Набор lux-биосенсоров для определения генотоксичных продуктов неполного окисления несимметричного диметилгидразина в среде

Иллюстрации

Показать все

Изобретение относится к области биотехнологии и генной инженерии и касается набора lux-биосенсоров для определения генотоксичных продуктов неполного окисления НДМГ в окружающей среде. Представленный набор состоит из проб клеток Escherichia coli, полученных методом рекомбинантных ДНК, содержащих плазмиды с бактериальными luxCDABE-генами под контролем индуцируемых стрессовых промоторов PalkA, PkatG, PsoxS, PrecA и PgrpE. Изобретение позволяет быстро в стационарных или полевых условиях определить содержание генотоксичных продуктов неполного окисления НДМГ в окружающей среде и может быть использовано при оценке степени загрязнения окружающей среды несимметричным диметилгидразином (НДМГ) и генотоксичными продуктами его окисления. 5 ил., 1 табл.

Реферат

Изобретение относится к оценке степени загрязнения окружающей среды несимметричным диметилгидразином (НДМГ) и генотоксичными продуктами его окисления, а также может быть использовано в исследованиях биологических объектов.

Известен способ определения НДМГ и продуктов его окисления в окружающей среде физико-химическими средствами [1-3]. Существо этого способа заключается в проведении фотометрического анализа продуктов распада НДМГ или высокоразрешающего хроматографического (газовая хроматография) разделения химических соединений с масс-спектрометрическим детектированием [1] и идентификации НДМГ и его продуктов распада с помощью методов ЯМР и инфракрасной спектроскопии [2]. Недостатком химических методов является необходимость использования дорогостоящей аппаратуры, а также сложность проведения анализа в связи с высокой нестабильностью НДМГ [3].

В настоящее время широкое распространение для определения загрязнения окружающей среды токсичными веществами получили методы биотестирования с использованием lux-биосенсоров. Известны методы, основанные на тушении биолюминесценции токсикантами, в которых используется механизм ингибирующего действия ядовитых веществ на метаболизм клетки, в основном на дыхательную цепь, что опосредованно влияет на люциферазную реакцию, вызывая ослабление интенсивности биолюминесценции клеток. В этой серии методик, используемых в качестве экспресс-контроля токсичности природных сред, наибольшее распространение в странах Европы и в США получил т.н. «Микротокс» ("Microtox 5ТМ), в котором в качестве биосенсора используются лиофилизированные морские бактерии Photobacterium phosphoreum. В России в подобных тестах используется генно-инженерный штамм Escherichia coli, с генами lux-оперона морских люминесцирующих бактерий Photobacterium leiognathi («Эколюм-08») [4]. Недостатком метода является неспецифичность реакции и невысокая чувствительность. Для идентификации химического соединения, вызвавшего уменьшение интенсивности свечения клеток, требуется дополнительный анализ. Известно также обнаружение токсикантов с использованием lux-биосенсоров на основе бактерий Е.coli, содержащих плазмиды с lux-генами под контролем индуцируемых стрессовых промоторов [5]. Эти lux-биосенсоры, как указано в приведенном патенте США, были использованы для определения нитратов, фенолов, бензина и других токсикантов, но не использовались для обнаружения в среде НДМГ или продуктов его окисления. Для определения в среде НДМГ использовался набор lux-биосенсоров в патенте [6]. При использовании данного набора вклад в общую токсичность генотоксичных производных НДМГ мог быть оценен только по активации промотора бактериального SOS ответа - PrecA, оставляя за скобками алкилирующие соединения, не останавливающие репликационную вилку.

НДМГ, являясь сильным восстановителем, при попадании в окружающую среду взаимодействует с атмосферным кислородом с образованием стабильных продуктов окисления, некоторые из которых являются генотоксичными [7, 8, 9]. Важной составляющей генотоксичности производных окисления НДМГ составляет алкилирующее соединение N-нитрозодиметиламин.

Техническим результатом предложенного изобретения является возможность осуществления быстрого, не требующего дорогой и сложной аппаратуры, как в стационарных, так и в полевых условиях, контроля за содержанием генотоксичных, в том числе алкилирующих, продуктов неполного окисления НДМГ в окружающей среде.

Для достижения этого результата предложено использовать набор lux-биосенсоров на основе бактерий Е.coli, содержащих гибридные плазмиды с lux-генами под контролем индуцируемых стрессовых промоторов PalkA, PkatG, PsoxS, PrecA и PgrpE. В предложенном изобретении для определения генотоксичных продуктов неполного окисления НДМГ использована группа биосенсоров, обладающих свойством индукции (усиления) сигнала (биолюминесценции) клеток при воздействии токсикантом, а также высокой чувствительностью и специфичностью, так как определяется особенностью взаимодействия белка-рецептора (репрессора или активатора) с химическим соединением.

Существо изобретения поясняется прилагаемыми графиками, где на фиг. 1 показана зависимость люминесценции от времени действия продуктов неполного окисления НДМГ (при фиксированной концентрации в пересчете на НДМГ) на биосенсор Е.coli pAlkA-lux. На фиг. 2 приведена зависимость величины эффекта (при оптимальном времени выдерживания образца) от концентрации продуктов неполного окисления НДМГ (НДМГ 7,5 мМ окислен различными концентрациями перекиси водорода), также для биосенсора Е.coli pAlkA-lux.

На фиг. 3, фиг. 4 и фиг. 5 показана реакция биосенсоров Е.coli pKatG-lux, Е.coli pSoxS-lux и E.coli pRecA-lux соответственно на продукты неполного окисления НДМГ атмосферным кислородом (в зависимости от времени действия).

В процессе действия продуктов неполного окисления НДМГ на клетку происходит индукция биолюминесценции у биосенсоров Е.coli pAlkA-lux, Е.coli pKatG-lux, Е.coli pSoxS-lux и E.coli pRecA-lux, но не E.coli pGrpE-lux (поэтому данные для биосенсора PgrpE::lux не приводятся). Как видно из графиков, представленных на фиг. 1-5, при выдерживании проб с НДМГ и продуктами его неполного окисления наблюдается со временем значительное усиление (примерно в 10-100 раз) интенсивности биолюминесценции клеток - биосенсоров. На фиг. 2 приведена зависимость эффективности действия продуктов неполного окисления НДМГ от степени окисления НДМГ перекисью водорода для биосенсора с промотором PAlkA. Согласно данным масс-спектрометрического анализа при обработке НДМГ перекисью водорода возникает алкилирующее соединение N-нитрозодиметиламин [8]. Как видно из приведенных на фиг. 2 данных, амплитуда ответа биосенсора Е.coli pAlkA-lux зависит от количества алкилирующих соединений, возникающих при окислении НДМГ.

У бактерий можно выделить регуляторные системы, специфически реагирующие на токсиканты, действующие на: 1) клеточные мембраны, 2) белки, 3) хромосому (ДНК), а также 4) индуцирующие в клетке окислительный стресс. В качестве биосенсора на токсиканты, действующие на клеточные белки, предложено использовать промотор PgrpE. Этот промотор в бактериальном геноме расположен перед генами «теплового шока» и открывается лишь при появлении в клетке модифицированных, денатурированных белков. В роли биосенсора на ДНК-тропные агенты используется SOS-промотор PrecA и промотор, отвечающий за экспрессию гликозилазы PAlkA. Промотор PrecA открывается лишь при индукции повреждений в геноме, т.е. в молекулах ДНК, останавливающих репликационную вилку. Для детекции алкилирования ДНК (данные повреждения зачастую не останавливают репликационную вилку и не вызывают индукцию SOS ответа) был использован промотор PAlkA. Для детекции веществ, индуцирующих в клетке окислительный стресс (образующих в клетке гидроксильный радикал, супероксид-ион-радикал, перекись водорода) были использованы промоторы PkatG и PsoxS. Промотор PkatG (активатор OxyR) специфически реагирует на перекись водорода, органические пероксиды. Промотор PsoxS открывается при появлении в среде супероксид-анион-радикала.

Следует отметить, что появление в клетке активных форм кислорода, фиксируемых промоторами PkatG и PsoxS, приводит к окислительным повреждениям ДНК. Таким образом, супероксид анион радикал и перекись водорода, возникающие при восстановлении атмосферного кислорода несимметричным диметилгидразином, являются существенной стороной генотоксичного воздействия на клетку продуктов окисления НДМГ [7].

В данном изобретении сконструированы, основанные на этих индуцируемых промоторах, специфические lux-биосенсоры. Все используемые промоторы с соответствующими регуляторными участками были получены из генома бактерий Escherichia coli K12 MG1655 с помощью метода ПЦР с использованием специальных, синтезированных праймеров. В качестве вектора использовали беспромоторный вектор с репликоном ColE1 и геном bla, определяющим резистентность к ампициллину (селективный маркер). Встраивание промоторной области в плазмиду проводили по сайтам EcoRI-BamHI. В качестве lux-кассеты был выбран lux-оперон Photorhabdus luminescens, состоящий из пяти генов, luxCDABE. Данная кассета имеет два преимущества: во-первых, люцифераза Ph.luminescens (гены luxAB) отличается сравнительно высокой термостабильностью, а во-вторых, к суспензии клеток не надо добавлять субстрат люциферазной реакции - алифатический альдегид, так как он синтезируется в клетке при помощи белков, кодируемых генами luxCDE [10].

Методика измерения влияния токсиканта на биолюминесценцию биосенсора была примерно одинаковой для всех lux-биосенсоров.

Определение генотоксичных продуктов неполного окисления НДМГ в среде с помощью lux-биосенсоров требует проведения следующих операций.

1. Приготовление проб, содержащих соответствующие биосенсоры;

- выращивание клеток Е.coli, являющихся биосенсорами, до экспоненциальной фазы (OD=0,2-0,4);

- отбор проб по 200 мкл в виалы (6-8 виал для каждого биосенсора).

2. Добавление к пробам НДМГ или жидкой среды с НДМГ в различных концентрациях;

- приготовление для каждого биосенсора положительного и отрицательного контролей. В качестве положительного контроля используют НДМГ (разведенный в воде) в концентрации 20 мкг/мл (отрицательный контроль - дистиллированная вода);

- добавление по 20 мкл исследуемой среды к каждой пробе каждого биосенсора.

(Все пробы следует приготовить в двойном или тройном экземплярах и затем использовать средние значения полученных экспериментальных величин.)

3. Измерение интенсивностей биолюминесценции проб в течение 1-2 часов для биосенсоров Е.coli pKatG-lux, Е.coli pSoxS-lux и Е.coli pGrpE-lux. Для биосенсора Е.coli pRecA-lux и Е.coli pAlkA-lux измерение следует проводить 2,5-3 часа.

4. Обработка полученных результатов. Полученные графики на контрольных образцах сравнивают с исследуемым образцом.

Культуру клеток, содержащих гибридную плазмиду с соответствующим промотором и lux-кассетой, растили при 28°С или 37°С на качалке до ранней или средней экспоненциальной фазы (OD=0,2-0,4). Аликвоты этой культуры (по 200 мкл) переносили в стерильные виалы и добавляли в них по 10 мкл тестируемого вещества требуемой концентрации. В контрольную пробирку добавляли 10 мкл дистиллированной воды. Затем пробы инкубировали без перемешивания при 30°С и через каждые 15 мин измеряли интенсивность биолюминесценции при комнатной температуре. Усиление сигнала фиксировалось уже через 15-20 мин - время, необходимое для синтеза люциферазы. Максимальный ответ биосенсора, как правило, наблюдался через 40-60 мин (в случае промоторов PrecA и PalkA максимальный сигнал фиксировался через 90-120 мин) и при оптимальной концентрации токсиканта превышал начальный сигнал в 100-1000 раз.

В результате наших исследований было показано, что основными промоторами, открывающимися при воздействии на клетки генотоксичных продуктов неполного окисления НДМГ, являются промоторы PalkA, PkatG, PsoxS, PrecA. Биосенсор с промотором PgrpE не изменял интенсивность биолюминесценции. Поэтому данные по данному промотору не приведены на фиг. 1-5.

В табл. 1 приведены данные о минимальных (пороговых) концентрациях стандартных, специфических для данного промотора веществ, индуцирующих заметный (в 2-3 раза) эффект усиления биолюминесценции, в конструированных lux-биосенсорах (митомицин С индуцирует повреждения в ДНК, этанол - в белках, перекись водорода и паракват как генератор супероксид-ион-радикалов индуцируют окислительный стресс, нитрозогуанидин (N-метил-N′-нитро-N-нитрозогуанидин H2NC(=NH)NHNO) (МННГ) алкилирует ДНК).

НДМГ, по всей видимости, в отличие от представленных в табл. 1 соединений, не обладает высокой специфичностью к тому или другому биосенсору, так как в связи с высокой реакционной активностью (очень сильный восстановитель) способен повреждать макромолекулы. В результате появляется большой набор продуктов окисления НДМГ, а также органических соединений из водной среды и почвы, взаимодействующих с внесенным НДМГ. Поэтому оптимальным решением проблемы фиксации генотоксичных производных неполного окисления НДМГ в среде является использование всех вышеуказанных lux-биосенсоров.

Так как промотор PkatG открывается лишь при воздействии перекиси водорода на белок-регулятор OxyR (окисление активного центра [Fe-S]), а промотор PsoxS открывается лишь при воздействии супероксид-анион-радикала, то можно считать доказанным, что действие НДМГ на бактериальную клетку в основном определяется формированием активных форм кислорода, в частности, гидроперекиси и супероксид-анион-радикала (в результате восстановления кислорода воздуха до перекиси водорода).

Гидроперекись, образованная в результате химических реакций НДМГ H2NN(CH3)2 в основном с кислородом O2, открывает промотор PkatG, причем столь же эффективно, как и перекись водорода, используемая в качестве стандарта:

O2+H2NN(CH3)2=(супероксид-радикал)+HNN(CH3)2, причем супероксид-радикал быстро переходит в перекись водорода:

2=H2O2+O2

Превращение супероксид-анион-радикала в перекись водорода происходит как спонтанно, так и в результате действия клеточного фермента супероксид-дисмутазы.

Действие НДМГ на ДНК и, соответственно, на промотор PrecA в начальной стадии носит косвенный характер и определяется в основном формирующимися активными формами кислорода. Этот вывод следует из данных о влиянии перекиси водорода на биосенсор pRecA-lux, а также из данных по снижению активации промотора PrecA в присутствии каталазы [7]. Дальнейшее окисление НДМГ приводит к появлению алкилирующих соединений, взаимодействующих с ДНК, фиксируемых биосенсором Е.coli pAlkA-lux. Взаимодействие НДМГ с гумусом почв приводит к появлению соединений, приводящих к повреждениям в ДНК, вызывающим SOS-ответ бактерий, не снимающийся в присутствии каталазы (неопубликованные данные).

Влияние НДМГ на биосенсор Е.coli pGrpE-lux практически отсутствует, поэтому данный биосенсор служит отрицательным контролем в данном наборе биосенсоров.

Изобретение позволяет создать высокочувствительный, дешевый и быстрый тест-метод на основе измерения интенсивности биолюминесценции.

Использованные источники информации

1. Дмитриев О.Ю., Иваненко С.И., Овсянников Д.А., Смирнова С.С., Чистова Ж.А. В Сборнике «Труды Российской инженерной академии, Секция «Инженерные проблемы стабильности и конверсии», Выпуск 11. «Экологические проблемы разработки и эксплуатации ракетно-космической техники», Москва, СИП РИА, 2004 г., стр. 40-43.

2. Лопырев В.А., Долгушин Г.В., Ласкин Б.М. (2001) Журнал Рос. хим. об-ва им. Д.И. Менделеева, т. XLV, №5-6, стр. 149-156.

3. Кузнецова Л.В. В Сборнике «Труды Российской инженерной академии, Секция «Инженерные проблемы стабильности и конверсии», Выпуск 12. «Экологические проблемы разработки и эксплуатации ракетно-космической техники», Москва, СИП РИА, 2004 г., стр. 24-25.

4. Патент РФ RU (11) 2366953 (13) С2 - прототип.

5. Патент США №5683868, C12Q 1/68 - прототип.

6. Патент РФ RU (11) 2297450 (13) С2 - прототип.

7. Zavilgelsky, G.В.; Kotova, V.Yu.; Manukhov, I.V. (2007) Action of 1,1-dimethylhydrazine on bacterial cells is determined by hydrogen peroxide. // Mutation research-genetic toxicology and environmental mutagenesis. Volume: 634 Issue: 1-2 P. 172-176

8. Горянин И.И., Котова В.Ю., Краснопеева Е.Д., Чубуков П.А., Балабанов В.П., Чалкин С.Ф., Шатров Т.Я., Завильгельский Г.Б., Манухов И.В. Определение генотоксического действия 1,1-диметилгидразина алкилирующими соединениями, возникающими при его окислении, и перекисью водорода. // Труды Московского физико-технического института. 2013. Т. 5. № 1-17. С. 103-111.

9. Anti Poso, Atte von Wright, Jukka Gynther (1995) Mutation Research. V. 332, РР / 63-71.

10. Завильгельский Г.Б., Зарубина А.П., Манухов И.В. (2002) Молекулярная биология. т. 36. стр. 792-804

Набор lux-биосенсоров для определения генотоксичных продуктов неполного окисления НДМГ в окружающей среде, состоящий из пробы клеток Escherichia coli, трансформированных плазмидой, содержащей бактериальные luxCDABE гены под контролем промотора PalkA, пробы клеток E. coli, трансформированных плазмидой, содержащей бактериальные luxCDABE гены под контролем промотора PkatG, пробы клеток E. coli, трансформированных плазмидой, содержащей бактериальные luxCDABE гены под контролем промотора PsoxS, пробы клеток E. coli, трансформированных плазмидой, содержащей бактериальные luxCDABE гены под контролем промотора PrecA, пробы клеток E. coli, трансформированных плазмидой, содержащей бактериальные luxCDABE гены под контролем промотора PgrpE.