Пробиотическая бифидобактерия bifidobacterium longum

Пробиотическая бифидобактерия bifidobacterium longum

Иллюстрации

Показать все

Реферат

Область техники

Изобретение относится к геному штамма пробиотических бифидобактерий и генам, кодируемым геномом. Бифидобактерии являются одними из нескольких основных бактериальных культур, присутствующих в микрофлоре толстой кишки человека.

Известный уровень техники

Бифидобактерии считаются пробиотиками, поскольку они представляют собой живые организмы, которые проявляют полезные для здоровья эффекты, помимо основного питательного, при приеме внутрь в достаточном количестве. Высокие уровни принятых внутрь бифидобактерий должны достичь своего места приложения действия для проявления пробиотического эффекта. Был предложен минимальный уровень содержания, равный приблизительно 10⁶-10⁷ жизнеспособных бифидобактерий на грамм содержимого кишечника (Bouhnik, Y., Lait 1993). В литературе имеются сообщения о том, что проведенные in vivo исследования на взрослых и детях показывают, что некоторые штаммы бифидобактерий способны выживать при прохождении по желудочно-кишечному тракту. Наблюдались значительные различия в способности разных штаммов бифидобактерий переносить воздействие кислоты и желчных солей, указывающие на то, что выживание является важным критерием выбора потенциально пробиотических штаммов.

Прием внутрь бифидобактерий может улучшать желудочно-кишечный транзит и может создавать препятствия или помогать лечению болезней, которые могут быть вызваны дефицитом или поражениями микрофлоры, такими как инфекции желудочно-кишечного тракта (GIT), запор, синдром раздраженного кишечника (IBS), воспалительное заболевание кишечника (IBD) - болезнь Крона и неспецифический язвенный колит, пищевые аллергии, индуцированная антибиотиками диарея, сердечно-сосудистая болезнь и определенные виды рака (например, колоректальный рак).

Благодаря своей ощутимой активности, способствующей улучшению состояния здоровья, бифидобактерии в последние годы привлекали все возрастающее внимание со стороны ученых, включая полное секвенирование генома ряда штаммов (описано в обзоре Liu et al., 2005). Такие геномные последовательности обеспечат генетические платформы, создающие возможность исследования молекулярных механизмов, по которым эти микроорганизмы взаимодействуют со своим человеком-хозяином и проявляют пробиотическую функцию.

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Изобретение предусматривает изолированный и очищенный штамм Bifidobacterium longum, за исключением штамма 35624 Bifidobacterium longum (NCIMB 41003), где штамм:

a) экспрессирует экзополисахарид; и

b) содержит по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.

Штамм Bifidobacterium longum в соответствии с изобретением может содержать любые 2 или больше, такие как BI00778, BI00793; BI00778, BI00794; BI00778, BI00795, или любые три или больше, такие как BI00793, BI00794, BI00798; BI00794, BI00795, BI00796; BI00796, BI00797, BI00798, или любые четыре или больше, такие как BI00778, BI00779, BI00780, BI00794; BI00778, BI00779, BI00785, BI00786; BI00790, BI00791, BI00794, BI00798, или любые пять или больше, такие как

BI00783, BI00786, BI00790, BI00794, BI00798; BI00780, BI00782, BI00785, BI00786, BI00790; BI00778, BI00779, BI00787, BI00789, BI00798, или любые шесть или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00794;

BI00782, BI00784, BI00785, BI00788, BI00792, BI00797;

BI00781, BI00782, BI00783, BI00791, BI00796, BI00797, или любые семь или больше, такие как

BI00779, BI00783, BI00784, BI00787, BI00791, BI00792, BI00797;

BI00780, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00797, BI00798;

BI00783, BI00784, BI00786, BI00788, BI00789, BI00793, BI00796, или любые восемь или больше, такие как

BI00779, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00794, BI00797, BI00798;

BI00780, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795;

BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00793, BI00795, BI00798, или любые девять или больше, такие как

BI00778, BI00780, BI00782, BI00784, BI00785, BI00787, BI00793, BI00795, BI00796;

BI00779, BI00781, BI00782, BI00784, BI00786, BI00787, BI00793, BI00795, BI00797;

BI00782, BI00783, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00792, BI00796, BI00797, или любые десять или больше, такие как

BI00778, BI00781, BI00784, BI00785, BI00786, BI00789, BI00790, BI00792, BI00793, BI00798;

BI00779, BI00781, BI00784, BI00786, BI00787, BI00788, BI00791, BI00794, BI00795, BI00796;

BI00782, BI00784, BI00785, BI00786, BI00790, BI00792, BI00794, BI00796, BI00797, BI00798, или любые одиннадцать или больше, такие как

BI00778, BI00781, BI00785, BI00787, BI00788, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00795, BI00798;

BI00779, BI00782, BI00785, BI00786, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797;

BI00781, BI00783, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, или любые двенадцать или больше, такие как

BI00778, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, В-00790, BI00791, BI00792, BI00795, BI00796, BI00797;

BI00779, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00796, BI00797, BI00798;

BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые тринадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00784, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00798;

BI00778, BI00781, BI00782, BI00783, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00795, BI00796, BI00798;

BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00785, BI00786, BI00788, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00797, BI00798, или любые четырнадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00789, BI00791, BI00793, BI00794, BI00795, BI00797;

BI00778, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00786, BI00788, BI00789, BI00792, BI00793, BI00794, BI00796, BI00797;

BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00790, BI00791, BI00794, BI00796, BI00797, BI00798, или любые пятнадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00792, BI00798;

BI00778, BI00780, BI00781, BI00782, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00793, BI00794, BI00795, BK)0796, BI00798;

BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00793, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые шестнадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00795, BI00797, BI00798;

BI00778, BI00779, BI00781, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00795, BI00797, BI00798;

BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00792, BI00793, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые семнадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798;

BI00778, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BW0796, BI00797;

BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00797, BI00798, или любые восемнадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00798;

BI00778, BI00779, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00792, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798;

BI00779, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797 или любые девятнадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797;

BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797;

BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые двадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00797, BI00798;

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798;

BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или все двадцать одну, последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей, гомологичных с ними.

Штамм может содержать по меньшей мере три последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четыре последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шесть последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере девять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере десять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере одиннадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере двенадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере тринадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четырнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шестнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере девятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере двадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать все двадцать одну последовательность нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.

Штамм может не содержать последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 112.

Штамм может содержать по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.

Штамм может содержать по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере три последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четыре последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шесть последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере девять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере десять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере одиннадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере двенадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере тринадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четырнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шестнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать все девятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними

Штамм может содержать одну последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, по меньшей мере гомологичных этим последовательностям. Штамм может содержать последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 132, или последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере гомологичную этой последовательности.

Штамм может содержать две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 131 и SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.

Изобретение также предусматривает изолированный и очищенный штамм Bifidobacterium longum, где штамм:

a) экспрессирует экзополисахарид; и

b) содержит по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними; и

c) содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 132 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней; и/или

d) содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 131 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней.

В одном варианте исполнения, 1×10⁷ КОЕ/мл штамма может индуцировать соотношение [IL10]: [IL12], равное по меньшей мере 10, по результатам анализа ко-инкубации с мононуклеарными клетками периферической крови (РМВС). Штамм может иметь форму бактериального бульона. Штамм может иметь форму лиофилизированного порошка.

Изобретение далее предусматривает изолированный и очищенный штамм Bifidobacterium longum, где штамм:

a) экспрессирует экзополисахарид; и

b) содержит по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними; и

c) содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 132 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней; и/или последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 131 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней; и

d) индуцирует соотношение [IL10]:[IL12], равное по меньшей мере 10 по результатам анализа ко-инкубации с мононуклеарными клетками периферической крови (РМВС) при концентрации бактерий 1×10⁷ КОЕ/мл.

Изобретение также предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (РТА-9608).

Изобретение далее предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum AH121A (NCIMB 41675).

Изобретение также предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum AH1714(NCIMB41676).

Изолированный штамм может иметь форму жизнеспособных клеток. Изолированный штамм может иметь форму нежизнеспособных клеток.

Изобретение также предусматривает состав, содержащий изолированный штамм Bifidobacterium longum, описанный тут. Состав может содержать пригодный для приема внутрь носитель. Пригодный для приема внутрь носитель может быть фармацевтически приемлемым носителем, таким как капсула, таблетка или порошок. Пригодный для приема внутрь носитель может быть пищевым продуктом, таким как сквашенное молоко, йогурт, замороженный йогурт, сухое молоко, молочный концентрат, пастообразные сырные продукты, соусы или напитки. Состав может содержать штамм, присутствующий в количестве более 10⁶ КОЕ на грамм пригодного для приема внутрь носителя.

Изобретение далее предусматривает композицию, содержащую изолированный штамм Bifidobacterium longum, как описано тут, и фармацевтически приемлемый носитель.

Изобретение также предусматривает использование штамма Bifidobacterium longum, как описано тут, в качестве пробиотического штамма.

Изобретение также предусматривает способ идентификации экспрессирующего экзополисахарид штамма Bifidobacterium longum, включающий стадии:

a) получения образца, содержащего бактерии;

b) экстрагирования нуклеиновой кислоты из образца;

c) амплификации экстрагированной нуклеиновой кислоты в присутствии по меньшей мере двух праймеров, полученных из последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, содержащей: SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 10 - SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними;

d) идентификации бактериального штамма, экспрессирующего экзополисахарид.

Праймер может содержать по меньшей мере 10 последовательно расположенных оснований из последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, содержащей: SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 10 - SEQ ID NO. 12, и SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 132.

Праймер может содержать последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, содержащей: SEQ ID NO. 10 - SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13 - SEQ ID NO. 92, или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.

Стадия идентификации бактериального штамма, экспрессирующего экзополисахарид, может включать выращивание бактериального штамма на агаровой пластинке с конго красным.

Образец представляет собой образец, взятый у млекопитающего. Образец может быть образцом, взятым у человека. Образец может быть образцом фекалий.

Изобретение также предусматривает штамм Bifidobacterium longum, идентифицируемый по приведенному тут описанию. Штамм Bifidobacterium longum может иметь форму жизнеспособных клеток. Штамм Bifidobacterium longum может иметь форму нежизнеспособных клеток.

Изобретение далее предусматривает состав, содержащий штамм Bifidobacterium longum, описанный тут. Состав может содержать пригодный для приема внутрь носитель. Пригодный для приема внутрь носитель может быть фармацевтически приемлемым носителем, таким как капсула, таблетка или порошок. Пригодный для приема внутрь носитель может быть пищевым продуктом, таким как сквашенное молоко, йогурт, замороженный йогурт, сухое молоко, молочный концентрат, пастообразные сырные продукты, соусы или напитки. Штамм может присутствовать в составе в количестве более 10⁶ КОЕ на грамм пригодного для приема внутрь носителя.

Изобретение также предусматривает композицию, содержащую штамм Bifidobacterium longum, описанный тут, и фармацевтически приемлемый носитель.

В одном варианте исполнения изобретения предлагается способ идентификации бактериальных штаммов, секретирующих экзополисахарид, включающий стадии:

- получения образца, содержащего бактерии;

- экстрагирования ДНК из образца;

- амплификации экстрагированной ДНК в присутствии по меньшей мере одного праймера ДНК, полученного из последовательности ДНК SEQ ID NO. 2 и/или SEQ ID NO. 3; и

- идентификации бактериального штамма, экспрессирующего экзополисахарид.

Экстрагированная ДНК может быть амплифицирована методом ПЦР в реальном масштабе времени. ДНК может быть амплифицирована в присутствии по меньшей мере одного праймера последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 10, SEQ ID NO. 11 или SEQ ID NO. 12.

Образец может быть образцом, полученным от человека, таким как образец фекалий.

В другом варианте исполнения, изобретение также предусматривает бактериальный штамм, идентифицированный описанным тут способом.

В другом варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает использование бактериального штамма, идентифицированного описанным тут способом, в качестве пробиотических бактерий.

В еще одном варианте исполнения, изобретение также предусматривает состав, содержащий бактериальный штамм, идентифицированный описанным тут способом.

В другом варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает композицию, содержащую бактериальный штамм, идентифицированный описанным тут способом, и фармацевтически приемлемый носитель.

В другом варианте исполнения, изобретение также предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum BLM07 (PTA-9608).

В еще одном варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает состав, содержащий изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (PTA-9608).

В другом варианте исполнения, изобретение также предусматривает композицию, содержащую изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (PTA-9608) и фармацевтически приемлемый носитель.

В другом варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает матрицу/чип ДНК, содержащую по меньшей мере один полинуклеотид, полученный из последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, или SEQ ID NO. 3.

В одном варианте исполнения, изобретение также предусматривает машинно-читаемый носитель, содержащий последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2 или SEQ ID NO. 3 или ее частей.

Штамм Bifidobacterium longum в соответствии с вариантом исполнения изобретения может экспрессировать или продуцировать EPS (экзополисахарид) с выходом от примерно 10 мг/л до примерно 1000 мг/л бактериальной культуры.

Существует ряд штаммов бифидобактерий, уже депонированных в соответствии с Будапештским договором. Они включают штамм, депонированный в NCIMB под номером 41003, геном которого представлен тут. Поскольку этот штамм является известным, он конкретно исключается из объема защиты по формуле изобретения штаммов per se. В той степени, в которой следующие штаммы могут входить в объем формул изобретения на соответствующую дату (даты), исключаются также следующие притязания: АТСС BAA-999, CNCM 1-1227, CNCM 1-1228, CNCM 1-2168, CNCM 1-2170, CNCM 1-2618, CNCM 1-3446, CNCM 1-3853, CNCM 1-3854, CNCM 1-3855, NCIMB 41290, NCIMB 41291, NCIMB 41382, NCIMB41387, NTCC2705.

Краткое описание чертежей

Изобретение будет лучше понятно из представленного далее описания, которое приводится только в качестве примера со ссылками на сопровождающие чертежи, на которых:

Фиг.1 представляет собой атлас генома Bifidobacterium longum, биотип infantis UCC 35624. Числа на геноме (1, 1000001, 200001) относятся к положению пар оснований. 1 относится к нуклеотиду аденина старт-кодона ATG гена, кодирующего предсказанный реплицируемый белок. Внешняя окружность (две нити, черная и белая) относится к генной плотности в хромосоме. Вторая окружность (средняя окружность - черная) относится к содержанию GC (гуанина-цитозина), и внутренняя окружность относится к асимметрии GC;

Фиг.2 представляет собой гистограмму, показывающую профиль индукции IL-1бета в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BLI5707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve);

Фиг.3 представляет собой гистограмму, изображающую профиль индукции IL-12p70 в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BL15707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve);

Фиг.4 представляет собой гистограмму, изображающую профиль индукции IL-10 в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BLI5707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve);

Фиг.5 представляет собой гистограмму, изображающую профиль индукции TNF-альфа в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL 1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BLI5707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve).

Фиг.6 представляет собой фотографию В.longum 35624, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;

Фиг.7 представляет собой фотографию В.longum AH121A, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;

Фиг.8 представляет собой фотографию В.longum АН1714, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;

Фиг.9 представляет собой фотографию В.longum AH0119, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;

Фиг.10 представляет собой фотографию В.breve UCC2003, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;

Фиг.11 представляет собой фотографию L.rhamnosus AH308, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;

Фиг.12 представляет собой фотографию L.salivarius UCC1, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным; и

Фиг.13 представляет собой гистограмму, иллюстрирующую соотношение IL-10:IL-12p70 для РВМС, стимулированных штаммом Bifidobacterium longum infantis 35624 (Bifidobacterium 35624), штаммом Bifidobacterium longum 1714 (Bifidobacterium 1714), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (Bifidobacterium 1207), штаммом Bifidobacterium longum 121A (Bifidobacterium 121A), штаммом Bifidobacterium longum 0119 (Bifidobacterium 0119), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (Bifidobacterium 15707), штаммом Bifidobacterium breve 8807 (Bifidobacterium UCC2003), Lactobacillus rhamnosus и штаммом Lactobacillus salivarius UCC1.

ДЕТАЛЬНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Настоящее изобретение раскрывает изолированный полинуклеотид SEQ ID NO. 1. Полинуклеотид SEQ ID NO. 1 кодирует штамм Bifidobacterium. Bifidobacterium, кодируемые изолированной полинуклеотидной последовательностью, содержат ряд уникальных генов. Уникальные гены, кодируемые полинуклеотидом, имеют уникальный порядок в последовательности SEQ ID NO. 1. В используемом тут значении, термин "уникальные гены" означает гены, не выявленные в доступных на данный момент последовательностях Bifodobacterium. В используемом тут значении, термин "уникальный порядок" означает, что положение/последовательность генов в полинуклеотиде не были выявлены в доступных на данный момент последовательностях Bifodobacterium. Уникальные гены, присутствующие в изолированном полинуклеотиде, могут перемежаться остатками нуклеиновых кислот, кодирующими другие (известные) гены, или участками некодирующей последовательности, но общий порядок/последовательность уникальных генов в изолированном полинуклеотиде сами по себе являются уникальными по сравнению с порядком генов, определенном для доступных на данный момент последовательностей Bifodobacterium.

Полинуклеотид был выделен из штамма бактерий вида Bifidobacterium longum биотип infantis, имеющего обозначение штамма UCC 35624. Депонирование штамма UCC 35624 Bifidobacterium longum биотип infantis было осуществлено в Национальных коллекциях промышленных и морских бактерий (National Collections of Industrial and Marine Bacteria Limited, NCIMB), Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, UK, 13 января 1999 г., с присвоением номера доступа NCIMB 41003.

Депонирование штамма BL1207 Bifidobacterium infantis было осуществлено в Американской коллекции типовых культур (American Type Culture Collection, ATTC) 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia 20110-2209, USA, 14 ноября 2008 г., с присвоением номера доступа РТА-9608.

Депонирование штамма Bifidobacterium longum AH121A было осуществлено в Национальных коллекциях промышленных и морских бактерий (National Collections of Industrial and Marine Bacteria Limited, NCIMB), Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, UK, 5 ноября 2009 г., с присвоением номера доступа NCIMB 41675.

Депонирование штамма Bifidobacterium longum AH1714 было осуществлено в Национальных коллекциях промышленных и морских бактерий (National Collections of Industrial and Marine Bacteria Limited, NCIMB), Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, UK, 5 ноября 2009 г., с присвоением номера доступа NCIMB 41676.

С учетом размера изолированного полинуклеотида, можно ожидать присутствия в последовательности точечных мутаций или какой-либо другой формы мутаций. В этом смысле, наше описание охватывает варианты SEQ ID NO. 1. В используемом тут значении, термин "варианты" означает штаммы бифидобактерий, имеющие идентичность последовательности с SEQ ID NO. 1, равную по меньшей мере 99,5% или больше.

SEQ ID NO. 1 содержит большое число открытых рамок считывания, которые представляют собой предсказанные гены. Мы идентифицировали в данном полинуклеотиде 1836 кодирующих областей белков или генов. По существу, наше описание охватывает фрагменты полинуклеотида SEQ ID NO. 1. Фрагменты могут соответствовать участкам полинуклеотидной последовательности, кодирующим один или несколько белков. Альтернативно, фрагменты могут соответствовать участкам полинуклеотидной последовательности, определяющим часть гена или гены, например, фрагмент может соответствовать участку полинуклеотидной последовательности, охватывающему часть двух или больше генов.

Последовательность SEQ ID NO. 1 представляет собой полинуклеотидную последовательность ДНК, наше описание охватывает последовательности, являющиеся комплементарными к последовательности ДНК, например, комплементарные ДНК (кДНК) или РНК последовательности, включая матричную РНК (мРНК) и транспортную РНК (тРНК), или белковые последовательности, такие как аминокислотные последовательности, кодируемые полинуклеотидной последовательностью.

Полинуклеотид SEQ ID NO. 1 и его комплементарные последовательности могут иметь большое число форм, например, изолированной полинуклеотидной последовательности; изолированной белковой последовательности; биологически чистой культуры штамма бифидобактерий, содержащего нуклеиновую кислоту SEQ ID NO. 1; плазмиды, содержащей полинуклеотид SEQ ID NO. 1; и т.п. Данное описание охватывает все такие формы последовательности SEQ ID NO. 1.

В используемом тут значении, термин "экспрессирует экзополисахарид" может быть интерпретирован как обозначающий, что бактериальный штамм содержит последовательность ДНК, кодирующую экзополисахарид, например, последовательность ДНК, которая кодирует по меньшей мере один ген из SEQ ID NO. 2 и/или по меньшей мере один ген из SEQ ID NO. 3 или его функциональный фрагмент или вариант.

В используемом тут значении, термин "гомология последовательности" охватывает гомологию последовательности на уровне нуклеиновой кислоты и/или аминокислотном (белковом) уровне. Гомология последовательности указывается как общий процент идентичности по всей последовательности нуклеиновой кислоты и/или аминокислотной последовательности. Гомология последовательности может быть определена с использованием стандартных методик, известных квалифицированным специалистам в данной области техники. Например, гомология последовательности может быть определена с помощью работающей в интерактивном режиме (on-line) программы "BLAST", основанной на алгоритме определения гомологии, публично доступной по адресу http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/. Последовательность может иметь по меньшей мере 85%, или по меньшей мере 86%, или по меньшей мере 87%, или по меньшей мере 88%, или по меньшей мере 89%, или по меньшей мере 90%, или по меньшей мере 91%, или по меньшей мере 92%, или по меньшей мере 93%, или по меньшей мере 94%, или по меньшей мере 95%, или по меньшей мере 96%, или по меньшей мере 97%, или по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологии последовательности с последовательностями нуклеиновой кислоты, описанными тут, или кодируемыми ими аминокислотными (белковыми) последовательностями.

Настоящее изобретение основано на полной геномной последовательности Bifidobacterium longum биотип infantis UCC 35624. Геномная последовательность приведена как SEQ ID NO. 1 приложенного перечня последовательностей и содержит 2264374 пар оснований. Анализ геномной последовательности идентифицировал 1836 гена, имеющих открытые рамки считывания, приведенные в Таблице 1 ниже.

Таблица 1
Открытые рамки считывания генома UCC 35624
Ген	Начало	Конец	Нить	Описание
BI00001	1667321	1667608	-	CRISPR-ассоциированный белок Cas2
BI00002	1667697	1668593	-	CRISPR-ассоциированный белок Cas1
BI0002a	1668725	1669423	-	CRISPR-ассоциированный белок Cas4
BI00003	1669465	1670313	-	CRISPR-ассоциированный белок, семейство ТМ1801
BI00005	1670320	1672275	-	CRISPR-ассоциированный белок, семейство СТ1133
BI00006	1672281	1672982	-	CRISPR-ассоциированный белок, семейство СТ1134
BI00007	1672992	1675427	-	гипотетическая CRISPR-ассоциированная геликаза Cas3

BI00008

1676109

1676426

-