Вирус гриппа, способный инфицировать собачьих, и его применение

Вирус гриппа, способный инфицировать собачьих, и его применение

Иллюстрации

Показать все

Реферат

ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА НА РОДСТВЕННУЮ ЗАЯВКУ

Эта заявка является частичным продолжением заявки США с регистрационным номером 11/409416, поданной 21 апреля 2006 года; и эта заявка заявляет приоритет заявок США с регистрационными номерами 60/728449, поданной 19 октября 3005 года; 60/754991, поданной 29 декабря 2005 года; 60/759162, поданной 14 января 2006 года; 60/761451, поданной 23 января 2006 года и 60/779080, поданной 3 марта 2006 года, описание каждой из которых включено здесь в качестве ссылки в его полном объеме, включающем в себя краткое резюме, подробные описания этого изобретения, примеры, формулу изобретения, реферат, фигуры, таблицы, последовательности нуклеиновых кислот, аминокислотные последовательности и рисунки.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

«Питомниковый кашель» или инфекционный трахеобронхит собак (ITB) является острой, заразной респираторной инфекцией у собак, характеризующийся в основном кашлем (Ford et al., 1998). Собачий ITB считается одним из наиболее преобладающих инфекционных заболеваний собак во всем мире и вспышки этой инфекционной болезни могут достигать эпидемических размеров при содержании собак в условиях популяции высокой плотности, таких как собачьи питомники (псарни). Большинство вспышек обусловлены прямым контактом собаки с собакой или аэрозолизацией респираторных выделений (Ford et al., 2998). Клинические симптомы обусловлены инфекцией одним бактериальным или вирусным агентом или комбинацией бактериальных и вирусных агентов, которые колонизируют эпителий верхних и нижних дыхательных путей. Вирус парагриппа собачьих (CPiV) и бактерии Bordetella bronchiseptica являются наиболее обычными организмами, выделяемыми из пораженных собак, но несколько других вирусов, таких как вирус чумы собачьих (CDV) и аденовирус-1 и -2 (CAV-1, CAV-2), вместе с бактериями, такими как Streptococcus sp., Pasteurella multicoda и Escherichia coli, могут влиять на клиническое течение и исход болезни (Ford et al, 1998). Хотя вспышки встречаются наиболее эффективно и быстро в популяциях высокой плотности с высокой распространенностью, осложненные респираторные инфекции и смерть являются редко случающимися. Хотя может развиваться угрожающая жизни вторичная бактериальная пневмония, большинство случаев ITB являются самокупирующимися и устраняются без какого-либо лечения (Ford et al, 1998).

В июле 1992, респираторная инфекция, предположительно являющаяся «питомниковым кашлем», стала эпидемической в нескольких треках (дорожках для бегов) борзых в Новой Англии, Флориде, Западной Виргинии, Висконсине, Канзасе, Колорадо, Оклахоме и Аризоне. Согласно сообщениям ветеринаров, большинство пораженных собак имели слабый кашель, который исчезал, но более дюжины борзых развивали острую геморрагическую пневмонию с последующей быстрой смертью (Greyhound Daily News, 1999).

В поздних 1998-ых - ранних 1999-ых, несколько вспышек «питомникового кашля» встречались в питомниках (псарнях) гончих собак (борзых) по всей стране, что привело к принудительным закрытиям треков (дорожек для бегов) и карантину всех гончих борзых в США на несколько недель (Greyhound Daily News, 1999). В одном треке во Флориде (Palm Beach Kennel Club), кашель был зарегистрирован почти в 40% популяции собак за один день (Личное сообщение от доктора William Duggar). Аналогично вспышке в 1992 году, этот кашель проходил сам собой в большинстве борзых, но 10 собак во Флориде умерли от синдрома геморрагической пневмонии, нехарактерной для «питомникового кашля» (Putnam, 1999).

В марте-апреле 2003 года, другая вспышка «питомникового кашля» имела место в треках для борзых в восточных штатах США. Считается, что эта вспышка происходила из собачьих питомников при четырех треках во Флориде и вызвала приостановку собачьих бегов и карантин собак почти на три недели. Приблизительно 25% собак при треке в West Palm Beach были поражены, тогда как почти 50% из 1400 собак в Derby Lane в St. Petersburg развивали кашель. И в этом случае большинство собак выздоравливали, но несколько собак умерли от этой респираторной инфекции. Оцененный экономический результат респираторной вспышки в Derby Lane был равен 2 миллионам долларам.

Нет опубликованных сообщений, документирующих этиологию или клинико-патологию эпидемии «питомникового кашля» в собачьих питомниках гончих борзых в 1992, 1998-1999 или 2003 годах. Предполагалось, что эти инфекции вызывались CPiV и/или B. bronchiseptica, двумя наиболее частыми причинами питомникового кашля. Неподтвержденные сообщения, такие как веб-сайты, приписывали летальные геморрагические пневмонии, сообщаемые в некоторых кашляющих собаках, инфекции β-гемолитическими подвидами Streptococcus equi zooepidemicus, и этот синдром назывался «стрептококковым токсическим шоком собачьих».

Передача вируса от одного вида хозяина другому является критическим признаком экологии и эпидемиологии вируса гриппа (Webster, 1998). Возможными являются два основных механизма межвидовой передачи инфекции вируса гриппа (Webster et al, 1992; Lipatov et al, 2004). Один из них является прямым переносом по существу неизмененного вируса от одного вида другому. Примеры этого механизма включают в себя недавние инфекции человека подтипом H5N1 птичьего вируса гриппа (Subbarao et al, 1998; Peiris et al, 2004; Guan et al, 2004) и, возможно, пандемический грипп 1918 года, известный как испанский грипп (Reid et al, 2004). Вторым механизмом является результат сегментированной природы генома вируса гриппа. Коинфицирование хозяина вирусами из различных видов может приводить к генетической рекомбинации сегментированных вирусных генов и генерированию рекомбинанта со способностью инфицировать другие виды. Например, новые вирусы, генерированные рекомбинацией генов между вирусами гриппа птиц и человека привели к пандемиям гриппа человека в 1957 и 1968 годах (Webster et al, 1992; Lipatov et al, 2004; Kawaoka et al, 1989).

Наиболее прямые передачи вирусов гриппа от природных видов-хозяев другим видам являются критическими событиями, так как не может происходить пролонгированная передача между индивидуумами этих новых видов. Множественные взаимодействия вирус-хозяин необходимы для репликации и «горизонтальной» передачи инфекции от человека к человеку и обеспечивают значительный барьер сохранению вирусов гриппа в новом хозяине (Webby et al, 2004).Таким образом, установление новых хозяин-специфических линий дифференцировки вируса гриппа происходит редко и встречается только в домашней птице, свиньях, лошадях и людях (Webster et al, 1992; Lipatov et al, 2004).

Вследствие серьезного характера инфекции вируса гриппа остается потребность в способах диагностики, предотвращения и лечения инфекции вируса гриппа.

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Представленное для рассмотрения изобретение относится к выделенному вирусу гриппа, который способен инфицировать собачьих и вызывать респираторное заболевание у собачьих. Данное изобретение относится также к композициям и способам индукцирования иммунного ответа против вируса гриппа по данному изобретению. Данное изобретение относится также к композициям и способам для идентификации вируса этого изобретения и диагностики инфекции животного вирусом этого изобретения.

Один аспект этого изобретения относится к вакцинам и способам для защиты собачьих от собачьего вируса, наборам, содержащим такие вакцины, и способам применения таких вакцин. Эта защита включает в себя уменьшение риска, задержку появления, уменьшение распространения, ослабления, подавления и/или уничтожения вируса гриппа и/или одного или нескольких (обычно двух или более) его симптомов. Считается, что вакцины, наборы и способы этого изобретения обычно пригодны для применения у собачьих. Собачьи включают в себя диких собачьих, собачьих зоопарка и домашних собачьих, таких как волки, койоты и лисы. Собачьи включают в себя также собак, в частности, домашних собак, таких как, например, чистопородные и/или нечистопородные (дворняжки) собаки-компаньоны, собаки для выставок, рабочие собаки, пастушьи собаки, охотничьи собаки, сторожевые собаки, полицейские собаки, гончие собаки и/или лабораторные собаки.

Это изобретение относится также, частично, к способу защиты собачьих от инфекции вируса гриппа {т.е., предотвращения, уменьшения риска или задержки появления, подавления, ослабления или устранения инфекции вируса гриппа). Этот способ предусматривает введение терапевтически эффективного количества вакцины, которая содержит по меньшей мере один антиген вируса лошадиного гриппа, по меньшей мере один антиген вируса гриппа Н3 и/или по меньшей мере один антиген вируса гриппа Н7.

Это изобретение относится также, частично, к способу защиты собачьих от респираторных повреждений (т.е., предотвращения, уменьшения риска или задержки появления, подавления, ослабления или устранения респираторных повреждений), вызванных вирусом гриппа собачьих. Этот способ предусматривает введение собачьим терапевтически эффективного количества вакцины, которая содержит по меньшей мере один антиген вируса лошадиного гриппа, по меньшей мере один антиген вируса гриппа Н3 и/или по меньшей мере один антиген вируса гриппа Н7.

Это изобретение относится также, частично, к способу защиты собачьих от наличия вируса гриппа собачьих в назальном выделении или выделении из полости рта (т.е., предотвращения, уменьшения риска или задержки появления, подавления, ослабления или устранения вируса гриппа собачьих в выделении из носа или полости рта), вызванных вирусом гриппа собачьих. Этот способ предусматривает введение собачьим терапевтически эффективного количества вакцины, которая содержит по меньшей мере один антиген вируса лошадиного гриппа, по меньшей мере один антиген вируса гриппа Н3 и/или по меньшей мере один антиген вируса гриппа Н7.

Это изобретение относится, частично, к вакцине против гриппа собачьих. В некоторых вариантах осуществления, например, эта вакцина содержит терапевтически эффективное количество по меньшей мере одного антигена вируса гриппа лошадиных, по меньшей мере одного антигена вируса гриппа Н3 и/или по меньшей мере одного антигена вируса гриппа Н7.

Это изобретение относится, частично, к набору для защиты собачьих от инфекции вируса гриппа. Этот набор содержит терапевтически эффективное количество вакцины, которая содержит по меньшей мере один антиген вируса гриппа лошадиных, по меньшей мере один антиген вируса гриппа Н3 и/или по меньшей мере один антиген вируса гриппа Н7. Кроме того, этот набор содержит по меньшей мере одно из следующих:

устройство для введения вакцины собачьим,

фармацевтически приемлемый наполнитель, который способствует введению этой вакцины собачьим,

фармацевтически приемлемый наполнитель, который усиливает иммунный ответ собачьих на эту вакцину,

корм для потребления собачьими одновременно с этой вакциной и/или

лакомство для потребления собачьими одновременно с этой вакциной.

Дополнительные преимущества изобретения заявителей будут очевидными квалифицированному в данной области специалисту при чтении этой заявки.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ РИСУНКОВ

Фиг.1A-1B показывают филогенетические связи среди генов гемагглютинина. Фиг.1A показывает древо генов НА из репрезентативных изолятов собачьих, человека, птиц, свиней и лошадей, в том числе A/Budgerigar/Hokkaido/1/77 (H4) в качестве внешней группы. Фиг.1B показывает древо генов вируса гриппа собачьих с современными и более старыми генами лошадиного НА с использованием A/Duck/Ukraine/63 (H3) в качестве внешней группы. Филогенетические древа выводят из нуклеотидных последовательностей по способу присоединения соседей и показаны величины bootstrap-анализа >90%. Стержень обозначает количество изменений нуклеотидов на единичную длину горизонтальных ветвей древа.

Фиг.2A-2B показывают иммуногистохимическое детектирование антигена гриппа Н3 в легких. Срезы ткани легкого зондировали мышиным моноклональным антителом к гемагглютинину Н3 и связывание детектировали иммунопероксидазной реакцией (коричневый осадок). Фиг.2A показывает бронхиальный эпителий из борзой со спонтанным заболеванием. Антиген вируса Н3 детектировали в цитоплазме бронхиальных эпителиальных клеток и в макрофагах в просветах дыхательных путей и в альвеолярных пространствах. Фиг.2B показывает бронхиальный эпителий из собаки спустя 5 дней после инокуляции A/canine/Florida/43/2004 (H3N8). Антиген вируса H3 детектировали в цитоплазме бронхиальных эпителиальных клеток. Масштабный стержень, 66 мкм.

Фиг.3 показывает характерные гистологические изменения в бронхах борзых, которые умерли от геморрагической пневмонии, ассоциированной с инфекцией вируса гриппа. Ткани окрашивали H&E. Верхняя панель: Здоровый бронх с реснитчатыми эпителиальными клетками, клетками слизистой оболочки и базальными клетками. Нижняя панель: Бронх из борзой со спонтанным гриппом. Имеются некроз и эрозия бронхиальных реснитчатых эпителиальных клеток. Масштабный стержень, 100 мкм.

Фиг.4A-4B показывают филогенетические связи из генов гемагглютинина Н3. Фиг.4A показывает филогенетическое древо генов вируса гриппа НА собачьих с современными и более старыми генами лошадиного вируса НА. Фиг.4B показывает филогенетическое древо белка вируса НА с современным и более старым лошадиным НА. Филогенетические древа выводили из генетических или аминокислотных последовательностей по способу присоединения соседей (способа выведения филогенетического древа на основе принципа минимальной эволюции (МЕ) и показаны величины bootstrap-анализа >80%. Стержень обозначает количество аминокислотных остатков на единичную длину горизонтальных ветвей древа.

Фиг.5 показывает белок вируса гриппа H3 в эпителиальных клетках бронхов и бронхиальных желез в легких собак, которые умерли от пневмонии, ассоциированной с инфекцией вируса гриппа. Верхние панели: Эрозия реснитчатых бронхиальных эпителиальных клеток в бронхах. Ткани окрашивали H&E. Нижние панели: белок вируса гриппа H3 в цитоплазме бронхиальных клеток (слева) и эпителиальных клеток бронхиальной железы (справа). Ткани окрашивали моноклональным антителом к гемагглютинину Н3 и связывание детектировали иммунопероксидазной реакцией (коричневый осадок) и контрастно окрашивали гематоксилином.

Фиг.6A-6D показывают графики амплификации гена H3 и матриксного гена (фиг.6A и фиг.6B), полученные из амплификации 10-кратно серийно разведенных in vitro транскрибированных РНК-стандартов. Калибровочные кривые гена Н3 и матриксного гена (фиг.6C и фиг.6D) получали построением log исходных концентраций РНК как функцию порогового цикла (Ct), полученного из каждого разведения.

Фиг.7 показывает чувствительность Directigen Flu A, которую исследовали с 10-кратно серийно разведенными исходными растворами вирусов, в том числе A/Wyoming/3/2003 и A/canine/FL/242/2003. Фиолетовый треугольник указывает положительный результат.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

SEQ ID NO: 1 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Florida/43/04), кодирующей белок PB2, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 2 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 1.

SEQ ID NO: 3 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Florida/43/04), кодирующей белок PBl, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 4 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 3.

SEQ ID NO: 5 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Florida/43/04), кодирующей белок PA, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 6 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 5.

SEQ ID NO: 7 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Florida/43/04), кодирующей белок NS, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 8 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 7.

SEQ ID NO: 9 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Florida/43/04), кодирующей белок NP, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 10 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 9.

SEQ ID NO: 11 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Florida/43/04), кодирующей белок NA, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 12 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 11.

SEQ ID NO: 13 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Florida/43/04), кодирующей белок МА, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 14 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 13.

SEQ ID NO: 15 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Florida/43/04), кодирующей белок НА, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 16 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 15.

SEQ ID NO: 17 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (FL/242/03), кодирующей белок PB2, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 18 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 17.

SEQ ID NO: 19 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (FL/242/03), кодирующей белок PB1, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 20 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 19.

SEQ ID NO: 21 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (FL/242/03), кодирующей белок PA, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 22 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 21.

SEQ ID NO: 23 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (FL/242/03), кодирующей белок NS, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 24 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 23.

SEQ ID NO: 25 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (FL/242/03), кодирующей белок NP, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 26 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 25.

SEQ ID NO: 27 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (FL/242/03), кодирующей белок NA, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 28 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 27.

SEQ ID NO: 29 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (FL/242/03), кодирующей белок МА, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 30 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 29.

SEQ ID NO: 31 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (FL/242/03), кодирующей белок НА, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 32 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 31.

SEQ ID NO: 33 является зрелой формой белка НА, показанного в SEQ ID NO: 16, где N-концевая содержащая 16 аминокислот сигнальная последовательность была удалена.

SEQ ID NO: 34 является зрелой формой белка НА, показанного в SEQ ID NO: 32, где N-концевая содержащая 16 аминокислот сигнальная последовательность была удалена.

SEQ ID NO: 35 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 36 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 37 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 38 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 39 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 41 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 42 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 43 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 44 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 45 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 46 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 47 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Miami/2005), кодирующей белок PB2, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 48 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 47.

SEQ ID NO: 49 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Miami/2005), кодирующей белок PB1, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 50 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 49.

SEQ ID NO: 51 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Miami/2005), кодирующей белок PA, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 52 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 51.

SEQ ID NO: 53 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Miami/2005), кодирующей белок NS, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 54 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 53.

SEQ ID NO: 55 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Miami/2005), кодирующей белок NP, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 56 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 55.

SEQ ID NO: 57 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Miami/2005), кодирующей белок NA, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 58 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 57.

SEQ ID NO: 59 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Miami/2005), кодирующей белок МА, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 60 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 59.

SEQ ID NO: 61 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Miami/2005), кодирующей белок НА, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 62 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 61.

SEQ ID NO: 63 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Jacksonville/2005), кодирующей белок PB2, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 64 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 63.

SEQ ID NO: 65 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Jacksonville/2005), кодирующей белок PB1, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 66 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 65.

SEQ ID NO: 67 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Jacksonville/2005), кодирующей белок PA, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 68 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 67.

SEQ ID NO: 69 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Jacksonville/2005), кодирующей белок NS, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 70 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 69.

SEQ ID NO: 71 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Jacksonville/2005), кодирующей белок NP, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 72 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 71.

SEQ ID NO: 73 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Jacksonville/2005), кодирующей белок NA, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 74 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 73.

SEQ ID NO: 75 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Jacksonville/2005), кодирующей белок МА, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 76 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 75.

SEQ ID NO:77 является нуклеотидной последовательностью вируса гриппа собачьих (Jacksonville/2005), кодирующей белок НА, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 78 является аминокислотной последовательностью, кодируемой SEQ ID NO: 77.

SEQ ID NO: 79 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 80 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 81 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 82 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 83 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 84 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 85 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 86 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 87 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

SEQ ID NO: 88 является олигонуклеотидом, который может быть использован в соответствии с данным изобретением.

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Данное изобретение относится к выделенному вирусу гриппа, который способен инфицировать собачьих и вызывать респираторное заболевание. В одном варианте осуществления, вирус гриппа этого изобретения содержит полинуклеотид, который кодирует белок, имеющий аминокислотную последовательность, показанную в любой из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 33, 34, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76 или 78, или его функциональный и/или иммуногенный фрагмент или вариант. В конкретном варианте осуществления, этот полинуклеотид содержит нуклеотидную последовательность, показанную в любой из SEQ ID No: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75 или 77, или ее фрагмент или вариант. Вирус гриппа данного изобретения может иметь подтип НА H1, H2, H3, H4, H5, H6, H7, H8 и H9, H10, H11, H12, H13, H14, H15 или H16 или подтип NA N1, N2, N3, N4, N5, N6, N7, N8 или N9. В конкретном варианте осуществления, вирус гриппа данного изобретения является подтипом H3. Вирус может быть выделен из инфицированных собак и культивирован в клетках или яйцах в соответствии с описанными здесь опытами. В примерном варианте осуществления, этот вирус гриппа является вирусом гриппа А.

Представленное для рассмотрения изобретение относится также к полинуклеотидам, которые содержат весь ген или часть гена или генов или геномный сегмент вируса гриппа данного изобретения. В одном варианте осуществления, полинуклеотид этого изобретения содержит ген гемагглютинина гриппа (НА), ген нейраминидазы (NA), ген нуклеопротеина (NP), ген матриксного белка (МА или М), ген основного белка (РВ) полимеразы, ген кислого белка (РА) полимеразы, ген неструктурного белка (NS), или функциональный фрагмент или вариант любого из этих генов. В конкретном варианте осуществления, полинуклеотид этого изобретения содержит ген гемагглютинина (НА) или его функциональный фрагмент или вариант. В следующем варианте осуществления, ген НА кодирует белок гемагглютинин, имеющий один из следующих признаков: серин в положении 83; лейцин в положении 222; треонин в положении 328 и/или треонин в положении 483 в сравнении с аминокислотной последовательностью консенсусной последовательности лошадиного Н3. В одном варианте осуществления, ген НА кодирует полипептид, имеющий аминокислотную последовательность, показанную в SEQ ID NO: 16, 32, 62 или 78, или ее функциональный и/или иммуногенный фрагмент или вариант. В конкретном варианте осуществления, ген НА содержит нуклеотидную последовательность, показанную в SEQ ID NO: 15, 31, 61 или 77.

В одном варианте осуществления, полинуклеотид этого изобретения кодирует полипептид, имеющий аминокислотную последовательность, показанную в любой из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 33, 34, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76 или 78, или ее функциональный и/или иммуногенный фрагмент или вариант. В конкретном варианте осуществления, полинуклеотид, кодирующий аминокислотную последовательность, показанную в SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 33, 34, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76 или 78, содержит нуклеотидную последовательность, показанную в SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75 или 77, соответственно, или последовательность, кодирующую функциональный и/или иммуногенный фрагмент или вариант любой из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 33, 34, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76 или 78. Таким образом, представленное изобретение относится к полинуклеотидным последовательностям, содержащим нуклеотидную последовательность, показанную в любой из SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75 или 77, или фрагменту или варианту, в том числе вырожденному варианту, любой из SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75 или 77. В следующем конкретном варианте осуществления, полинуклеотид этого изобретения может содержать: нуклеотиды 1-2271 SEQ ID NO: 3; нуклеотиды 1-2148 SEQ ID NO: 5; нуклеотиды 1-657 SEQ ID NO: 7; нуклеотиды 1-1494 SEQ ID NO: 9; нуклеотиды 1-1410 SEQ ID NO: 11; нуклеотиды 1-756 SEQ ID NO: 13; нуклеотиды 1-1695 SEQ ID NO: 15; нуклеотиды 1-2271 SEQ ID NO: 19; нуклеотиды 1-2148 SEQ ID NO: 21; нуклеотиды 1-657 SEQ ID NO: 23; нуклеотиды 14494 SEQ ID NO: 25; нуклеотиды 1-756 SEQ ID NO: 29; нуклеотиды 1-1695 SEQ ID NO: 31; нуклеотиды 1-2277 SEQ ID NO: 47; нуклеотиды 1-2271 SEQ ID NO: 49; нуклеотиды 1-2148 SEQ ID NO: 51; нуклеотиды 1-690 SEQ ID NO: 53; нуклеотиды 1-1494 SEQ ID NO: 55; нуклеотиды 1-1410 SEQ ID NO: 57; нуклеотиды 1-756 SEQ ID NO: 59; нуклеотиды 1-1695 SEQ ID NO: 61; нуклеотиды 1-2277 SEQ ID NO: 63; нуклеотиды 1-2271 SEQ ID NO: 65; нуклеотиды 1-2148 SEQ ID NO: 67; нуклеотиды 1-690 SEQ ID NO: 69; нуклеотиды 1-1494 SEQ ID NO: 71; нуклеотиды 1-1410 SEQ ID NO: 73; нуклеотиды 1-756 SEQ ID NO: 75 и нуклеотиды 1-1695 SEQ ID NO: 77. Нуклеотидные и аминокислотные последовательности вирусных полинуклеотидных и полипептидных последовательностей, обсуждаемые в рамках данного изобретения, были также депонированы GenBank при номерах доступа No. DQ124147 - DQ124161 и DQ124190, описание которых включено здесь в качестве ссылки.

Представленное изобретение относится также к полипептидам, кодируемым полинуклеотидами вируса гриппа данного изобретения. Представленное изобретение относится также к функциональным и/или иммуногенным фрагментам и вариантам рассматриваемых полипептидов. Рассматриваемые полипептиды включают в себя белок НА, белок NA, белок NS, нуклеопротеин, основный белок полимеразы, кислый белок полимеразы и матриксный белок вируса гриппа этого изобретения. В примерном варианте осуществления, полипептид этого изобретения имеет аминокислотную последовательность, показанную в любой из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 33, 34, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76 или 78, или ее функциональный и/или иммуногенный фрагмент или вариант.

Представленное изобретение относится также к конструкциям, содержащим полинуклеотидную последовательность данного изобретения. В одном варианте осуществления, экспрессионная конструкция этого изобретения содержит полинуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, показанную в любой из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 33, 34, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76 или 78, или ее функциональный и/или иммуногенный фрагмент или вариант. В конкретном варианте осуществления, полинуклеотид, кодирующий аминокислотную последовательность, показанную в SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 33, 34, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76 или 78, содержит нуклеотидную последовательность, показанную в SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75 или 77, соответственно, или последовательность, кодирующую функциональный и/или иммуногенный фрагмент или вариант любой из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 33, 34, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76 или 78. Таким образом, представленное изобретение относится к экспрессионным конструкциям, содержащим полинуклеотидную последовательность, содержащую нуклеотидную последовательность, показанную в любой из SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75 или 77, или фрагмент или вариант, в том числе вырожденный вариант, любой из SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75 или 77. В предпочтительном варианте осуществления, экспрессионная конструкция данного изобретения обеспечивает сверхэкспрессию функционально связанного полинуклеотида этого изобретения.

Экспрессионные конструкции этого изобретения обычно включают в себя регуляторные элементы, которые являются функциональными в предполагаемых клетках-хозяевах, в которых должна экспрессироваться эта экспрессионная конструкция. Таким образом, специалист с обычной квалификацией в этой области может выбрать регуляторные элементы для применения, например, в клетках-хозяевах человека, клетках-хозяевах млекопитающего, клетках-хозяевах насекомого, клетках-хозяевах дрожжей, бактериальных клетках-хозяевах и клетках-хозяевах растений. В одном варианте осуществления, эти регуляторные элементы являются регуляторными элементами, функциональными в клетках собачьих. Регуляторные элементы включают в себя промоторы, последовательности терминации транскрипции, последовательности терминации трансляции, усилители и элементы полиаденилирования. В данном контексте, термин «экспрессионная конструкция» относится к комбинации последовательностей нуклеиновых кислот, которая обеспечивает транскрипцию функционально связанной последовательности нуклеиновой кислоты. В данном контексте, термин «функционально связанные» относится к непосредственному соприкосновению описанных компонентов, где эти компоненты находятся в такой связи, которая позволяет им функционировать предназначенным для них образом. Обычно, функционально связанные компоненты находятся смежными относительно друг друга.

Экспрессионная конструкция этого изобретения может содержать промоторную последовательность, функционально связанную с полинуклеотидной последовательностью, кодирующей полипептид этого изобретения. Промоторы могут быть включены в полинуклеотид с использованием стандартных способов, известных в данной области. Множественные копии промоторов или множественные промоторы могут быть использованы в экспрессионной конструкции этого изобретения. В предпочтительном варианте осуществления, промотор может быть расположен на приблизительно том же самом расстоянии от сайта инициации транскрипции в этой экспрессионной конструкции, на котором он находится от сайта инициации транскрипции в его природном окружении. Допустима некоторая вариация в этом расстоянии без существенного уменьшения активности промотора. Сайт инициации транскрипции обычно включают в экспрессионную конструкцию. Предпочтительно, промотор, ассоциированный с экспрессионной конструкцией этого изобретения, обеспечивает сверхэкспрессию функционально связанного полинуклеотида этого изобретения.

Промоторы для использования с экспрессионной конструкцией этого изобретения в эукариотических клетках могут быть промоторами вирусного или клеточного происхождения. Вирусные промоторы включают в себя, но не ограничиваются ими, промоторы генов цитомегаловируса (CMV), ранние или поздние промоторы SV40 или промоторы генов вируса саркомы Рауса (RSV). Промоторы клеточного происхождения включают в себя, но не ограничиваются ими, промотор гена десмина и промотор гена актина. Промоторы, подходящие для использования с экспрессионной конструкцией этого изобретения в дрожжевых клетках, включают в себя, но не ограничиваются ими, промотор 3-фосфоглицераткиназы, промотор глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы, промотор металлотионеина, промотор алкогольдегидрогеназы и промотор гексокиназы.

Если экспрессионная конструкция должна быть обеспечена в растительной клетке или должна вводиться в растительную клетку, могут быть использованы промоторы вирусов растений, такие как, нап