Идентификация мутации lkb1 в качестве прогностического биомаркера чувствительности к ингибиторам tor-киназы

Идентификация мутации lkb1 в качестве прогностического биомаркера чувствительности к ингибиторам tor-киназы

Иллюстрации

Показать все

Реферат

1. ПЕРЕКРЕСТНЫЕ ССЫЛКИ НА РОДСТВЕННЫЕ ЗАЯВКИ

[0001] По настоящей заявке испрашивается приоритет предварительной заявки США № 61/301150, поданной 3 февраля 2010 года, и испрашивается приоритет предварительной заявки США № 61/362982, поданной 9 июля 2010 года, содержание каждой из которых включено в настоящий документ в качестве ссылки в полном объеме.

2. ОБЛАСТЬ

[0002] Настоящее изобретение относится к способам лечения и/или профилактики злокачественной опухоли или опухолевого синдрома у пациента, включающим введение эффективного количества ингибитора TOR-киназы пациенту со злокачественной опухолью или опухолевым синдромом, характеризуемых потерей или мутацией генов или белков LKB1 и/или AMPK.

3. ПРЕДШЕСТВУЮЩИЙ УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

[0003] Связь между аномальным фосфорилированием белка и причиной или последствием заболеваний стала известна более 20 лет назад. Таким образом, протеинкиназы оказались очень важной группой мишеней лекарственных средств. См. Cohen, Nat. Rev. Drug Disc., 1:309-315 (2002), Grimmiger et al. Nat. Rev. Drug Disc. 9(12):956-970 (2010). Различные ингибиторы протеинкиназ клинически применяли при лечении широкого спектра заболеваний, таких как злокачественные опухоли и хронические воспалительные заболевания, включая диабет и инсульт. См. Cohen, Eur. J. Biochem., 268:5001-5010 (2001), Protein Kinase Inhibitors for the Treatment of Disease: The Promise and the Problems, Handbook of Experimental Pharmacology, Springer Berlin Heidelberg, 167 (2005).

[0004] Протеинкиназы принадлежат к большому и разнообразному семейству ферментов, катализирующих фосфорилирование белка, и играют решающую роль в клеточной сигнализации. Протеинкиназы в зависимости от их белка-мишени могут оказывать положительные или отрицательные регуляторные эффекты. Протеинкиназы вовлечены в конкретные пути передачи сигналов, которые регулируют клеточные функции, в качестве неограничивающих примеров, такие как, метаболизм, прохождение клеточного цикла, клеточная адгезия, сосудистая функция, апоптоз и ангиогенез. Нарушение функционирования клеточной сигнализации связано со многими заболеваниями, наиболее охарактеризованные из которых включают злокачественные опухоли и диабет. Регуляция передачи сигнала цитокинами и ассоциация сигнальных молекул с протоонкогенами и генами опухолевых супрессоров хорошо подтверждена документально. Подобным образом продемонстрирована связь между диабетом и связанными состояниями и с нарушенной регуляцией уровней протеинкиназ. См. например, Sridhar et al. Pharm. Res. 17(11): 1345-1353 (2000). С регуляцией протеинкиназ также связаны вирусные инфекции и связанные с ними состояния. Park et al. Cell 101(7): 777-787 (2000).

[0005] Протеинкиназы можно разделить на большие группы в зависимости от вида аминокислот(), являющихся их мишенями (серин/треонин, тирозин, лизин и гистидин). Например, тирозинкиназы включают рецепторные тирозинкиназы (RTK), такие как факторы роста, и нерецепторные тирозинкиназы, такие как семейство киназ src. Также существуют протеинкиназы с двойной специфичностью, мишенью которых являются и тирозин, и серин/треонин, такие как циклин-зависимые киназы (CDK) и митоген-активируемые протеинкиназы (MAPK).

[0006] Вследствие того, что протеинкиназы регулируют почти каждый клеточный процесс, включая метаболизм, клеточную пролиферацию, клеточную дифференцировку и выживание клеток, они являются привлекательными мишенями для терапевтического вмешательства при различных болезненных состояниях. Например, контроль клеточного цикла и ангиогенез, в которых протеинкиназы играют основную роль, являются клеточными процессами, связанными с многочисленными болезненными состояниями, в качестве неограничивающих примеров, такими как, злокачественные опухоли, воспалительные заболевания, аномальный ангиогенез и заболевания, связанные с ним, атеросклероз, дегенерация желтого пятна, диабет, ожирение и боль.

[0007] Протеинкиназы оказались привлекательными мишенями для лечения злокачественных опухолей. Fabbro et al. Pharm. Ther. 93:79-98 (2002). Предположено, что вовлечение протеинкиназ в развитие злокачественных новообразований у человека может происходить вследствие: (1) геномных перестановок (например, BCR-ABL при хроническом миелогенном лейкозе), (2) мутаций, приводящих к конститутивно активной киназной активности, например, при остром миелогенном лейкозе и опухолях желудочно-кишечного тракта, (3) нарушения регуляции киназной активности вследствие активации онкогенов или потери функций опухолевых супрессоров, например, при злокачественных опухолях с онкогенным RAS, (4) нарушения регуляции киназной активности вследствие сверхэкспрессии, как в случае EGFR и (5) эктопической экспрессии факторов роста, которые могут вносить вклад в развитие и поддержание неопластического фенотипа. Fabbro et al., Pharm. Ther. 93:79-98 (2002).

[0008] Выяснение запутанности протеинкиназных путей и сложности связи и взаимодействия у различных протеинкиназ и киназных путей и между ними выдвигает на первый план важность разработки фармацевтических средств, способных действовать в качестве модуляторов, регуляторов или ингибиторов протеинкиназ с благоприятной активностью на несколько киназ или несколько киназных путей. Таким образом, остается потребность в новых модуляторах киназ.

[0009] Белок, называемый mTOR (мишень рапамицина млекопитающих), также называемый FRAP, RAFTI или RAPT1), представляет собой Ser/Thr протеинкиназу из 2549 аминокислот, которая, как показано, является одним из наиболее важных белков в пути mTOR/PI3K/Akt, который регулирует рост и пролиферацию клеток. Georgakis and Younes Expert Rev. Anticancer Ther. 6(1): 131-140 (2006). mTOR существует в двух комплексах, mTORC1 и mTORC2. Тогда как mTORC1 чувствителен к аналогам рапамицина (таким как темсиролимус или эверолимус), mTORC2 преимущественно нечувствителен к рапамицину. Примечательно, что рапамицин не является ингибитором TOR-киназы. Несколько ингибиторов mTOR оценивали или оценивают в клинических испытаниях для лечения злокачественных опухолей. Темсиролимус одобрен для применения при почечно-клеточной карциноме в 2007 году, а эверолимус в 2009 году одобрен для пациентов с почечноклеточной карциномой, у которых наблюдали прогрессирование при применении ингибиторов рецепторов фактора роста эндотелия сосудов. Кроме того, сиролимус в 1999 году одобрен для профилактики отторжение трансплантата почки. Интересный, но ограниченный клинический успех этих ингибирующих mTORC1 соединений демонстрирует пригодность ингибиторов mTOR при лечении злокачественной опухоли и отторжения трансплантата, и повышенный потенциал соединений с сочетанной ингибирующей mTORC1 и mTORC2 активностью.

[0010] Соматические мутации влияют на ключевые пути при раке легких. Таким образом, идентификация специфических мутаций, связанных с раком легких, может приводить к улучшенным терапевтическим протоколам. Недавние исследования выявили большое количество соматических мутаций гена LKB1, который представлен при раке легких, шейки матки, молочной железы, кишечника, семенников, поджелудочной железы и кожи (Distribution of somatic mutations in STK11, Catalogue of Somatic Mutations in Cancer, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge).

[0011] Цитирование любой ссылки или указание на нее в разделе 2 настоящей заявки не следует рассматривать как допущение, что ссылка представляет собой известный уровень техники для настоящей заявки.

4. СУЩНОСТЬ

[0012] Настоящее изобретение относится к способам лечения или профилактики злокачественной опухоли, например, немелкоклеточной карциномы легких или рака шейки матки, или лечения опухолевого синдрома, например, синдрома Пейтца-Егерса, включающим введение эффективного количества ингибитора TOR-киназы пациенту со злокачественной опухолью или опухолевым синдромом, характеризующимися потерей или мутацией гена или белка LKB1 относительно гена или белка LKB1 контрольного пациента или дикого типа.

[0013] Также настоящее изобретение относится к способам лечения или профилактики злокачественной опухоли, например, немелкоклеточной карциномы легких или рака шейки матки, включающим скрининг злокачественной опухоли пациента на потерю или наличие мутации гена или белка LKB1 относительно гена или белка LKB1 контрольного пациента или дикого типа и введение эффективного количества ингибитора TOR-киназы пациенту со злокачественной опухолью, характеризующейся потерей или мутацией гена или белка LKB1.

[0014] Также настоящее изобретение относится к способам детекции потери или мутации гена или белка LKB1 в злокачественной опухоли пациента ("тестируемого пациента"), например, немелкоклеточной карциноме легких или раке шейки матки, включающим: получение биологического образца из злокачественной опухоли тестируемого пациента; измерение одного или нескольких из уровня экспрессии мРНК LKB1, уровня экспрессии белка LKB1, определение статуса метилирования гена LKB1 или иную идентификацию потери или наличия мутации гена или белка (например, посредством прямого секвенирования кДНК или ДНК экзонов, или анализа SNP, или множественной зависимой от лигирования амплификации зондов (MLPA) для идентификации потери количества копий или иммуногистохимии (IHC), иммунофлуоресценции (IF) или вестерн-блоттинга для определения потери белка); и сравнение указанного измерения с контрольным измерением из злокачественной опухоли пациента ("контрольного пациента"), не характеризующейся потерей или мутацией гена или белка LKB1 (дикого типа); где изменение экспрессии мРНК LKB1, экспрессии белка LKB1, структуры мРНК LKB1, статуса метилирования гена LKB1 и/или структуры белка LKB1 в биологическом образце, полученном у тестируемого пациента, относительно образца, полученного у контрольного пациента или дикого типа, указывает на потерю или наличие мутации гена или белка LKB1 в злокачественной опухоли тестируемого пациента.

[0015] Также настоящее изобретение относится к способам прогноза вероятности наличия у пациента злокачественной опухоли, например, немелкоклеточной карциномы легких или рака шейки матки, поддающихся лечению ингибиторами TOR-киназы, включающим скрининг злокачественной опухоли указанного пациента на потерю или наличие мутации гена или белка LKB1 относительно гена или белка LKB1 контрольного пациента или дикого типа, где потеря или наличие мутации гена или белка LKB1 позволяет предполагать повышенную вероятность того, что лечение ингибиторами TOR-киназы будет воздействовать на указанную злокачественную опухоль.

[0016] Также настоящее изобретение относится к способам прогноза терапевтической эффективности лечения пациента со злокачественной опухолью, например, немелкоклеточной карциномой легких или рака шейки матки, ингибитором TOR-киназы, включающим скрининг злокачественной опухоли указанного пациента на потерю или наличие мутации гена или белка LKB1 относительно гена или белка LKB1 контрольного пациента или дикого типа, где потеря или наличие мутации гена или белка LKB1 в злокачественной опухоли пациента является прогностическим для терапевтической эффективности лечения ингибитором TOR-киназы.

[0017] Также настоящее изобретение относится к способам лечения опухолевого синдрома, например, синдрома Пейтца-Егерса, включающим скрининг пациента на потерю или наличие мутации гена или белка LKB1 относительно гена или белка LKB1 контрольного пациента или дикого типа и введение эффективного количества ингибитора TOR-киназы пациенту с потерей или мутацией гена или белка LKB1.

[0018] Также настоящее изобретение относится к способам детекции потери или мутации гена или белка LKB1 у пациента ("тестируемого пациента") с опухолевым синдромом, например, синдромом Пейтца-Егерса, включающим: получение у тестируемого пациента биологического образца; измерение одного или нескольких из уровня экспрессии мРНК LKB1, уровня экспрессии белка LKB1, определение статуса метилирования гена LKB1 или иную идентификацию потери или наличия мутации гена или белка (например, посредством прямого секвенирования кДНК или ДНК экзонов, или анализа SNP, или множественной зависимой от лигирования амплификации зондов (MLPA) для идентификации потери количества копий или иммуногистохимии (IHC), иммунофлуоресценции (IF) или вестерн-блоттинга для определения потери белка); и сравнение указанного измерения с контрольным измерением у пациента ("контрольного пациента") без потери или мутации гена или белка LKB1 (дикого типа); где изменение экспрессии мРНК LKB1, экспрессии белка LKB1, структуры мРНК LKB1, статуса метилирования гена LKB1 и/или структуры белка LKB1 в биологическом образце, полученном у тестируемого пациента, относительно образца, полученного у контрольного пациента или дикого типа, указывает на потерю или наличие мутации гена или белка LKB1 у тестируемого пациента.

[0019] Также настоящее изобретение относится к способам прогноза вероятности наличия у пациента опухолевого синдрома, например, синдрома Пейтца-Егерса, поддающегося лечению ингибиторами TOR-киназы, включающим скрининг указанного пациента на потерю или наличие мутации гена или белка LKB1 относительно гена или белка LKB1 контрольного пациента или дикого типа, где потеря или наличие мутации гена или белка LKB1 позволяет предполагать повышенную вероятность того, что лечение ингибиторами TOR-киназы будет воздействовать на указанный опухолевый синдром.

[0020] Также настоящее изобретение относится к способам прогноза терапевтической эффективности лечения пациента с опухолевым синдромом, например, синдромом Пейтца-Егерса, ингибитором TOR-киназы, включающим скрининг указанного пациента на потерю или наличие мутации гена или белка LKB1 относительно гена или белка LKB1 контрольного пациента или дикого типа, где потеря или наличие мутации гена или белка LKB1 у пациента является прогностическим для терапевтической эффективности лечения ингибитором TOR-киназы.

[0021] Настоящее изобретение относится к способам лечения или профилактики злокачественной опухоли, например, немелкоклеточной карциномы легких или рака шейки матки, или лечения опухолевого синдрома, например, синдрома Пейтца-Егерса, включающим введение эффективного количества ингибитора TOR-киназы пациенту со злокачественной опухолью или опухолевым синдромом, характеризующимся потерей или мутацией гена или белка AMPK относительно гена или белка AMPK контрольного пациента или дикого типа.

[0022] Настоящее изобретение относится к способам лечения или профилактики злокачественной опухоли, например, немелкоклеточной карциномы легких или рака шейки матки, или лечения опухолевого синдрома, например, синдрома Пейтца-Егерса, включающим введение эффективного количества ингибитора TOR-киназы пациенту со злокачественной опухолью или опухолевым синдромом, характеризующимся сниженным уровнем белка фосфо-AMPK (pAMPK) и/или активности AMPK относительно уровня белка фосфо-AMPK (pAMPK) и/или активности AMPK контрольного пациента или дикого типа. В одном из вариантов осуществления pAMPK представляет собой pAMPK T172.

[0023] Также настоящее изобретение относится к способам лечения или профилактики злокачественной опухоли, например, немелкоклеточной карциномы легких или рака шейки матки, включающим скрининг злокачественной опухоли пациента на потерю или наличие мутации гена или белка AMPK относительно гена или белка AMPK контрольного пациента или дикого типа, и введение эффективного количества ингибитора TOR-киназы пациенту со злокачественной опухолью, характеризующейся потерей или мутацией гена или белка AMPK.

[0024] Также настоящее изобретение относится к способам лечения или профилактики злокачественной опухоли, например, немелкоклеточной карциномы легких или рака шейки матки, включающим скрининг злокачественной опухоли пациента на наличие сниженного уровня белка pAMPK и/или активности AMPK относительно уровня белка pAMPK и/или активности AMPK контрольного пациента или дикого типа, и введение эффективного количества ингибитора TOR-киназы пациенту со злокачественной опухолью, характеризующейся сниженным уровнем белка pAMPK и/или активности AMPK. В одном из вариантов осуществления pAMPK представляет собой pAMPK T172.

[0025] Также настоящее изобретение относится к способам детекции потери или мутации гена или белка AMPK в злокачественной опухоли пациента ("тестируемого пациента"), например, немелкоклеточной карциномы легких или рака шейки матки, включающим: получение биологического образца из злокачественной опухоли тестируемого пациента; измерение одного или нескольких из уровня экспрессии мРНК AMPK, уровня экспрессии белка AMPK, определение статуса метилирования гена AMPK или иную идентификацию потери или наличия мутации гена или белка (например, посредством прямого секвенирования кДНК или ДНК экзонов, или анализа SNP, или множественной зависимой от лигирования амплификации зондов (MLPA) для идентификации потери количества копий или иммуногистохимии (IHC), иммунофлуоресценции (IF) или вестерн-блоттинга для определения потери белка); и сравнение указанного измерения с контрольным измерением из злокачественной опухоли пациента ("контрольного пациента"), не характеризующейся геном или белком AMPK или мутацией (дикого типа); где изменение экспрессии мРНК AMPK, экспрессии белка AMPK, структуры мРНК AMPK, метилирования гена AMPK и/или структуры белка AMPK в биологическом образце, полученном у тестируемого пациента, относительно экспрессии мРНК AMPK, экспрессии белка AMPK, структуры мРНК AMPK, метилирования гена AMPK и/или структуры белка AMPK контрольного пациента или дикого типа, указывает на потерю или наличие мутации гена или белка AMPK в злокачественной опухоли тестируемого пациента.

[0026] Также настоящее изобретение относится к способам детекции сниженного уровня белка pAMPK и/или активности AMPK в злокачественной опухоли пациента ("тестируемого пациента"), например, немелкоклеточной карциномы легких или рака шейки матки, включающим: получение биологического образца из злокачественной опухоли тестируемого пациента; измерение одного или нескольких из уровня экспрессии белка pAMPK, уровня активности AMPK или иное измерение уровня белка pAMPK (например, иммуногистохимия (IHC), иммунофлуоресценция (IF) или вестерн-блоттинг с определением количества белка pAMPK или уровня фосфорилирования AMPK по конкретным участкам, например, по участку T172) и/или уровня активности AMPK (например, анализ AMPK-киназы, см. Sanders et al. Biochem.J. 403:139-148 (2007)); и сравнение указанного измерения с контрольным измерением из злокачественной опухоли пациента ("контрольного пациента"), не характеризующейся сниженным уровнем белка pAMPK и/или активности AMPK (дикого типа); где меньший уровень белка pAMPK и/или активности AMPK в биологическом образце, полученном у тестируемого пациента, относительно уровня белка pAMPK и/или активности AMPK контрольного пациента или дикого типа, указывает на наличие сниженного уровня белка pAMPK и/или активности AMPK в злокачественной опухоли тестируемого пациента.

[0027] Также настоящее изобретение относится к способам прогноза вероятности наличия у пациента злокачественной опухоли, например, немелкоклеточной карциномы легких или рака шейки матки, поддающихся лечению ингибиторами TOR-киназы, включающим скрининг злокачественной опухоли указанного пациента на потерю или наличие мутации гена или белка AMPK относительно гена или белка AMPK контрольного пациента или дикого типа, где потеря или наличие мутации гена или белка AMPK позволяет предполагать повышенную вероятность того, что лечение ингибиторами TOR-киназы будет воздействовать на указанную злокачественную опухоль.

[0028] Также настоящее изобретение относится к способам прогноза вероятности наличия у пациента злокачественной опухоли, например, немелкоклеточной карциномы легких или рака шейки матки, поддающихся лечению ингибиторами TOR-киназы, включающим скрининг злокачественной опухоли указанного пациента на наличие сниженного уровня белка pAMPK и/или активности AMPK относительно уровня белка pAMPK и/или активности AMPK контрольного пациента или дикого типа, где наличие сниженного уровня белка pAMPK и/или активности AMPK позволяет предполагать повышенную вероятность того, что лечение ингибиторами TOR-киназы будет воздействовать на указанную злокачественную опухоль.

[0029] Также настоящее изобретение относится к способам прогноза терапевтической эффективности лечения пациента со злокачественной опухолью, например, немелкоклеточной карциномой легких или рака шейки матки, ингибитором TOR-киназы, включающим скрининг злокачественной опухоли указанного пациента на потерю или наличие мутации гена или белка AMPK относительно гена или белка AMPK контрольного пациента или дикого типа, где потеря гена или белка AMPK в злокачественной опухоли пациента является прогностическим для терапевтической эффективности лечения ингибитором TOR-киназы.

[0030] Также настоящее изобретение относится к способам прогноза терапевтической эффективности лечения пациента со злокачественной опухолью, например, немелкоклеточной карциномой легких или рака шейки матки, ингибитором TOR-киназы, включающим скрининг злокачественной опухоли указанного пациента на наличие сниженного уровня белка pAMPK и/или активности AMPK относительно уровня белка pAMPK и/или активности AMPK контрольного пациента или дикого типа, где наличие сниженного уровня белка pAMPK и/или активности AMPK в злокачественной опухоли пациента является прогностическим для терапевтической эффективности лечения ингибитором TOR-киназы.

[0031] Также настоящее изобретение относится к способам лечения или профилактики злокачественной опухоли, например, немелкоклеточной карциномы легких или рака шейки матки или лечения опухолевого синдрома, например, синдрома Пейтца-Егерса, включающим введение пациенту со злокачественной опухолью или опухолевым синдромом эффективного количества ингибитора TOR-киназы и эффективного количества одного или нескольких средств, модулирующих уровни АМФ, захват глюкозы, метаболизм или ответ на стресс.

[0032] Также настоящее изобретениеотносится к фармацевтическим композициям, содержащим один или несколько ингибиторов TOR-киназы и одно или несколько средств, модулирующих уровни АМФ, захват глюкозы, метаболизм или ответ на стресс, и фармацевтически приемлемый носитель, эксципиент или разбавитель.

[0033] Также настоящее изобретение относится к наборам, содержащим один или несколько контейнеров, заполненных ингибитором TOR-киназы или его фармацевтической композицией, реагентами для детекции потери или мутации гена или белка LKB1, или потери или мутации гена или белка AMPK или обоих в злокачественной опухоли пациента или у пациента с опухолевым синдромом, и инструкции для детекции потери или мутации гена или белка LKB1, или потери или мутации гена или белка AMPK, или обоих, в злокачественной опухоли пациента или у пациента с опухолевым синдромом.

[0034] Также настоящее изобретение относится к наборам, содержащим один или несколько контейнеров, заполненных ингибитором TOR-киназы или его фармацевтической композицией, реагентами для детекции сниженного уровня белка pAMPK и/или активности AMPK в злокачественной опухоли пациента или у пациента с опухолевым синдромом, и инструкции для детекции сниженного уровня белка pAMPK и/или активности AMPK в злокачественной опухоли пациента или у пациента с опухолевым синдромом.

[0035] В некоторых вариантах осуществления ингибитор TOR-киназы представляет собой соединение, как описано в настоящем документе.

[0036] Варианты осуществления настоящего изобретения можно более полно понять на основании подробного описания и примеров, которые предназначены для иллюстрации неограничивающих вариантов осуществления.

5. КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙ

[0037] На фигуре 1 перечислен мутантный статус LKB1 клеточных линий немелкоклеточного рака легких (NSCLC) на основе описанных последовательностей ДНК, описанной мутации, присутствия (положительно) или отсутствия (отрицательно) интактного белка LKB1 (как определяли вестерн-иммуноблоттингом, как показано на фиг. 1B) и средних значений IC₅₀ (мкМ) для ингибирования роста соединением 1 (n представляет собой количество повторений определений IC₅₀).

[0038] На фигуре 1B проиллюстрирован вестерн-блоттинг LI-COR, демонстрирующий уровни белка LKB1 в панели клеточных линий NSCLC из фиг. 1A. Эксперимент подтверждает отсутствие белка LKB1 для линий, описанных как мутантные по гену LKB1.

[0039] На фигуре 2A проиллюстрирована корреляция чувствительности к лечению ингибитором TOR-киназы соединением 1 (IC₅₀) с описанным мутантным статусом гена LKB1, как определено посредством критерия Крускала (p=0,0296).

[0040] На фигуре 2B проиллюстрирована корреляция чувствительности к лечению ингибитором TOR-киназы соединением 1 (IC₅₀) с наличием (положительно) или отсутствием (отрицательно) белка LKB1, как оценивали посредством вестерн-иммуноблоттинга LI-COR, как определено посредством критерия Вилкоксона (p= 0,0128).

[0041] На фигуре 2C проиллюстрировано применение критерия Фишера и критерия Вилкоксона для анализа корреляции между чувствительностью к соединению 1 (определенной как IC₅₀ <5 мкМ) и наличием или отсутствием интактного белка LKB1 (как определено вестерн-иммуноблоттингом). Полученные значения p указывают на то, что клеточные линии без интактного белка LKB1 являются более чувствительными к соединению 1.

[0042] На фигуре 3A проиллюстрирован вестерн-блоттинг LI-COR, демонстрирующий уровни фосфо-AMPK T172, AMPK, LKB1 и актина из выбранных клеточных линий NSCLC. Уровни белка LKB1 коррелируют с уровнями pAMPK T172 за исключением H1437.

[0043] На фигуре 3B проиллюстрирован результат применения критерия Вилкоксона для анализа корреляции между статусом LKB1 и отношением pAMPK/актин в сорока двух клеточных линиях NSCLC. Статус LKB1 определяли как отрицательный или положительный на основе вестерн-иммуноблоттинга. Ось y представляет собой Log₁₀ отношения pAMPK/актин. Корреляцию между статусом белка LKB1 и отношением pAMPK/актин оценивали, применяя критерий Вилкоксона (p=0,000278), где как значимую корреляцию рассматривали значение p<0,05.

6. ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ

6.1 ОПРЕДЕЛЕНИЯ

[0044] "Алкильная" группа представляет собой насыщенный, частично насыщенный или ненасыщенный неразветвленный или разветвленный нециклический углеводород, содержащий 1-10 атомов углерода, как правило, 1-8 атомов углерода или, в некоторых вариантах осуществления, 1-6, 1-4 или 2-6 или атомов углерода. Типичные алкильные группы включают -метил, -этил, -н-пропил, -н-бутил, -н-пентил и -н-гексил; тогда как насыщенные разветвленные алкилы включают -изопропил, -втор-бутил, -изобутил, -трет-бутил, -изопентил, 2-метилпентил, 3-метилпентил, 4-метилпентил, 2,3-диметилбутил и т.п. Примеры ненасыщенных алкильных групп в качестве неограничивающих примеров, наряду с другими, включают, винил, аллил, -CH=CH(CH₃), -CH=C(CH₃)₂, -C(CH₃)=CH₂, -C(CH₃)=CH(CH₃), -C(CH₂CH₃)=CH₂, -C≡CH, -C≡C(CH₃), -C≡C(CH₂CH₃), -CH₂C≡CH, -CH₂C≡C(CH₃) и -CH₂C≡C(CH₇CH₃). Алкильная группа может быть замещенной или незамещенной. Если не указано иначе, когда алкильные группы, описываемые в настоящем документе, указаны как "замещенные", они могут быть замещенными любым заместителем или заместителями, такими как находятся в характерных соединениях и вариантах осуществления, описываемых в настоящем документе, а также галогеном (хлором, йодом, бромом или фтором); алкилом; гидроксилом; алкокси; алкоксиалкилом; амино; алкиламино; карбокси; нитро; циано; тиолом; простым тиоэфиром; имином; имидом; амидином; гуанидином; енамином; аминокарбонилом; ациламино; фосфонато; фосфином; тиокарбонилом; сульфонилом; сульфоном; сульфонамидом; кетоном; альдегидом; сложным эфиром; мочевиной; уретаном; оксимом; гидроксиламином; алкоксиамином; аралкоксиамином; N-оксидом; гидразином; гидразидом; гидразоном; азидом; изоцианатом; изотиоцианатом; цианатом; тиоцианатом; кислородом (=O); B(OH)₂ или O(алкил)аминокарбонилом.

[0045] "Алкенильная" группа представляет собой неразветвленный или разветвленный нециклический углеводород, содержащий 2-10 атомов углерода, как правило, 2-8 атомов углерода, и содержащий по меньшей мере одну двойную связь углерод-углерод. Типичные неразветвленные или разветвленные (C₂-C₈)алкенилы включают -винил, -аллил, -1-бутенил, -2-бутенил, -изобутиленил, -1-пентенил, -2-пентенил, -3-метил-1-бутенил, -2-метил-2-бутенил, -2,3-диметил-2-бутенил, -1-гексенил, -2-гексенил, -3-гексенил, -1-гептенил, -2-гептенил, -3-гептенил, -1-октенил, -2-октенил, -3-октенил и т.п. Двойная связь алкенильной группы может быть несопряженной или сопряженной с другой ненасыщенной группой. Алкенильная группа может быть незамещенной или замещенной.

[0046] "Циклоалкильная" группа представляет собой насыщенную, частично насыщенную или ненасыщенную циклическую алкильную группу с количеством атомов углерода 3-10 с циклической системой с одним циклом или несколькими конденсированными циклами или циклами с внутренним мостиком, которые необязательно могут являться замещенными алкильными группами в количестве 1-3. В некоторых вариантах осуществления циклоалкильная группа содержит 3-8 членов циклической системы, тогда как в других вариантах осуществления количество циклических атомов углерода находится в диапазоне 3-5, 3-6 или 3-7. Такие циклоалкильные группы в качестве примера включают циклические структуры с одним циклом, такие как циклопропил, циклобутил, циклопентил, циклогексил, циклогептил, циклооктил, 1-метилциклопропил, 2-метилциклопентил, 2-метилциклооктил и т.п., или циклические структуры с несколькими циклами или циклические структуры с внутренним мостиком, такие как адамантил и т.п. Примеры ненасыщенных циклоалкильных групп, наряду с другими, включают циклогексенил, циклопентенил, циклогексадиенил, бутадиенил, пентадиенил, гексадиенил. Циклоалкильная группа может быть замещенной или незамещенной. Такие замещенные циклоалкильные группы в качестве примера включают циклогексанон и т.п.

[0047] "Арильная" группа представляет собой ароматическую карбоциклическую группу с количеством атомов углерода 6-14 с одним циклом (например, фенил) или несколькими конденсированными циклами (например, нафтил или антрил). В некоторых вариантах осуществления арильные группы в циклических частях групп содержат 6-14 атомов углерода, а в других 6-12 или даже 6-10 атомов углерода. Конкретные арилы включают фенил, бифенил, нафтил и т.п. Арильная группа может являться замещенной или незамещенной. Фраза "арильные группы" также включает группы, содержащие конденсированные кольца, такие как конденсированные ароматические-алифатические циклические системы (например, инданил, тетрагидронафтил и т.п.).

[0048] "Гетероарильная" группа представляет собой арильную циклическую систему, содержащую в качестве циклических атомов гетероароматической циклической системы от одного до четырех гетероатомов, где оставшиеся атомы представляют собой атомы углерода. В некоторых вариантах осуществления гетероарильные группы в циклических частях групп содержат 5-6 циклических атомов, а в других 6-9 или даже 6-10 атомов. Подходящие гетероатомы включают кислород, серу и азот. В определенных вариантах осуществления гетероарильная циклическая система является моноциклической или бициклической. Неограничивающие примеры в качестве неограничивающих примеров включают такие группы, как пирролильная, пиразолильная, имидазолильная, триазолильная, тетразолильная, оксазолильная, изоксазолильная, тиазолильная, пиролильная, пиридильная, пиридазинильная, пиримидинильная, пиразинильная, тиофенильная, бензотиофенильная, фуранильная, бензофуранильная (например, изобензофуран-1,3-дииминовая), индолильная, азаиндолильная (например, пирролопиридильная или 1H-пирроло[2,3-b]пиридильная), индазолильная, бензимидазолильная (например, 1H-бензо[d]имидазолильная), имидазопиридильная (например, азабензимидазолильная, 3H-имидазо[4,5-b]пиридильная или 1H-имидазо[4,5-b]пиридильная), пиразолопиридильная, триазолопиридильная, бензотриазолильная, бензоксазолильная, бензотиазолильная, бензотиадиазолильная, изоксазолопиридильная, тианафталенильная, пуринильная, ксантинильная, аденинильная, гуанинильная, хинолинильная, изохинолинильная, тетрагидрохинолинильная, хиноксалинильная и хиназолинильная группы.

[0049] "Гетероциклил" представляет собой ароматический (также обозначаемый как гетероарил) или неароматический циклоалкил, в котором от одного до четырех циклических атомов углерода независимо замещены гетероатомом из группы, состоящей из O, S и N. В некоторых вариантах осуществления гетероциклильные группы содержат 3-10 членов циклической системы, тогда как другие такие группы содержат 3-5, 3-6 или 3-8 членов циклической системы. Также гетероциклилы могут быть связаны с другими группами по любому циклическому атому (т.е., по любому атому углерода или гетероатому гетероциклической системы). Гетероциклилалкильная группа может быть замещенной или незамещенной. Гетероциклильные группы включают ненасыщенные, частично насыщенные и насыщенные циклические системы, такие как, например, имидазолильная, имидазолинильная и имидазолидинильная группы. Фраза гетероциклил включает конденсированные циклические структуры, включающие циклические структуры, содержащие конденсированные ароматические и неароматические группы, такие как, например, бензотриазолил, 2,3-дигидробензо[1,4]диоксинил, и бензо[1,3]диоксолил. Фраза также включает полициклические циклические системы с мостиками, содержащие гетероатом, в качестве неограничивающих примеров, такие как, хинуклидил. Типичные примеры гетероциклильной группы в качестве неограничивающих примеров включают азиридинильную, азетидинильную, пирролидильную, имидазолидинильную, пиразолидинильную, тиазолидинильную, тетрагидротиофенильную, тетрагидрофуранильную, диоксолильную, фуранильную, тиофенильную, пирролильную, пирролинильную, имидазолильную, имидазолинильную, пиразолильную, пиразолинильную, триазолильную, тетразолильную, оксазолильную, изоксазолильную, тиазолильную, тиазолинильную, изотиазолильную, тиадиазолильную, оксадиазолильную, пиперидильную, пиперазинильную, морфолинильную, тиоморфолинильную, тетрагидропиранильную (например, тетрагидро-2H-пиранильную), тетрагидротиопиранильную, оксатиановую, диоксильную, диатианильную, пиранильную, пиридильную, пиримидинильную, пиридазинильную, пиразинильную, триазинильную, дигидропиридильную, дигидродитиинильную, дигидродитионильную, гомопиперазинильную, хинуклидильную, индолильную, индолинильную, изоиндолильную, азаиндолильную (пирролопиридильную), индазолильную, индолизинильную, бензотриазолильную, бензимидазолильную, бензофуранильную, бензотиофенильную, бензтиазолильную, бензоксадиазолильную, бензоксазинильную, бензодитиинильную, бензоксатиинильную, бензотиазинильную, бензоксазолильную, бензотиазолильную, бензотиадиазолильную, бензо[1,3]диоксолильную, пиразолопиридильную, имидазопиридильную (азабензимидазолильную; например, 1H-имидазо[4,5-b]пиридильную, или 1H-имидазо[4,5-b]пиридин-2(3H)-онильную), триазолопиридильную, изоксазолопиридильную, пуринильную, ксантинильную, аденинильную, гуанинильную, хинолинильную, изохинолинильную, хинолизинильную, хиноксалинильную, хиназолинильную, циннолинильную, фталазинильную, нафтиридинильную, птеридинильную, тианафталенильную, дигидробензотиазинильную, дигидробензофуранильную, дигидроиндолильную, дигидробензодиоксинильную, тетрагидроиндолильную, тетрагидроиндазолильную, тетрагидробензимидазолильную, тетрагидробензотриазолильную, тетрагидропирролопиридильную, тетрагидропиразолопиридильную, тетрагидроимидазопиридильную, тетрагидротриазолопиридильную и тетрагидрохинолинильную группы. Типичные замещенные гетероциклильные группы могут быть монозамещенными или замещенными более одного раза, в качестве неограничивающих примеров, такие как, пиридильная или морфолинильная группы, которые являются 2-, 3-, 4-, 5- или 6-кратно замещенными или дизамещенными различными заместителями, такими как заместители, перечисленные ниже.

[0050] "Циклоалкилалкильная" группа представляет собой радикал формулы: -алкилциклоалкил, где алкил и циклоалкил определены выше. Замещенные циклоалкилалкильные группы могут быть замещенными по алкильной, циклоалкильной или и по алкильной, и по циклоалкильной частям группы. Типичные циклоалкилалкильные группы в качестве неограничивающих примеров включают циклопентилметил, циклопентилэтил, циклогексилметил, циклогексилэтил и циклогексилпропил. Типичные замещенные циклоалкилалкильные группы могут быть монозамещенными или замещенными более одного раза.

[0051] "Аралкильная" группа представляет собой