Способы и композиции для диагностики анкилозирующих спондилитов с использованием биомаркеров

Способы и композиции для диагностики анкилозирующих спондилитов с использованием биомаркеров

Иллюстрации

Показать все

Реферат

Родственные заявки

Данная заявка претендует на приоритет по предварительной заявке США 60/732444, поданной 1 ноября 2005, содержание которой включено здесь в виде ссылки.

Настоящая заявка связана с патентами США №№ 6090382, 6258562 и 6509015, каждый из которых включен здесь в виде ссылки. Данная заявка также связана с патентной заявкой США № 09/801185, поданной 7 марта 2001; патентной заявкой США № 10/302356, поданной 22 ноября 2002; патентной заявкой США № 10/163657, поданной 5 июня 2002; и патентной заявкой США № 10/133715, поданной 26 апреля 2002; патентной заявкой США № 10/222140, поданной 16 августа 2002; патентной заявкой США № 10/693233, поданной 24 октября 2003; патентной заявкой США № 10/622932, поданной 18 июля 2003; патентной заявкой США № 10/623039, поданной 18 июля 2003; патентной заявкой США № 10/623076, поданной 18 июля 2003; патентной заявкой США № 10/623065, поданной 18 июля 2003; патентной заявкой США № 10/622928, поданной 18 июля 2003; патентной заявкой США № 10/623075, поданной 18 июля 2003; патентной заявкой США № 10/623035, поданной 18 июля 2003; патентной заявкой США № 10/622683, поданной 18 июля 2003; патентной заявкой США № 10/622205, поданной 18 июля 2003; патентной заявкой США № 10/622210, поданной 18 июля 2003; и патентной заявкой США № 10/623318, поданной 18 июля 2003. Данная заявка также связана с заявкой США №11/104117. Полное содержание каждого из этих патентов и патентных заявок включено здесь в виде ссылки.

Уровень техники

Повышенные уровни TNF играют важную роль в патологическом воспалении. TNF, также называемый как (TNFα), вовлечен в патофизиологию различных заболеваний и расстройств человека, включая сепсис, инфекции, аутоиммунные заболевания, отторжение трансплантатов и заболевания «трансплантат против хозяина» (см., например, Moeller и др. (1990) Cytokine 2:162;, патент США № 5231024, выданный Moeller и др., европейскую патентную публикацию № 260610 B1 Moeller, A. и др.; Vasilli (1992) Annu. Rev. Immunol. 10:411; Tracey and Cerami (1994) Annu. Rev. Med. 45:491).

Анкилозирующий спондилит (AS), который ассоциирован с повышенными уровнями TNF (Lange и др. (2000) Eur J Med Res. 5(12):507), является распространенным воспалительным ревматическим заболеванием, которое приводит к прогрессирующей неподвижности спины и ограничению подвижности. AS представляет собой форму хронического воспаления позвоночных и крестцово-подвздошных суставов, которая может вызывать боль и неподвижность внутри и вокруг позвоночника. Со временем хроническое воспаление позвоночника (спондилит) может приводить к полному цементированию (слиянию) позвоночника, процессу, называемому анкилозом, который, в свою очередь, может приводить к потере подвижности позвоночника.

AS часто диагностируют с использованием сочетания способов, включая изучение симптомов, физический осмотр и рентгеновский анализ. Симптомы пациента с AS могут включать в себя боль и утреннюю неподвижность позвоночника и крестцовых участков при наличии или в отсутствие сопутствующего воспаления в других суставах, сухожилиях и органах. Тем не менее, ранние симптомы AS могут быть очень обманчивы, поскольку неподвижность и боль внизу спины могут наблюдаться при многих других состояниях, и, как результат, может пройти время, прежде чем диагноз AS будет хотя бы рассматриваться. В дополнение, физический осмотр пациента может выявить признаки воспаления и уменьшение подвижности суставов, часто особенно выраженные в позвоночнике. Гибкость нижней части спины и/или шеи может быть уменьшена. Дальнейшие ключи к диагнозу могут быть предложены на основании рентгеновских аномалий позвоночника или присутствия генетического тест-маркера, гена HLA-B27 в крови.

Структурные повреждения, ассоциированные с AS, и результаты деградации и резорбции хряща и кости сустава приводят к разрушению сустава. Терапевтически важно уделять внимание как симптомам пациента, имеющего AS, так и структурным повреждениям суставов, вызванным разрушением суставов, ассоциированным с болезнью.

Традиционное лечение AS включало введение нестероидных противовоспалительных лекарственных средств (NSAID) пациенту для снижения боли и неподвижности позвоночника и других суставов. Обычно используемые NSAID включают в себя индометацин (индоцин), толметин (толектин), сулиндак (клинорил), напроксен (напросин) и диклофенак (вольтарен). Недавно показана эффективность в уменьшении симптомов, ассоциированных с AS, биологических агентов против TNF, таких как этанерцепт, инфликсимаб и адалимумаб.

Сущность изобретения

Несмотря на прогресс в лечении AS с использованием биологических агентов против TNF, для помощи практикующим терапевтам в диагностике симптомов пациента и назначении режимов лечения требуются диагностические и прогностические тесты. В дополнение, для лучшей оценки улучшения состояния больного требуются диагностические и прогностические тесты с целью обеспечения лучшего медицинского обслуживания пациенту наряду со сниженной ценой лечения.

Изобретение связано с биомаркерами, которые могут быть использованы для определения улучшений общего статуса заболевания AS, особенно в отношении структурных повреждений, ассоциированных с AS. Представленное изобретение связано со способом определения эффективности ингибитора TNF в уменьшении деградации хряща и/или синовита, связанных с AS. Изобретение также включает в себя способ выявления пациентов с AS, являющихся кандидатами на лечение ингибиторами TNF, например адалимумабом, на основании их уровня биомаркеров деградации хряща и/или биомаркеров синовита.

Изобретение связано со способом определения эффективности человеческого антитела TNFα или его антигенсвязывающей части в лечении анкилозирующего спондилита, причем указанный способ включает в себя сравнение заранее определяемого уровня биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита у пациента, имеющего AS, после лечения человеческим антителом против TNFα с известным стандартным уровнем биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита, ассоциированным с болезненным состоянием; и определение того, снижается ли уровень биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита у пациента после лечения по сравнению со стандартным уровнем биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита, причем снижение уровня биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита у пациентов после лечения человеческим антителом против TNFα по сравнению со стандартным уровнем указывает на эффективность человеческого антитела против TNFα в лечении AS.

Изобретение связано также со способом мониторинга эффективности человеческого антитела против TNFα или его антигенсвязывающей части в отношении замедления прогресса структурных повреждений, ассоциированных с анкилозирующим спондилитом (AS), у пациентов, включающим в себя определение уровня биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита у пациента и сравнение уровня биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита с известным стандартным уровнем биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита, ассоциированным с AS, причем снижение уровня биомаркера указывает на то, что человеческое антитело против TNFα или его антигенсвязывающая часть эффективны в уменьшении скорости развития структурных повреждений, ассоциированных с AS, у пациента.

Изобретение также включает в себя способ прогнозирования эффективности человеческого антитела против TNFα или его антигенсвязывающей части в лечении AS у пациента, причем указанный способ включает в себя сравнение предварительно определяемого уровня биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита у пациента после лечения человеческим антителом против TNFα или его антигенсвязывающей частью с известным стандартным уровнем биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита, ассоциированным с AS; и оценку того, снижается ли уровень биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита у пациента после лечения по сравнению с известным стандартным уровнем биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита, причем снижение уровня биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита по сравнению со стандартным уровнем указывает на то, что человеческое антитело против TNFα или его антигенсвязывающая часть могут быть эффективны в лечении AS у пациента.

Изобретение также связано со способом определения эффективности человеческого антитела против TNFα или его антигенсвязывающей части в отношении анкилозирующего спондилита, включающим в себя сравнение уровня биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита, полученного у пациента, имеющего AS, перед лечением, с уровнем биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита, полученным у указанного пациента после лечения, причем снижение уровня биомаркера после лечения указывает на эффективность человеческого антитела против TNFα или его антигенсвязывающей части.

В одном варианте осуществления биомаркером деградации коллагена является С-телопептид коллагена II типа (CTX-II). В другом варианте осуществления биомаркером деградации коллагена является мочевой С-телопептид коллагена II типа (CTX-II).

В одном варианте осуществления биомаркером синовита является матриксная металлопротеиназа 3 (MMP3). В другом варианте осуществления биомаркером синовита является сывороточная металлопротеиназа 3 (MMP3).

В одном варианте осуществления определяют эффективность человеческого антитела к TNFα или его антигенсвязывающей части в облегчении структурных повреждений, ассоциированных с AS.

В одном варианте осуществления способ согласно изобретению дополнительно включает в себя сравнение уровня С-реактивного белка (CRP) пациента с известным стандартным уровнем CRP, ассоциированным с указанным болезненным состоянием; и

оценку того, повышается ли уровень CRP пациента по сравнению с известным стандартным уровнем CRP, причем снижение уровня С-реактивного белка по сравнению с известным стандартом указывает на эффективность лечения.

В одном варианте осуществления человеческое антитело против TNFα или его антигенсвязывающая часть диссоциирует от человеческого TNFα с K_d порядка 1×10^-8 М или менее и константой скорости K_off порядка 1×10^-3 с^-1 или менее, причем обе [константы] определены с помощью поверхностного плазмонного резонанса, и нейтрализует цитотоксичность человеческого TNFα в стандартном тесте in vitro на клетках L929 с IC₅₀ порядка 1×10^-7 M или менее.

В одном варианте осуществления человеческое антитело против TNFα или его антигенсвязывающая часть имеет следующие характеристики:

a) диссоциирует от человеческого TNFα с константой скорости K_off порядка 1×10^-3 с^-1 или менее, определяемой с помощью поверхностного плазмонного резонанса;

b) имеет CDR3-домен легкой цепи, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 3 или модифицированную по сравнению с SEQ ID NO: 3 последовательность путем единственной замены аланина в положении 1, 4, 5, 7 или 8 или путем одной-пяти консервативных аминокислотных замен в положениях 1, 3, 4, 6, 7, 8 и/или 9;

c) имеет CDR3-домен тяжелой цепи, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 4 или модифицированную по сравнению с SEQ ID NO: 4 последовательность путем единственной замены аланина в положении 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10 или 11 или путем одной-пяти консервативных аминокислотных замен в положениях 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11 и/или 12.

В другом варианте осуществления человеческое антитело против TNFα или его антигенсвязывающая часть содержит вариабельную область легкой цепи (LCVR), имеющую CDR3-домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 3 или модифицированную по сравнению с SEQ ID NO: 3 последовательность путем единственной замены аланина в положении 1, 4, 5, 7 или 8, и содержит вариабельную область тяжелой цепи (HCVR), имеющую CDR3-домен, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 4 или модифицированную по сравнению с SEQ ID NO: 4 последовательность путем единственной замены аланина в положении 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10 или 11.

В еще одном варианте осуществления изобретения человеческое антитело против TNFα или его антигенсвязывающая часть содержит вариабельную область легкой цепи (LCVR), содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 1, и вариабельную область тяжелой цепи (HCVR), содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 2.

В еще одном варианте осуществления человеческое антитело против TNFα или его антигенсвязывающая часть представляет собой адалимумаб.

В еще одном варианте осуществления изобретения уровень биомаркера определяют с использованием ELISA.

Изобретение также включает в себя набор для проведения любых вышеупомянутых способов, содержащий детектируемый агент, который специфически распознает биомаркер деградации коллагена и/или биомаркер синовита; инструкцию по применению; и, необязательно, реактивы для выделения образца из организма пациента.

В одном варианте осуществления детектируемый агент распознает либо мочевой CTX-II, либо сывороточный MMP3.

Изобретение также связано со способом определения эффективности ингибитора TNFα в лечении AS у пациента, причем указанный способ включает в себя сравнение предварительно определяемого уровня CTX-II у пациента после лечения ингибитором TNFα с известным стандартным уровнем CTX-II, ассоциированным с болезненным состоянием; и оценку того, снижается ли уровень CTX-II пациента после лечения по сравнению с известным стандартным уровнем CTX-II, причем снижение уровня CTX-II у пациента по сравнению с известным стандартным уровнем указывает на то, что ингибитор TNFα эффективен в лечении AS у пациента.

Изобретение дополнительно связано со способом определения эффективности ингибитора TNFα в уменьшении структурных повреждений, ассоциированных с анкилозирующим спондилитом (AS), у пациента, причем указанный способ включает в себя сравнение предварительно определяемого уровня CTX-II у пациента с AS после лечения ингибитором TNFα с известным стандартным уровнем CTX-II, ассоциированным с болезненным состоянием; и оценку того, снижается ли уровень CTX-II пациента после лечения по сравнению с известным стандартным уровнем CTX-II, причем снижение уровня CTX-II после лечения ингибитором TNFα по сравнению с известным стандартным уровнем указывает на то, что ингибитор TNFα эффективен в уменьшении структурных повреждений, ассоциированных с AS, у пациента.

Изобретение также связано со способом определения эффективности ингибитора TNFα в лечении AS у пациента, причем указанный способ включает в себя сравнение предварительно определяемого уровня CTX-II у пациента после лечения с предварительно определяемым уровнем CTX-II у пациента перед лечением; и оценку того, снижается ли уровень CTX-II у пациента после лечения по сравнению с уровнем CTX-II у пациента перед лечением, причем снижение уровня CTX-II у пациента после лечения по сравнению с уровнем CTX-II у пациента перед лечением указывает на то, что ингибитор TNFα эффективен в лечении AS у пациента.

В одном из вариантов осуществления уровень CTX-II после лечения уменьшался по меньшей мере приблизительно на 5-10% по сравнению с уровнем CTX-II перед лечением. В другом варианте осуществления уровень CTX-II после лечения уменьшался по меньшей мере приблизительно на 9% по сравнению с уровнем CTX-II перед лечением. В другом варианте осуществления уровень CTX-II после лечения составлял по меньшей мере приблизительно 5-100%, приблизительно 5-80%, приблизительно 5-60%, приблизительно 5-45%, приблизительно 5-35%, приблизительно 5-30%, приблизительно 5-25%, приблизительно 5-20%, приблизительно 5-15%, приблизительно 5-10%, приблизительно 6-9%, приблизительно 7-8% или приблизительно 9% относительно исходного или известного стандартного уровня.

В одном варианте осуществления уровень MMP-3 после лечения составлял по меньшей мере приблизительно 5-50%, приблизительно 5-45%, приблизительно 5-40%, приблизительно 5-35%, приблизительно 5-30%, приблизительно 5-25%, приблизительно 5-20%, приблизительно 5-15%, приблизительно 5-13%, приблизительно 6-12%, приблизительно 7-11% или приблизительно 8% относительно исходного или известного стандартного уровня для субъекта, имеющего AS. В другом варианте осуществления эффективность ингибитора TNF показана, когда уровни MMP-3 уменьшались по меньшей мере на 12% относительно исходного или известного стандартного уровня для субъекта, имеющего AS.

В одном варианте осуществления CTX-II представляет собой мочевой CTX-II. В одном варианте осуществления MMP-3 представляет собой сывороточный MMP-3.

В одном варианте осуществления уровень CTX-II или уровень MMP-3 определяют с использованием ELISA.

Изобретение также связано со способом определения того, является ли пациент, имеющий AS, кандидатом на лечение адалимумабом, включающим в себя сравнение уровня биомаркера деградации коллагена указанного пациента с известным стандартным уровнем биомаркера деградации коллагена у интактного субъекта, и оценку того, повышается ли уровень биомаркера деградации коллагена пациента по сравнению с известным стандартным уровнем биомаркера деградации коллагена, причем повышение уровня биомаркера указывает на то, что указанный пациент является кандидатом на лечение адалимумабом.

В одном варианте осуществления биомаркером деградации коллагена является С-телопептид коллагена II типа. В одном варианте осуществления уровень биомаркера деградации коллагена определяют измерением концентрации С-телопептида коллагена II типа в моче пациента.

В одном варианте осуществления изобретение дополнительно включает в себя сравнение уровня биомаркера синовита указанного пациента с известным стандартным уровнем биомаркера синовита у интактного субъекта; и оценку того, повышается ли уровень биомаркера синовита пациента по сравнению с известным стандартным уровнем биомаркера синовита, причем повышение уровня биомаркера синовита пациента указывает на то, что пациент является кандидатом на лечение адалимумабом.

В одном варианте осуществления биомаркером синовита является матриксная металлопротеиназа 3 (MMP3).

Изобретение включает в себя способ определения того, является ли пациент, имеющий AS, кандидатом на лечение адалимумабом, включающий в себя сравнение уровня биомаркера синовита указанного пациента с известным стандартным уровнем биомаркера синовита у интактного субъекта, и оценку того, повышается ли уровень биомаркера синовита пациента по сравнению с известным стандартным уровнем биомаркера синовита, причем повышение уровня биомаркера синовита указывает на то, что указанный пациент является кандидатом на лечение адалимумабом.

В одном варианте осуществления биомаркером синовита является матриксная металлопротеиназа 3 (MMP3).

В одном варианте осуществления уровень биомаркера синовита определяют измерением концентрации MMP3 в сыворотке пациента.

В одном варианте осуществления изобретение дополнительно включает в себя сравнение уровня биомаркера деградации коллагена указанного пациента с известным стандартным уровнем биомаркера деградации коллагена у интактного субъекта; и оценку того, повышается ли уровень биомаркера деградации коллагена пациента по сравнению с известным стандартным уровнем биомаркера деградации коллагена, причем повышение уровня биомаркера деградации коллагена пациента указывает на то, что пациент является кандидатом на лечение адалимумабом.

В одном варианте осуществления биомаркером деградации коллагена является C-телопептид коллагена II типа.

Изобретение включает в себя способ мониторинга эффективности терапевтического лечения анкилозирующего спондилита (AS), включающий в себя определение уровня биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита у субъекта, причем уменьшение или изменение уровня биомаркера указывает на уменьшение или изменение в скорости прогрессирования структурного повреждения при AS.

В одном варианте осуществления биомаркером деградации коллагена является мочевой C-телопептид коллагена II типа.

В одном варианте осуществления биомаркером синовита является сывороточная матриксная металлопротеиназа 3 (MMP3).

В одном варианте осуществления терапевтическим лечением является введение адалимумаба.

Изобретение также включает в себя способ определения структурных повреждений у пациента, имеющего AS, включающий в себя определение основного уровня биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита у пациента с целью установления основного уровня биомаркера указанного пациента; определение уровня биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита у указанного пациента через некоторое время для установления последующего уровня биомаркера; сравнение основного уровня биомаркера указанного пациента с последующим уровнем биомаркера; и оценку того, понижается ли последующий уровень биомаркера по сравнению с основным уровнем биомаркера, причем снижение последующего уровня биомаркера указывает на уменьшение структурных повреждений.

Изобретение дополнительно включает в себя способ модуляции биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита у пациента, имеющего AS, включающий в себя введение адалимумаба указанному пациенту.

В одном варианте осуществления ингибитор TNFα выбран из группы, состоящей из антитела к TNFα или его антигенсвязывающей части, слитого белка TNF или рекомбинантного TNF-связывающего белка.

В одном варианте осуществления слитый белок TNF представляет собой этанерцепт.

В одном варианте осуществления антитело к TNFα или его антигенсвязывающая часть выбраны из группы, состоящей из химерного антитела, гуманизированного антитела, человеческого антитела и поливалентного антитела.

В одном варианте осуществления антитело против TNFα или его антигенсвязывающая часть выбраны из группы, состоящей из инфликсимаба, голимумаба и адалимумаба.

В одном варианте осуществления человеческое антитело или его антигенсвязывающая часть диссоциирует от человеческого TNFα с Kd порядка 1×10^-8 М или менее и константой скорости K_off порядка 1×10^-3 с^-1 или менее, причем обе [константы] определены с помощью поверхностного плазмонного резонанса, и нейтрализует цитотксичность человеческого TNFα в стандартном анализе in vitro на клетках L929 с IC₅₀ порядка 1×10^-7 M или менее.

В одном варианте осуществления человеческое антитело или его антигенсвязывающая часть имеет следующие характеристики:

a) диссоциирует от человеческого TNFα с константой скорости K_off порядка 1×10^-3 с^-1 или менее, определяемой с помощью поверхностного плазмонного резонанса;

b) имеет CDR3-домен легкой цепи, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 3 или модифицированную по сравнению с SEQ ID NO: 3 последовательность путем единственной замены аланина в положении 1, 4, 5, 7 или 8 или путем одной-пяти консервативных аминокислотных замен в положениях 1, 3, 4, 6, 7, 8 и/или 9;

c) имеет CDR3-домен тяжелой цепи, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 4 или модифицированную по сравнению с SEQ ID NO: 4 последовательность путем единственной замены аланина в положении 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10 или 11 или путем одной-пяти консервативных аминокислотных замен в положениях 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11 и/или 12.

В одном варианте осуществления человеческое антитело или его антигенсвязывающая часть содержит вариабельную область легкой цепи (LCVR), содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 1, и вариабельную область тяжелой цепи (HCVR), содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 2.

В одном варианте осуществления изобретение дополнительно включает в себя сравнение предварительно определяемого уровня биомаркера синовита, полученного у пациента после лечения, с известным стандартным уровнем биомаркера синовита, ассоциированным с AS; и оценку того, снижается ли уровень биомаркера синовита после лечения по сравнению с известным основным уровнем биомаркера синовита, причем снижение уровня биомаркера синовита после лечения по сравнению с известным стандартным уровнем биомаркера синовита указывает на то, что ингибитор TNFα эффективен в лечении AS у пациента.

В одном варианте осуществления биомаркером синовита является MMP-3.

Изобретение также включает в себя набор для проведения описанных выше способов, содержащий детектируемый агент, специфически распознающий CTX-II; инструкции по применению; и, необязательно, реактивы для выделения образца из организма пациента. В одном варианте осуществления набор дополнительно содержит детектируемый агент, специфически распознающий MMP-3.

Краткое описание чертежей

Фигура 1 демонстрирует схему наблюдения исследования, описанного в примере 1.

Фигура 2 демонстрирует диаграмму, которая показывает, что пациенты после адалимумаба испытывали статистически значимое снижение уровней CTX-II в моче по сравнению с плацебо на 12 неделе и 24 неделе.

Фигура 3 демонстрирует диаграмму, которая показывает, что пациенты после адалимумаба испытывали статистически значимое снижение уровней MMP3 в моче по сравнению с плацебо на 12 неделе и 24 неделе.

Фигура 4 демонстрирует диаграмму, которая показывает, что уровни CRP были значительно снижены у пациентов после адалимумаба по сравнению с плацебо на 12 неделе и 24 неделе.

Подробное описание изобретения

I. Определения

Для того чтобы легче было понять представленное изобретение, сначала должны быть определены некоторые термины.

Здесь термин «биомаркер» относится обычно к молекуле, например к гену (или нуклеиновой кислоте, кодирующей указанный ген), белку, углеводной структуре или гликолипиду, экспрессия которого внутри или вне образца, полученного из ткани или клетки млекопитающего, может быть обнаружена стандартными способами в данной области (так же, как и описанными здесь), и прогнозирует или указывает на состояние субъекта, из организма которого был получен образец. Если биомаркер является белком, то модуляция или изменение экспрессии включает в себя модуляцию различными посттрансляционными модификациями. Биомаркер может быть использован для распознавания активности заболевания, включая улучшения состояния и ухудшение состояния, основываясь на уровне биомаркера. Соответственно, в одном варианте осуществления биомаркером, применимым в представленном изобретении, является любая молекула, экспрессия которой регулируется (увеличивается или уменьшается) у пациента болезненным состоянием, например спондилоартропатией, по сравнению с нормальным контролем, т.е. интактным субъектом. В одном варианте осуществления выбранные наборы одного, двух, трех и более биомаркеров согласно данному изобретению могут быть использованы как конечные точки для быстрой диагностики или прогнозирования для определения ответа пациента на лечение против TNF.

Термин «биомаркер деградации коллагена» относится к молекуле, например к гену (или нуклеиновой кислоте, кодирующей указанный ген), белку, углеводной структуре или гликолипиду, который ассоциирован с разрушением коллагена. Биомаркер деградации коллагена применяется для распознавания болезненного процесса, т.е. разрушения коллагена, у субъекта, от которого получен образец ткани. В одном варианте осуществления биомаркером деградации коллагена является фрагмент коллагена, например фрагмент коллагена типа II. В одном варианте осуществления биомаркером деградации коллагена является С-телопептид коллагена II типа (CTX-II).

Термин «биомаркер синовита» относится к молекуле, например к гену (или нуклеиновой кислоте, кодирующей указанный ген), белку, углеводной структуре или гликолипиду, который ассоциирован с синовитом или воспалением синовии. Биомаркер синовита может быть использован для указания увеличения ремоделирования, пролиферации, деградации, воспаления, разрушения, разложения, патологической перестройки или деградации синовии или синовиального коллагена пациента. В одном варианте осуществления биомаркером синовита является эндопептидаза, ассоциированная с деградацией внеклеточного матрикса (ECM), например матриксная металлопротеиназа. В одном варианте осуществления биомаркером синовита, используемым в изобретении, является MMP-3.

Термин «известный стандартный уровень» или «уровень контроля» относится к принятому или определяемому заранее уровню биомаркера, который используется для сравнения с уровнем биомаркера, полученным из образца пациента. В одном варианте осуществления известный стандартный уровень биомаркера деградации коллагена и/или биомаркера синовита основан на субъекте или субъектах, имеющих AS, и, таким образом, представляет болезненное состояние. В другом варианте осуществления известный стандартный уровень биомаркера указывает на неизмененное, т.е. не болезненное состояние субъекта, не имеющего AS.

При сравнении с известным стандартным уровнем определенного биомаркера отклонения от известного стандартного уровня обычно указывают либо на улучшение, либо на ухудшение болезненного состояния. Альтернативно, при сравнении с известным стандартным уровнем определенного биомаркера равенство известному стандартному уровню обычно указывает на подтверждение активности заболевания, подтверждение не болезненного состояния или, если уровень биомаркера пациента получен после терапевтического лечения заболевания, неудачу лечения в отношении улучшения болезненного состояния пациента.

Здесь термин «экспрессия», если он используется в сочетании с детекцией экспрессии биомаркера согласно представленному изобретению, может относиться к обнаружению транскрипции гена, кодирующего белок биомаркера, к обнаружению трансляции белка биомаркера и/или к обнаружению белка биомаркера, получаемого в результате метаболизма большего белка, например деградации коллагена II типа, приводящей к выходу фрагмента CTX-II. Обнаружение экспрессии биомаркера относится к акту обнаружения того, экспрессируется ли биомаркер или нет. Количественная оценка экспрессии относится к акту определения уровня данного биомаркера, например, в нг/мл. Обнаружение и/или количественная оценка экспрессии может включать в себя определение того, увеличилась ли экспрессия биомаркера по сравнению с известным стандартным уровнем, уменьшилась ли по сравнению с известным стандартным уровнем или по существу не изменилась по сравнению с известным стандартным уровнем. Таким образом, стадия количественной оценки и/или обнаружения экспрессии не требует того, чтобы экспрессия биомаркера фактически увеличивалась или уменьшалась, но вместо этого может также включать в себя отсутствие обнаружения экспрессии биомаркера или обнаружение того, что экспрессия биомаркера не изменилась или не отличается (например, обнаружение отсутствия значительной экспрессии биомаркера или отсутствие существенного изменения в экспрессии биомаркера по сравнению с контролем).

Здесь термин «уровень» или «количество» относится к измеряемому количеству биомаркера. Количество может быть либо (a) абсолютным количеством, измеренным в молекулах, молях или массе на единицу объема клеток, либо (b) относительным количеством, например, измеренным путем денситометрического анализа. В предпочтительных вариантах осуществления определяют уровни РНК и/или белка биомаркера.

Здесь термин «субъект» или «пациент» относится либо к человеку, либо к животному, отличному от человека.

Здесь термин «образец» относится к набору сходных клеток или ткани, полученной у субъекта. Источником образца ткани или клетки может быть твердая ткань из свежего, замороженного и/или сохраненного органа или тканевого образца, или биопсии, или аспирата; кровь или любые компоненты крови; жидкости организма, такие как кровь, сыворотка, плазма, моча, слюна, пот или синовиальная жидкость. В одном варианте осуществления биомаркер синовита получают из образца сыворотки. В одном варианте осуществления биомаркер деградации хряща получают из образца мочи.

Здесь термин «человеческий TNFα» (сокращенный здесь как hTNFα или просто hTNF) должен относиться к человеческому цитокину, который существует в виде секретируемой формы 17 кДа и связанной с мембраной формы 26 кДа, биологически активной формы, которая состоит из тримера нековалентно связанных молекул 17 кДа. Структура hTNFα описана дополнительно, например, Pennica, D., и др. (1984) Nature 312:724-729; Davis, J.M., и др. (1987) Biochemistry 26:1322-1326; и Jones, E.Y., и др. (1989) Nature 338:225-228. Термин «человеческий TNFα» предполагает включение рекомбинантного человеческого TNFα (rhTNFα), который может быть получен обычными методами рекомбинантной экспрессии или приобретен коммерчески (R & D Systems, № по каталогу 210-TA, Minneapolis, MN). TNFα также именуется как TNF.

Термин «ингибитор TNFα» включает в себя агенты, которые служат препятствием активности TNFα. Термин также включает в себя каждое из человеческих антител против TNFα и части антител, описанные здесь, так же как и описанные в патентах США №№ 6090382; 6258562; 6509015 и патентных заявках США №№ 09/801185 и 10/302356. В одном варианте осуществления ингибитором TNFα, используемым в изобретении, является антитело против TNFα или его фрагмент, включая инфликсимаб (Remicade®, Johnson and Johnson; описан в патенте США № 5656272 и включен в данное описание в виде ссылки), CDP571 (гуманизированное моноклональное антитело IgG4 против TNF-альфа), CDP 870 (гуманизированный фрагмент моноклонального антитела против TNF-альфа), anti-TNF dAb (Peptech), CNTO 148 (голимумаб; Medarex и Centocor, см. WO 02/12502) и адалимумаб (Humira® Abbott Laboratories, человеческое моноклональное антитело против TNF, описанное в патенте США № 6090382 как D2E7). Дополнительные антитела к TNF, которые могут быть использованы в изобретении, описаны в патентах США №№ 6593458; 6498237; 6451983; и 6448380, каждый из которых включен сюда в виде ссылки. В другом варианте осуществления ингибитором TNFα является слитый белок TNF, например этанерцепт (Enbrel®, Amgen; описан в WO 91/03553 и WO 09/406476, включенных сюда в виде ссылки). В другом варианте осуществления ингибитором TNFα является рекомбинантный TNF-связывающий белок (r-TBP-I) (Serono).

Здесь термин «антитело» предполагается относящимся к молекулам иммуноглобулина, состоящим из четырех полипептидных цепей, двух тяжелых (H) цепей и двух легких (L) цепей, связанных дисульфидными мостиками. Каждая тяжелая цепь содержит вариабельную область тяжелой цепи (сокращаемую здесь как HCVR или VH) и константную область тяжелой цепи. Константная область тяжелой цепи содержит три домена, CH1, CH2 и CH3. Каждая легкая цепь содержит вариабельную область легкой цепи (сокращаемую здесь как LCVR или VL) и константную область легкой цепи. Константная область легкой цепи содержит один домен, CL. Области VH и VL могут быть дополнительно подразделены на области гипервариабельности, названные областями, определяющими комплементарность (CDR), рассеянные областями, которые являются более консервативными, названными каркасными областями (FR). Каждая VH и VL состоит из трех CDR и четырех FR, выстроенных от амино-конца к карбокси-концу в следующем порядке: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. Антитела согласно изобретению описаны более подробно в патентах США №№ 6090382; 6258562; и 6509015, каждый из которых полностью включен в данное описание путем ссылки.

Здесь термин «антигенсвязывающая часть» антитела (или просто «часть антитела») относится к одному или нескольким фрагментам антитела, которые сохраняют способность специфически связываться с антигеном (например, hTNFα). Было показано, что антигенсвязывающая функция может выполняться фрагментами полноразмерного антитела. Примеры связывающих фрагментов, охваченных термином «антигенсвязывающая часть», включают в себя (i) фрагмент Fab, моновалентный фрагмент, состоящий из доменов VL, VH, CL и CH1; (ii) фрагмент F(ab')2, бивалентный фрагмент, содержащий два фрагмента Fab, связанные дисульфидным мостиком в шарнирной области; (iii) фрагмент Fd, состоящий из доменов VH и CH1; (iv) фрагмент Fv, состоящий их доменов VL и VH одного плеча антитела; (v) фрагмент dAb (Ward и др. (1989) Nature 341:544-546), который состоит из домена VH; (vi) выделенную область, определяющую комплементарность (CDR). Кроме того, хотя два домена фрагмента Fv, VL и VH кодируются разными генами, они могут быть объединены с применением способов рекомбинации, с помощью синтетического линкера, который позволяет создать их как единую белковую цепь, в которой области VL и VH соединяются с образованием одновалентных молекул (известных как одноцепочечные Fv (scFv); см., например, Bird и др. (1988) Science 242:423-426; и Huston и др. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883). Такие одноцепочечные антитела т