания из серовара D C. trachomatis.

SEQ ID NO:21 является определенной последовательностью ДНК для клона 4С9-18 из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:22 является определенной последовательностью ДНК, гомологичной липоамиддегидрогеназе из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:23 является определенной последовательностью ДНК, гомологичной гипотетическому белку из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:24 является определенной последовательностью ДНК, гомологичной убихинонметилтрансферазе из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:25 является определенной последовательностью ДНК для клона 4С9-18#2 BL21 pLysS из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:26 является предсказанной аминокислотной последовательностью для 4C9-18#2 из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:27 является определенной последовательностью ДНК для Ср-SWIB из штамма TWAR C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:28 является предсказанной аминокислотной последовательностью для Ср-SWIB из штамма TWAR C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:29 является определенной последовательностью ДНК для Ср-S13 (СТ509) из штамма TWAR C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:30 является предсказанной аминокислотной последовательностью для Cp-S13 из штамма TWAR C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:31 является аминокислотной последовательностью для 10-мерного консенсусного пептида из CtC7.8-12 и CtC7.8-13.

SEQ ID NO:32 является предсказанной аминокислотной последовательностью для клона 2С7-8 из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:33 является последовательностью ДНК, соответствующей нуклеотидам 597304-597145 генома серовара D C. trachomatis (NCBI, BLASTN-поиск), которая обнаруживает гомологию с клоном 2С7-8.

SEQ ID NO:34 является предсказанной аминокислотной последовательностью, кодируемой последовательностью SEQ ID NO:33.

SEQ ID NO:35 является последовательностью ДНК для С.p. SWIB Nde (5' праймера) из C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:36 является последовательностью ДНК для С.p. SWIB EcoRI (3' праймера) из C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:37 является последовательностью ДНК для С.p. S13 Nde (5' праймера) из C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:38 является последовательностью ДНК для С.p. S13 EcoRI (3' праймера) из C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:39 является аминокислотной последовательностью для пептида CtSwib 52-67 из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:40 является аминокислотной последовательностью для пептида CpSwib 53-68 из C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:41 является аминокислотной последовательностью для пептида HuSwib 288-302 из домена SWI человека.

SEQ ID NO:42 является аминокислотной последовательностью для пептида CtSWI-T 822-837 из слитого белка топоизомераза-SWIB C. trachomatis.

SEQ ID NO:43 является аминокислотной последовательностью для пептида CpSWI-T 828-842 из слитого белка топоизомераза-SWIB C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:44 является первой определенной последовательностью ДНК для клона 19783.3,jen.seq(1>509)CTL2#11-3' C. trachomatis LGV II, представляющей 3' конец.

SEQ ID NO:45 является второй определенной последовательностью ДНК для клона 19783.4,jen.seq(1>481)CTL2#11-5' C. trachomatis LGV II, представляющей 5' конец.

SEQ ID NO:46 является определенной последовательностью ДНК для клона 19784CTL2_12consensus.seq(1>427)CTL2#12 C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:47 является определенной последовательностью ДНК для клона 19785.4,jen.seq(1>600)CTL2#16-5' C. trachomatis LGV II, представляющей 5' конец.

SEQ ID NO:48 является первой определенной последовательностью ДНК для клона 19786.3,jen.seq(1>600)CTL2#18-3' C. trachomatis LGV II, представляющей 3' конец.

SEQ ID NO:49 является второй определенной последовательностью ДНК для клона 19786.4,jen.seq(1>600)CTL2#18-5' C. trachomatis LGV II, представляющей 3' конец.

SEQ ID NO:50 является определенной последовательностью ДНК для клона 19788CTL2_21consensus.seq(1>406)CTL2#21 C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:51 является определенной последовательностью ДНК для клона 19790CTL2_23consensus.seq(1>602)CTL2#23 C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:52 является определенной последовательностью ДНК для клона 19791CTL2_24consensus.seq(1>145)CTL2#24 C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:53 является определенной последовательностью ДНК для клона CTL2#4 C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:54 является определенной последовательностью ДНК для клона CTL2#8b C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:55 является определенной последовательностью ДНК для клона 15-G1-89 C. trachomatis LGV II, имеющей гомологию относительно гена липоамиддегидрогеназы СТ557.

SEQ ID NO:56 является определенной последовательностью ДНК для клона 14-H1-4 C. trachomatis LGV II, имеющей гомологию относительно гена тиол-специфического антиоксиданта СТ603.

SEQ ID NO:57 является определенной последовательностью ДНК для клона 12-G3-83 C. trachomatis LGV II имеющей гомологию относительно гипотетического белка СТ622.

SEQ ID NO:58 является определенной последовательностью ДНК для клона 12-B3-95 C. trachomatis LGV II, имеющей гомологию относительно гена липоамиддегидрогеназы СТ557.

SEQ ID NO:59 является определенной последовательностью ДНК для клона 11-Н4-28 C. trachomatis LGV II, имеющей гомологию относительно гена dnaK гена СТ396.

SEQ ID NO:60 является определенной последовательностью ДНК для клона 11-Н3-68 C. trachomatis LGV II, имеющей частичную гомологию относительно вирулентного белка PGP6-D и гена рибосомного белка L1 СТ318.

SEQ ID NO:61 является определенной последовательностью ДНК для клона 11-G1-34 C. trachomatis LGV II, имеющей частичную гомологию относительно гена малатдегидрогеназы СТ376 и гена гликогенгидролазы СТ042.

SEQ ID NO:62 является определенной последовательностью ДНК для клона 11-G10-46 C. trachomatis LGV II, имеющей гомологию относительно гипотетического белка СТ610.

SEQ ID NO:63 является определенной последовательностью ДНК для клона 11-С12-91 C. trachomatis LGV II, имеющей гомологию относительно гена СТ443 ОМР2.

SEQ ID NO:64 является определенной последовательностью ДНК для клона 11-А3-93 C. trachomatis LGV II, имеющей гомологию относительно гена СТ103 надсемейства HAD.

SEQ ID NO:65 является определенной аминокислотной последовательностью для клона 14-Н1-4 C. trachomatis LGV II, имеющей гомологию относительно гена тиол-специфического антиоксиданта СТ603.

SEQ ID NO:66 является определенной последовательностью ДНК для клона CtL2#9 C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:67 является определенной последовательностью ДНК для клона CtL2#7 C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:68 является определенной последовательностью ДНК для клона CtL2#6 C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:69 является определенной последовательностью ДНК для клона CtL2#5 C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:70 является определенной последовательностью ДНК для клона CtL2#2 C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:71 является определенной последовательностью ДНК для клона CtL2#1 C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:72 является первой определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 23509.2CtL2#3-5', представляющей 5' конец.

SEQ ID NO:73 является второй определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 23509.1CtL2#3-3', представляющей 3' конец.

SEQ ID NO:74 является первой определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 22121.2CtL2#10-5', представляющей 5' конец.

SEQ ID NO:75 является второй определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 22121.1CtL2#10-3', представляющей 3' конец.

SEQ ID NO:76 является определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 19787.6CtL2#19-5', представляющей 5' конец.

SEQ ID NO:77 является определенной последовательностью ДНК для клона C. pneumoniae LGV II CpS13-His.

SEQ ID NO:78 является определенной последовательностью ДНК для клона C. pneumoniae LGV II Cp_SWIB-His.

SEQ ID NO:79 является определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 23-G7-68, имеющей частичную гомологию относительно рибосомного белка L11, L10 и L1.

SEQ ID NO:80 является определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 22-F8-91, имеющей гомологию относительно гена pmpC.

SEQ ID NO:81 является определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 21-Е8-95, имеющей гомологию относительно генов СТ610-СТ613.

SEQ ID NO:82 является определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 19-F12-57, имеющей гомологию относительно генов СТ858 и recA.

SEQ ID NO:83 является определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 19-F12-53, имеющей гомологию относительно гена СТ445, кодирующего глутамил-тРНК-синтетазу.

SEQ ID NO:84 является определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 19-А5-54, имеющей гомологию относительно гена криптической плазмиды.

SEQ ID NO:85 является определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 17-Е11-72, имеющей частичную гомологию относительно генов ОррС_2 и pmpD.

SEQ ID NO:86 является определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 17-С1-77, имеющей частичную гомологию относительно открытых рамок считывания СТ857 и СТ858.

SEQ ID NO:87 является определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 15-Н2-76, имеющей частичную гомологию относительно генов pmpD и SycE и относительно ORF СТ089.

SEQ ID NO:88 является определенной последовательностью ДНК для клона C. trachomatis LGV II 15-А3-26, имеющей гомологию относительно ORF СТ858.

SEQ ID NO:89 является определенной аминокислотной последовательностью для клона C. pneumoniaе Cp_SWIB-His.

SEQ ID NO:90 является определенной аминокислотной последовательностью для клона C. trachomatis LGV II CtL2_LPDA_FL.

SEQ ID NO:91 является определенной аминокислотной последовательностью для клона C. pneumoniaе CpS13-His.

SEQ ID NO:92 является определенной аминокислотной последовательностью для клона C. trachomatis LGV II CtL2_TSA_FL.

SEQ ID NO:93 является аминокислотной последовательностью для пептида Ct-Swib 43-61 из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:94 является аминокислотной последовательностью для пептида Ct-Swib 48-67 из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:95 является аминокислотной последовательностью для пептида Ct-Swib 52-71 из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:96 является аминокислотной последовательностью для пептида Ct-Swib 58-77 из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:97 является аминокислотной последовательностью для пептида Ct-Swib 63-82 из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:98 является аминокислотной последовательностью для пептида Ct-Swib 51-66 из C. trachomatis LGV II.

SEQ ID NO:99 является аминокислотной последовательностью для пептида Cр-Swib 52-67 из C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:100 является аминокислотной последовательностью для пептида Cр-Swib 37-51 из C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:101 является аминокислотной последовательностью для пептида Cр-Swib 32-51 из C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:102 является аминокислотной последовательностью для пептида Cр-Swib 37-56 из C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:103 является аминокислотной последовательностью для пептида Ct-Swib 36-50 из C. trachomatis.

SEQ ID NO:104 является аминокислотной последовательностью для пептида Ct-S13 46-65 из C. trachomatis.

SEQ ID NO:105 является аминокислотной последовательностью для пептида Ct-S13 60-80 из C. trachomatis.

SEQ ID NO:106 является аминокислотной последовательностью для пептида Ct-S13 1-20 из C. trachomatis.

SEQ ID NO:107 является аминокислотной последовательностью для пептида Ct-S13 46-65 из C. trachomatis.

SEQ ID NO:108 является аминокислотной последовательностью для пептида Ct-S13 56-75 из C. trachomatis.

SEQ ID NO:109 является аминокислотной последовательностью для пептида Cp-S13 56-75 из C. pneumoniaе.

SEQ ID NO:110 является определенной последовательностью ДНК для клона 21-G12-60 C. trachomatis LGV II, содержащей частичные открытые рамки считывания для гипотетических белков СТ875, СТ229 и СТ228.

SEQ ID NO:111 является определенной последовательностью ДНК для клона 22-В3-53 C. trachomatis LGV II, имеющей гомологию относительно ORF GroEL СТ110.

SEQ ID NO:112 является определенной последовательностью ДНК для клона 22-А1-49 C. trachomatis LGV II, имеющей частичную гомологию относительно ORF СТ660 и СТ659.

SEQ ID NO:113 является определенной последовательностью ДНК для клона 17-Е2-9 C. trachomatis LGV II, имеющей частичную гомологию относительно ORF СТ611 и СТ610.

SEQ ID NO:114 является определенной последовательностью ДНК для клона 17-С10-31 C. trachomatis LGV II, имеющей частичную гомологию относительно ORF СТ858.

SEQ ID NO:115 является определенной последовательностью ДНК для клона 21-С7-8 C. trachomatis LGV II, имеющей гомологию относительно dnаK-подобного гена.

SEQ ID NO:116 является определенной последовательностью ДНК для клона 20-G3-45 C. trachomatis LGV II, содержащей часть гена pmpB СТ413.

SEQ ID NO:117 является определенной последовательностью ДНК для клона 18-С5-2 C. trachomatis LGV II, имеющей гомологию относительно ORF рибосомного белка S1.

SEQ ID NO:118 является определенной последовательностью ДНК для клона 17-С5-19 C. trachomatis LGV II, содержащей часть ORF для СТ431 и СТ430.

SEQ ID NO:119 является определенной последовательностью ДНК для клона 16-D4-22 C. trachomatis LGV II, содержащей частичные последовательности ORF3 и ORF4 плазмиды для роста в клетках млекопитающих.

SEQ ID NO:120 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена СТ529 Сар1 серовара LGV II C. trachomatis.

SEQ ID NO:121 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена Сар1 СТ529 серовара LGV II C. trachomatis.

SEQ ID NO:122 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена Сар1 СТ529 серовара Е C. trachomatis.

SEQ ID NO:123 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена Сар1 СТ529 серовара Е C. trachomatis.

SEQ ID NO:124 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена Сар1 СТ529 серовара 1А C. trachomatis.

SEQ ID NO:125 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена Сар1 СТ529 серовара 1А C. trachomatis.

SEQ ID NO:126 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена Сар1 СТ529 серовара G C. trachomatis.

SEQ ID NO:127 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена Сар1 СТ529 серовара G C. trachomatis.

SEQ ID NO:128 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена Сар1 СТ529 серовара F1 NII C. trachomatis.

SEQ ID NO:129 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена Сар1 СТ529 серовара F1 NII C. trachomatis.

SEQ ID NO:130 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена Сар1 СТ529 серовара L1 C. trachomatis.

SEQ ID NO:131 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена Сар1 СТ529 серовара L1 C. trachomatis.

SEQ ID NO:132 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена Сар1 СТ529 серовара L3 C. trachomatis.

SEQ ID NO:133 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена Сар1 СТ529 серовара L3 C. trachomatis.

SEQ ID NO:134 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена Сар1 СТ529 серовара Ва C. trachomatis.

SEQ ID NO:135 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена Сар1 СТ529 серовара Ва C. trachomatis.

SEQ ID NO:136 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена Сар1 СТ529 серовара MOPN C. trachomatis.

SEQ ID NO:137 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена Сар1 СТ529 серовара MOPN C. trachomatis.

SEQ ID NO:138 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #124-139 ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:139 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #132-147 ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:140 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #138-155 ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:141 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #146-163 ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:142 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #154-171 ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:143 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #162-178 ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:144 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #138-147 ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:145 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #139-147 ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:146 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #140-147 ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:147 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #138-146 ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:148 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #138-145 ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:149 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #F140>I ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:150 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида ##S139>Ga ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:151 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида ##S139>Gb ORF Сар1 СТ529 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:152 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #2 С7.8-6 ORF из 216 аминокислот серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:153 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #2 C7.8-7 ORF из 216 аминокислот серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:154 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #2 C7.8-8 ORF из 216 аминокислот серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:155 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #2 C7.8-9 ORF из 216 аминокислот серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:156 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида #2 C7.8-10 ORF из 216 аминокислот серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:157 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида из 53 аминокислотных остатков ORF из 216 аминокислот в клоне 2С7.8 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:158 является определенной аминокислотной последовательностью для пептида из 52 аминокислотных остатков ORF СТ529 в клоне 2С7.8 серовара L2 C. trachomatis.

SEQ ID NO:159 является определенной последовательностью ДНК для 5'-(прямого) праймера для клонирования полноразмерного СТ529 серовара L2.

SEQ ID NO:160 является определенной последовательностью ДНК для 5'-(обратного) праймера для клонирования полноразмерного СТ529 серовара L2.

SEQ ID NO:161 является определенной последовательностью ДНК для 5'-(прямого) праймера для клонирования полноразмерного СТ529 для сероваров иных, чем L2 и МOPN.

SEQ ID NO:162 является определенной последовательностью ДНК для 5'-(обратного) праймера для клонирования полноразмерных сероваров СТ529 иных, чем L2 и MOPN.

SEQ ID NO:163 является определенной последовательностью ДНК для 5'-(прямого) праймера для клонирования полноразмерного серовара MOPN СТ529.

SEQ ID NO:164 является определенной последовательностью ДНК для 5'-(обратного) праймера для клонирования полноразмерного серовара MOPN СТ529.

SEQ ID NO:165 является определенной последовательностью ДНК для 5'-(прямого) праймера для pBIB-KS.

SEQ ID NO:166 является определенной последовательностью ДНК для 5'-(обратного) праймера для pBIB-KS.

SEQ ID NO:167 является определенной аминокислотной последовательностью для 9-мерного эпитопного пептида Сар1#139-147 из серовара L2.

SEQ ID NO:168 является определенной аминокислотной последовательностью для 9-мерного эпитопного пептида Сар1#139-147 из серовара D.

SEQ ID NO:169 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена pmpI (СТ874) C. trachomatis.

SEQ ID NO:170 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена pmpG C. trachomatis.

SEQ ID NO:171 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена pmpЕ C. trachomatis.

SEQ ID NO:172 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена pmpD C. trachomatis.

SEQ ID NO:173 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена pmpC C. trachomatis.

SEQ ID NO:174 является определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена pmpB C. trachomatis.

SEQ ID NO:175 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена pmpI C. trachomatis.

SEQ ID NO:176 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена pmpG C. trachomatis.

SEQ ID NO:177 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена pmpЕ C. trachomatis.

SEQ ID NO:178 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена pmpD C. trachomatis.

SEQ ID NO:179 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена pmpC C. trachomatis.

SEQ ID NO:180 является предсказанной полноразмерной аминокислотной последовательностью для гена pmpB C. trachomatis.

SEQ ID NO:181 является определенной последовательностью ДНК минус сигнальная последовательность для гена pmpI C. trachomatis.

SEQ ID NO:182 является впоследствии определенной полноразмерной последовательностью ДНК для гена pmpG C. trachomatis.

SEQ ID NO:183 является определенной последовательностью ДНК минус сигнальная последовательность для гена pmpE C. trachomatis.

SEQ ID NO:184 является первой определенной последовательностью ДНК, представляющей карбокси-конец для гена pmpD C. trachomatis.

SEQ ID NO:185 является второй определенной последовательностью ДНК, представляющей амино-конец минус сигнальная последовательность для гена pmpD C. trachomatis.

SEQ ID NO:186 является первой определенной последовательностью ДНК, представляющей карбокси-конец для гена pmpС C. trachomatis.

SEQ ID NO:187 является второй определенной последовательностью ДНК, представляющей амино-конец минус сигнальная последовательность для гена pmpС C. trachomatis.

SEQ ID NO:188 является определенной последовательностью ДНК, представляющей ген pmp серовара MOMPS C. pneumoniaе в слитой с Ra12 молекуле.

SEQ ID NO:189 является предсказанной аминокислотной последовательностью минус сигнальная последовательность для гена pmpI C. trachomatis.

SEQ ID NO:190 является предсказанной позже аминокислотной последовательностью для гена pmpG C. trachomatis

SEQ ID NO:191 является предсказанной аминокислотной последовательностью минус сигнальная последовательность для гена pmpE C. trachomatis.

SEQ ID NO:192 является первой предсказанной аминокислотной последовательностью, представляющей карбокси-конец гена pmpD C. trachomatis.

SEQ ID NO:193 является второй предсказанной аминокислотной последовательностью, представляющей амино-конец минус сигнальная последовательность гена pmpD C. trachomatis.

SEQ ID NO:194 является первой предсказанной аминокислотной последовательностью, представляющей карбокси-конец гена pmpС C. trachomatis.

SEQ ID NO:195 является второй предсказанной аминокислотной последовательностью, представляющей амино-конец гена pmpС C. trachomatis.

SEQ ID NO: 196 является предсказанной аминокислотной последовательностью, представляющей ген pmp серовара MOMPS C. pneumoniaе в слитой с Ra12 молекуле.

SEQ ID NO:197 является определенной последовательностью ДНК для 5' олигопраймера для клонирования гена pmpC C. trachomatis в вакцинном векторе SKB.

SEQ ID NO:198 является определенной последовательностью ДНК для 3' олигопраймера для клонирования гена pmpC C. trachomatis в вакцинном векторе SKB.

SEQ ID NO:199 является определенной последовательностью ДНК для встраивания последовательности для клонирования гена pmpC C. trachomatis в вакцинном векторе SKB.

SEQ ID NO:200 является определенной последовательностью ДНК для 5' олигопраймера для клонирования гена pmpD в вакцинном векторе SKB.

SEQ ID NO:201 является определенной последовательностью ДНК для 3' олигопраймера для клонирования гена pmpD C. trachomatis в вакцинном векторе SKB.

SEQ ID NO:202 является определенной последовательностью ДНК для встраивания последовательности для клонирования гена pmpD C. trachomatis в вакцинном векторе SKB.

SEQ ID NO:203 является определенной последовательностью ДНК для 5' олигопраймера для клонирования гена pmpЕ C. trachomatis в вакцинном векторе SKB.

SEQ ID NO:204 является определенной последовательностью ДНК для 3' олигопраймера для клонирования гена pmpЕ C. trachomatis в вакцинном векторе SKB.

SEQ ID NO:205 является определенной последовательностью ДНК для 5' олигопраймера для клонирования гена pmpG C. trachomatis в вакцинном векторе SKB.

SEQ ID NO:206 является определенной последовательностью ДНК для 3' олигопраймера для клонирования гена pmpG C. trachomatis в вакцинном векторе SKB.

SEQ ID NO:207 является определенной последовательностью ДНК для 5' олигопраймера для клонирования амино-концевой части гена pmpC C. trachomatis в векторе pET17b.

SEQ ID NO:208 является определенной последовательностью ДНК для 3' олигопраймера для клонирования амино-концевой части гена pmpC C. trachomatis в векторе pET17b.

SEQ ID NO:209 является определенной последовательностью ДНК для 5' олигопраймера для клонирования карбокси-концевой части гена pmpC C. trachomatis в векторе pET17b.

SEQ ID NO:210 является определенной последовательностью ДНК для 3' олигопраймера для клонирования карбокси-концевой части гена pmpC C. trachomatis в векторе pET17b.

SEQ ID NO:211 является определенной последовательностью ДНК для 5' олигопраймера для клонирования амино-концевой части гена pmpD C. trachomatis в векторе pET17b.

SEQ ID NO:212 является определенной последовательностью ДНК для 3' олигопраймера для клонирования амино-концевой части гена pmpD C. trachomatis в ве