Пептиды hjurp и содержащие их вакцины

Пептиды hjurp и содержащие их вакцины

Иллюстрации

Показать все

Реферат

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ, К КОТОРОЙ ОТНОСИТСЯ ИЗОБРЕТЕНИЕ

[0001] Данное изобретение относится к области биологической науки, более конкретно, к области терапии рака. В частности, данное изобретение относится к новым пептидам, которые являются чрезвычайно эффективными в качестве противораковых вакцин, а также лекарственным средствам для лечения и предотвращения опухолей.

[0002] Приоритет

Данная заявка испрашивает приоритет предварительных заявок на патент США № 61/312931, поданная 11 марта 2010 года, и № 61/315320, поданная 18 марта 2010 года, содержание которых включено здесь посредством ссылки в полном виде для всех целей.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

[0003] Было продемонстрировано, что CD8-положительные CTL распознают эпитопные пептиды, произведенные из опухолеспецифических антигенов (TAA), обнаруживаемых на молекулах главного комплекса гистосовместимости (MHC) класса I, и затем убивают эти опухолевые клетки. Со времени открытия семейства антигенов меланомы (MAGE) в качестве первого примера TAA, были обнаружены многие другие TAA посредством иммунологических подходов (NPL 1, Boon T, Int J Cancer 1993 May 8, 54(2): 177-80; NPL 2, Boon T & van der Bruggen P, J Exp Med 1996 Mar 1, 183(3): 725-9). Некоторые из этих TAA в настоящее время подвергаются клинической разработке в качестве иммунотерапевтических мишеней.

[0004] Подходящие TAA являются незаменимыми для пролиферации и выживания раковых клеток. Применение таких TAA в качестве мишеней для иммунотерапии может минимизировать хорошо описанный риск ускользания от (механизмов) иммунологического надзора раковых клеток, приписываемый делеции, мутации или понижающей регуляции ТАА, в качестве последствия терапевтически запускаемой иммунной селекции. Таким образом, продолжающаяся идентификация новых TAA, способных индуцировать сильные и специфические противоопухолевые иммунные реакции, гарантирует дальнейшее развитие клинического исследования стратегий пептидной вакцинации для различных типов рака (NPL 3, Harris CC, J Natl Cancer Inst 1996 Oct 16, 88(20): 1442-55; NPL 4, Butterfield LH et al., Cancer Res 1999 Jul 1, 59(13): 3134-42; NPL 5, Vissers JL et al., Cancer Res 1999 Nov 1, 59(21): 5554-9; NPL 6, van der Burg SH et al., J Immunol 1996 May 1, 156(9): 3308-14; NPL 7, Tanaka F et al., Cancer Res 1997 Oct 15, 57(20): 4465-8; NPL 8, Fujie T et al., Int J Cancer 1999 Jan 18, 80(2): 169-72; NPL 9, Kikuchi M et al., Int J Cancer 1999 May 5, 81(3): 459-66; NPL 10, Oiso M et al., Int J Cancer 1999 May 5, 81(3): 387-94). К настоящему времени имелось несколько сообщений о клинических исследованиях с использованием этих полученных из опухолеспецифического антигена пептидов. К сожалению, многие из существующих противораковых вакцин показали только низкий реальный уровень реакции (NPL 11, Belli F et al., J Clin Oncol 2002 Oct 15, 20(20): 4169-80; NPL 12, Coulie PG et al., Immunol Rev 2002 Oct, 188: 33-42; NPL 13, Rosenberg SA et al., Nat Med 2004 Sep, 10(9): 909-15). Таким образом, остается потребность в идентификации новых TAA в качестве иммунотерапевтических мишеней.

[0005] HJURP (ссылочная последовательность показана в GenBank Accession No: NM_018410), распознающий структуру Холлидея белок, идентифицировали из анализа профиля экспрессии генов в размере генома немелкоклеточного рака легкого с использованием кДНК-микроэррея (кДНК-микрочипа), содержащего 27648 генов, (NPL 14, Kato T et al., Cancer Res. 2007 Sep 15; 67(18):8544-53). HJURP участвует в процессе репарации пути гомологичной рекомбинации в DSB (разрыве двухцепочечной ДНК) через взаимодействие с hMSH5 (гомологом 5 MutS человека) и NBS1 (белком 1 синдрома Nijmegen 1), который является частью комплекса MRN-белок. Обработка раковых клеток малой интерферирующей РНК (siRNA) против HJURP вызывала аномальные хромосомные слияния и приводила к нестабильности и старению генома. Кроме того, сверхэкспрессию HJURP наблюдали в большинстве клеток рака легкого человека (PTL 1, WO2004/031413). Взятые вместе, эти данные предполагают, что HJURP может быть применим для мишени противораковой иммунотерапии в отношении пациента.

СПИСОК ЦИТИРОВАНИЯ

Патентная литература

[0006] [PTL 1] WO2004/031413

Непатентная литература

[0007] [NPL 1] Boon T, Int J Cancer 1993 May 8, 54(2): 177-80

[NPL 2] Boon T & van der Bruggen P, J Exp Med 1996 Mar 1, 183(3):725-9

[NPL 3] Harris CC, J Natl Cancer Inst 1996 Oct 16, 88(20): 1442-55

[NPL 4] Butterfield LH et al., Cancer Res 1999 Jul 1, 59(13):3134-42

[NPL 5] Vissers JL et al., Cancer Res 1999 Nov 1, 59(21): 5554-9

[NPL 6] van der Burg SH et al., J Immunol 1996 May 1, 156(9):3308-14

[NPL 7] Tanaka F et al., Cancer Res 1997 Oct 15, 57(20): 4465-8

[NPL 8] Fujie T et al., Int J Cancer 1999 Jan 18, 80(2): 169-72

[NPL 9] Kikuchi M et al., Int J Cancer 1999 May 5, 81(3): 459-66

[NPL 10] Oiso M et al., Int J Cancer 1999 May 5, 81(3): 387-94

[NPL 11] Belli F et al., J Clin Oncol 2002 Oct 15, 20(20): 4169-80

[NPL 12] Coulie PG et al., Immunol Rev 2002 Oct, 188: 33-42

[NPL 13] Rosenberg SA et al., Nat Med 2004 Sep, 10(9): 909-15

[NPL 14] Kato T. et al., Cancer Res, 2007 Sep 15; 67(18):8544-53

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0008] Данное изобретение основано отчасти на обнаружении подходящих мишеней иммунотерапии. Поскольку ТАА обычно воспринимаются иммунной системой как "свое" и, следовательно, часто не имеют природной иммуногенности, обнаружение подходящих мишеней является крайне важным. Принимая во внимание то, что HJURP (SEQ ID NO:50), обычно кодируемый геном GenBank Accession No. NM_018410 (SEQ ID NO:49), был идентифицирован в качестве активируемого в типах рака, включающих в себя, но не ограничивающихся ими, острый миелоидный лейкоз (AML), рак мочевого пузыря, рак молочной железы, рак шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, хронический миелоидный лейкоз (CML), колоректальный рак, рак пищевода, желудочный рак диффузного типа, рак печени, немелкоклеточный рак легкого (NSCLC), лимфому, остеосаркому, рак яичника, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, рак почки, мелкоклеточный рак легкого (SCLC), опухоль мягкой ткани и опухоль яичка, данное изобретение нацелено на HJURP в качестве кандидата для мишени противораковой/противоопухолевой иммунотерапии, более конкретно на новые эпитопные пептиды HJURP, которые могут служить в качестве подходящих иммунотерапевтических мишеней.

[0009] Для этой цели данное изобретение направлено, по меньшей мере отчасти, на идентификацию специфических эпитопных пептидов среди продуктов гена HJURP, которые имеют способность индуцировать CTL, специфические в отношении HJURP. Как описано подробно ниже, мононуклеарные клетки периферической крови (PBMC), полученные из здорового донора, стимулировали с использованием HLA-A*2402- или HLA-A*0201-связывающих кандидатных пептидов, произведенных из HJURP. Затем были установлены CTL-линии, со специфической цитотоксичностью против HLA-A24- или HLA-A2-положительных клеток-мишеней, импульсно обработанных каждым из кандидатных пептидов. Приведенные здесь результаты демонстрируют, что эти пептиды являются HLA-A24- или HLA-A2-рестриктированными эпитопными пептидами, которые могут индуцировать сильные и специфические иммунные реакции против экспрессирующих HJURP клеток. Эти результаты дополнительно демонстрируют, что HJURP является сильно иммуногенным и что его эпитопы являются эффективными мишенями для противораковой/противоопухолевой иммунотерапии.

[0010] Таким образом, целью данного изобретения является обеспечение выделенных пептидов, связывающихся с HLA-антигеном, полученных из HJURP (SEQ ID NO:50), и его иммунологически активных фрагментов. Ожидается, что такие пептиды имеют CTL-индуцибельность и, следовательно, могут быть использованы для индукции CTL ex vivo или для введения субъекту индуцирования иммунных реакций против типов рака, примеры которых включают в себя, но не ограничиваются ими, AML, рак мочевого пузыря, рак молочной железы, рак шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, CML, колоректальный рак, рак пищевода, желудочный рак диффузного типа, рак печени, NSCLC, лимфому, остеосаркому, рак яичника, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, рак почки, SCLC, опухоль мягкой ткани и опухоль яичка. Предпочтительные пептиды являются нонапептидами или декапептидами и, более предпочтительно, нонапептидом или декапептидом, имеющим аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO:2-24 и 26-48. Пептиды, имеющие аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO:3, 4, 7, 18, 23, 26, 27, 30, 31, 32, 35, 37, 38 и 43, обнаруживали сильную CTL-индуцибельность и, следовательно, являются особенно предпочтительными.

Данное изобретение рассматривает также модифицированные пептиды, имеющие аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO:2-24 и 26-48, где одна, две или более аминокислот являются замещенными, делетированными или добавленными, пока эти модифицированные пептиды сохраняют требуемую исходную CTL-индуцибельность.

Данное изобретение включает в себя дополнительно полинуклеотиды, кодирующие любые пептиды данного изобретения. Эти полинуклеотиды могут быть использованы для индукции или получения APC с CTL-индуцибельностью или, подобно вышеописанным пептидам данного изобретения, могут вводиться субъекту индуцирования иммунных реакций против рака.

[0011] При введении субъекту данные пептиды презентируются на поверхности APC для индукции нацеливания CTL на соответствующие пептиды. Таким образом, одним предметом данного изобретения является обеспечение агентов, композиций или веществ, которые содержат или включают в себя любые пептиды или полинуклеотиды данного изобретения, для индукции CTL. Такие агенты, композиции и/или вещества могут быть использованы для лечения и/или профилактики, и/или послеоперационного рецидива рака, примеры которого включают в себя, но не ограничиваются ими, AML, рак мочевого пузыря, рак молочной железы, рак шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, CML, колоректальный рак, рак пищевода, желудочный рак диффузного типа, рак печени, NSCLC, лимфому, остеосаркому, рак яичника, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, рак почки, SCLC, опухоль мягкой ткани и опухоль яичка. Таким образом, еще одним предметом данного изобретения является обеспечение фармацевтических агентов, композиций или веществ для лечения и/или профилактики, и/или предотвращения послеоперационного рецидива рака, которые содержат или включают в себя любые пептиды или полинуклеотиды данного изобретения. Вместо презентирования пептидов или полинуклеотидов, или наряду с презентированием пептидов или полинуклеотидов, эти фармацевтические агенты, композиции или вещества данного изобретения могут включать в себя в качестве активных ингредиентов APC или экзосомы, которые презентируют любой из этих пептидов.

[0012] Пептиды или полинуклеотиды данного изобретения могут быть использованы для индукции APC, которые присутствуют на поверхности комплекса HLA-антигена и этого пептида, например, контактированием APC, полученных из субъекта, с пептидом или введением полинуклеотида, кодирующего пептид этого изобретения, в APC. Такие APC имеют высокую CTL-индуцибельность против пептидов-мишеней и находят применение в противораковой иммунотерапии. Таким образом, данное изобретение включает в себя способы индукции APC с CTL-индуцибельностью, а также APC, полученные такими способами.

[0013] Следующим предметом данного изобретения является обеспечение способа индукции CTL, причем такие способы предусматривают стадию сокультивирования CD8-положительных клеток с APC или экзосомами, презентирующими пептид данного изобретения на их поверхности, или стадию введения гена, который включает в себя полинуклеотид, кодирующий полипептид субъединицы Т-клеточного рецептора (TCR), связывающегося с данным пептидом. CTL, полученные такими способами, находят применение в лечении и/или предотвращении рака, примеры которого включают в себя, но не ограничиваются ими, AML, рак мочевого пузыря, рак молочной железы, рак шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, CML, колоректальный рак, рак пищевода, желудочный рак диффузного типа, рак печени, NSCLC, лимфому, остеосаркому, рак яичника, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, рак почки, SCLC, опухоль мягкой ткани и опухоль яичка. Таким образом, еще одним предметом данного изобретения является обеспечение CTL, полученных этими способами.

[0014] Еще одним предметом данного изобретения является обеспечение способов индуцирования иммунной реакции против рака в субъекте, нуждающемся в этом, причем такие способы предусматривают стадию введения композиций или веществ, включающих в себя полипептиды HJURP или их иммунологически активные фрагменты, полинуклеотиды, кодирующие полипептиды HJURP, экзосомы или APC, презентирующие полипептиды HJURP.

[0015] Применимость данного изобретения простирается до любого из ряда заболеваний, связанных со сверхэкспрессией HJURP или возникающих из сверхэкспрессии HJURP, таких как рак, примеры которого включают в себя, но не ограничиваются ими, AML, рак мочевого пузыря, рак молочной железы, рак шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, CML, колоректальный рак, рак пищевода, желудочный рак диффузного типа, рак печени, NSCLC, лимфому, остеосаркому, рак яичника, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, рак почки, SCLC, опухоль мягкой ткани и опухоль яичка.

[0016] Более конкретно, данное изобретение обеспечивает следующее:

[1] выделенный пептид, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO:50 или ее иммунологически активного фрагмента, где указанный пептид связывает HLA-антиген и имеет индуцибельность цитотоксических Т-лимфоцитов (CTL);

[2] выделенный пептид по [1], где HLA-антиген представляет собой HLA-A24;

[3] выделенный пептид по [1], где HLA-антиген представляет собой HLA-A2;

[4] выделенный пептид по [1] или [2], где указанный пептид содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:2-24;

[5] выделенный пептид по [1] или [3], где указанный пептид содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:26-48;

[6] выделенный пептид, выбранный из группы, состоящей из:

(a) выделенного пептида, который связывается с HLA-антигеном, имеет индуцибельность цитотоксических Т-лимфоцитов (CTL) и состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO:50 или ее иммунологически активного фрагмента,

(b) выделенного пептида по (a), где HLA-антиген представляет собой HLA-A24,

(c) выделенного пептида по (a) или (b), который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:2-24, и

(d) выделенного пептида по (a) или (b), где указанный пептид содержит модифицированный пептид, имеющий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:2-24, где 1, 2 или несколько аминокислот замещены, делетированы или добавлены, при условии, что указанный модифицированный пептид сохраняет CTL-индуцибельность исходного пептида;

[7] выделенный пептид, выбранный из группы, состоящей из:

(a) выделенного пептида, связывающегося с HLA-антигеном и имеющего индуцибельность цитотоксического Т-лимфоцита (CTL), где этот пептид состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO:50 или ее иммунологически активного фрагмента,

(b) выделенного пептида по (a), где HLA-антиген представляет собой HLA-A2,

(c) выделенного пептида по (a) или (b), который содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:26-48, и

(d) выделенного пептида по (a) или (b), где указанный пептид содержит модифицированный пептид, имеющий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:26-48, где 1, 2 или несколько аминокислот замещены, делетированы или добавлены, при условии, что указанный модифицированный пептид сохраняет CTL-индуцибельность исходного пептида;

[8] Выделенный пептид по [6], который состоит из аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:2-24, где этот пептид имеет одну или обе из следующих характеристик:

(a) вторая аминокислота от N-конца выбрана из группы, состоящей из фенилаланина, тирозина, метионина и триптофана; и

(b) C-концевая аминокислота выбрана из группы, состоящей из фенилаланина, лейцина, изолейцина, триптофана и метионина;

[9] выделенный пептид по [7], который состоит из аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:26-48, где этот пептид имеет одну или обе их следующих характеристик:

(a) вторая аминокислота от N-конца выбрана из группы, состоящей из фенилаланина, тирозина, метионина и триптофана, и

(b) C-концевая аминокислота выбрана из группы, состоящей из фенилаланина, лейцина, изолейцина, триптофана и метионина;

[10] выделенный пептид по любому из [1]-[9], где указанный пептид представляет собой нонапептид или декапептид;

[11] выделенный полинуклеотид, кодирующий пептид по любому из [1]-[10];

[12] композиция индуцирования CTL, где эта композиция содержит один или более пептидов по любому из [1]-[10] или один или более полинуклеотидов по [11];

[13] фармацевтическая композиция для лечения и/или профилактики рака и/или предотвращения его послеоперационного рецидива, где эта композиция содержит один или более пептидов по любому из [1]-[10] или один или более полинуклеотидов по [11];

[14] фармацевтическая композиция по [13], где указанная композиция приготовлена для введения субъекту, HLA-антиген которого представляет собой HLA-A24;

[15] фармацевтическая композиция по [13], где указанная композиция приготовлена для введения субъекту, HLA-антиген которого представляет собой HLA-A2;

[16] фармацевтическая композиция по [13]-[15], где указанная композиция приготовлена для лечения рака;

[17] способ индуцирования антигенпрезентирующей клетки (APC) с CTL-индуцибельностью, предусматривающий стадию, выбранную из группы, состоящей из:

(a) приведения APC в контакт с пептидом по любому из [1]-[10] in vitro, ex vivo или in vivo, и

(b) введения полинуклеотида, кодирующего пептид по любому из [1]-[10], в APC;

[18] способ индуцирования CTL способом, который предусматривает стадию, выбранную из группы, состоящей из:

(a) сокультивирования CD8-положительных T-клеток с APC, которые присутствуют на поверхности комплекса HLA-антигена и пептида по любому из [1]-[10],

(b) сокультивирования CD8-положительных T-клеток с экзосомами, которые презентируют на поверхности комплекс HLA-антигена и пептида по любому из [1]-[10], и

(c) введения гена, который содержит полинуклеотид, кодирующий полипептид субъединицы Т-клеточного рецептора (TCR), связанный с пептидом по любому из [1]-[10], в Т-клетку;

[19] выделенная APC, которая презентирует на ее поверхности комплекс HLA-антигена и пептида по любому из [1]-[10];

[20] APC по [19], которая индуцирована способом по [17];

[21] выделенный CTL, мишенью которого является любой из пептидов [1]-[10];

[22] CTL по [21], индуцированный способом по [18];

[23] способ индуцирования иммунного ответа против рака у субъекта, нуждающемся в этом, предусматривающий стадию введения этому субъекту композиции, содержащей пептид по [1]-[10], его иммунологически активный фрагмент, или полинуклеотид, кодирующий этот пептид или этот фрагмент;

[24] антитело или его иммунологически активный фрагмент против любого из пептидов по [1]-[10];

[25] вектор, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую любой из пептидов по [1]-[10];

[26] диагностический набор, содержащий любой из пептидов по [1]-[10], нуклеотид по [1] или антитело по [24];

[27] выделенный пептид по любому из [1], [2], [4], [6], [8] и [10], где этот пептид состоит из аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:3, 4, 7, 18 и 23;

[28] выделенный пептид по любому из [1], [3], [5], [7], [9] и [10], где этот пептид состоит из аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:26, 27, 30, 31, 32, 35, 37, 38 и 43;

[29] экзосома, которая презентирует комплекс, содержащий любой из пептидов по [1]-[10] и HLA-антиген; и

[30] клетка-хозяин, трансформированная или трансфицированная экспрессирующим вектором по [25].

[0017] Должно быть понятно, что как предыдущий раздел «Сущность изобретения», так и последующий раздел «Подробное описание» является иллюстративными вариантами и не ограничивают это изобретение или другие, альтернативные варианты осуществления этого изобретения. Наряду с описанным выше, другие предметы и признаки этого изобретения будут более понятными при чтении следующего подробного описания вместе с сопутствующими фигурами и примерами. Однако, должно быть понятно, что как предыдущий раздел «Сущность изобретения», так и последующий раздел «Подробное описание» является иллюстративными вариантами и не ограничивают это изобретение или другие, альтернативные варианты осуществления этого изобретения. В частности, хотя это изобретение описано здесь со ссылкой на ряд конкретных вариантов, должно быть понятно, что это описание является иллюстративным для этого описания и не рассматривается как ограничивающее это изобретение. Различные модификации и применения могут приходить на ум квалифицированным в данной области специалистам, без отклонения от сущности и объема этого изобретения, описанного прилагаемой формулой изобретения. Подобным образом, другие цели, признаки, эффекты и преимущества данного изобретения будут очевидными из раздела «Сущность изобретения» и некоторых описанных ниже вариантов осуществления и будут вполне очевидными для квалифицированных в данной области специалистов. Такие цели, признаки, эффекты и преимущества будут очевидными из вышеописанного вместе с сопутствующими примерами, данными, фигурами и всеми обоснованными выводами, сделанными из них, отдельно или с учетом включенных здесь ссылок.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ФИГУР

[0018] Различные аспекты и применения данного изобретения станут очевидными квалифицированному в данной области специалисту после рассмотрения краткого описания фигур и подробного описания данного изобретения и его предпочтительных вариантов осуществления, которые следуют далее.

[0019] Фиг.1 состоит из ряда фотографий, (a)-(f), изображающих результаты анализа IFN-гамма ELISPOT на CTL, которые были индуцированы пептидами, произведенными из HJURP. CTL в лунке № 4, стимулированные HJURP-A24-9-28 (SEQ ID NO:3) (a), в № 4 HJURP-A24-9-263 (SEQ ID NO:4) (b), в № 4 HJURP-A24-9-408 (SEQ ID NO:7) (c), в № 6 HJURP-A24-10-383 (SEQ ID NO:18) (d) и в № 4 HJURP-A24-10-162 (SEQ ID NO:23) (e), показали сильное продуцирование IFN-гамма в сравнении с контролем, соответственно. Квадрат на лунке этих изображений указывает на то, что клетки из соответствующей лунки размножались с установлением линий CTL. В отличие от этого, как это является типичным для отрицательных данных, не детектировали специфического продуцирования IFN-гамма из CTL, стимулированных HJURP-A24-9-149 (SEQ ID NO:1), против импульсно обработанных пептидом клеток-мишеней (f). Квадрат на лунке этих изображений указывает на то, что клетки из соответствующей лунки размножались с установлением линий CTL. На этих фигурах "+" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, импульсно обработанных соответствующим пептидом, и "-" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, не обработанных импульсно никакими пептидами.

[0020] Фиг.2 состоит из ряда линейных графиков, (a) и (b), изображающих результаты анализа IFN-гамма ELISA на CTL, которая, в свою очередь, демонстрирует продуцирование IFN-гамма CTL-линий, стимулированное HJURP-A24-9-263 (SEQ ID NO:4) (a) и HJURP-A24-9-408 (SEQ ID NO:7) (b). Эти результаты демонстрируют, что CTL-линии, установленные стимуляцией каждым пептидом, обнаруживают сильное продуцирование IFN-гамма в сравнении с контролем. На этих фигурах, "+" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, импульсно обработанных соответствующим пептидом, и "-" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, не обработанных импульсно никакими пептидами.

[0021] Фиг.3 является линейным графиком, изображающим продуцирование IFN-гамма CTL-клона, установленного лимитирующим разведением из CTL-линии, стимулированной HJURP-A24-9-408 (SEQ ID NO:7). Эти результаты демонстрируют, что CTL-клон, установленный стимуляцией HJURP-A24-9-408 (SEQ ID NO:7), обнаруживает сильное продуцирование IFN-гамма в сравнении с контролем. На этой фигуре "+" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, импульсно обработанных соответствующим пептидом, и "-" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, не обработанными импульсно никакими пептидами.

[0022] Фиг.4 состоит из ряда линейных графиков, (a) и (b), изображающих специфическую CTL-активность против клеток-мишеней, которые экзогенно экспрессируют HJURP и HLA-A*2402. В качестве контролей готовили COS7-клетки, трансфицированные HLA-A*2402, или полноразмерный ген HJURP. Эта CTL-линия, установленная с HJURP-A24-9-408 (SEQ ID NO:7) (a) и HJURP-A24-9-263 (SEQ ID NO:4) (b), обнаруживала специфическую CTL-активность против COS7-клеток, трансфицированных как HJURP, так и HLA-A*2402 (черный ромб). С другой стороны, не детектировали значимо специфической CTL-активности против клеток-мишеней, экспрессирующих либо HLA-A*2402 (треугольник), либо HJURP (кружок).

[0023] Фиг.5-1 состоит из ряда фотографий, (a)-(i), изображающих результаты анализов IFN-гамма ELISPOT на CTL, которые индуцировали пептидами, произведенными из HJURP. CTL в лунке № 4, стимулированные HJURP-A02-9-496 (SEQ ID NO:26) (a), в № 2 HJURP-A02-9-354 (SEQ ID NO:27) (b), в № 4 HJURP-A02-9-406 (SEQ ID NO:30) (c), в № 5 HJURP-A02-9-129 (SEQ ID NO:31) (d), в № 3 HJURP-A02-9-599 (SEQ ID NO:32) (e) и в № 1 HJURP-A02-9-386 (SEQ ID NO:35) (f), показывали сильное продуцирование IFN-гамма в сравнении с контролем, соответственно. Квадрат на лунке этих изображений указывает на то, что клетки из соответствующей лунки размножались с установлением линий CTL. В отличие от этого, как это является типичным для отрицательных данных, не детектировали специфического продуцирования IFN-гамма из CTL, стимулированных HJURP-A02-9-150 (SEQ ID NO:25) (j). На этих фигурах "+" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, импульсно обработанных соответствующим пептидом, и "-" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, не обработанных импульсно никакими пептидами.

[0024] Фиг.5-2 состоит из ряда фотографий, (a)-(i), изображающих результаты анализов IFN-гамма ELISPOT на CTL, которые индуцировали пептидами, произведенными из HJURP. CTL в № 5 с HJURP-A02-10-405 (SEQ ID NO:37) (g), в № 3 с HJURP-A02-10-128 (SEQ ID NO:38) (h) и в № 6 с HJURP-A02-10-54 (SEQ ID NO:43) (i) показывали сильное продуцирование IFN-гамма в сравнении с контролем, соответственно. Квадрат на лунке этих изображений указывает на то, что клетки из соответствующей лунки размножались с установлением линий CTL. В отличие от этого, как это является типичным для отрицательных данных, не детектировали специфического продуцирования IFN-гамма из CTL, стимулированных HJURP-A02-9-150 (SEQ ID NO:25) (j). На этих фигурах "+" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, импульсно обработанных соответствующим пептидом, и "-" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, не обработанных импульсно никакими пептидами.

[0025] Фиг.6 составлена из ряда линейных графиков, (a)-(e), изображающих результаты анализа IFN-гамма ELISA, демонстрирующие продуцирование IFN-гамма CTL-линиями, стимулированными HJURP-A02-9-496 (SEQ ID NO:26) (a), HJURP-A02-9-406 (SEQ ID NO:30) (b), HJURP-A02-9-129 (SEQ ID NO:31) (c), HJURP-A02-10-405 (SEQ ID NO:37) (d) и HJURP-A02-10-128 (SEQ ID NO:38) (e). Эти результаты демонстрируют, что CTL-линии, установленные стимуляцией каждым пептидом, обнаруживают сильное продуцирование IFN-гамма в сравнении с контролем. На этих фигурах "+" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, импульсно обработанных соответствующим пептидом, и "-" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, не обработанных импульсно никакими пептидами.

[0026] Фиг.7 составлена из ряда линейных графиков, (a)-(d), изображающих продуцирование IFN-гамма CTL-клонами, установленными лимитирующим разведением из CTL-линий, стимулированных HJURP-A02-9-406 (SEQ ID NO:30) (a), HJURP-A02-9-129 (SEQ ID NO:31) (b), HJURP-A02-10-405 (SEQ ID NO:37) (c) и HJURP-A02-10-128 (SEQ ID NO:38) (d). Эти результаты демонстрируют, что CTL-клоны, установленные стимуляцией каждым пептидом, обнаруживали сильное продуцирование IFN-гамма в сравнении с контролем. На этой фигуре, "+" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, импульсно обработанных соответствующим пептидом, и "-" показывает продуцирование IFN-гамма против клеток-мишеней, не обработанными импульсно никакими пептидами.

[0027] Фиг.8 составлена из ряда линейных графиков, изображающих специфическую CTL-активность в сравнении с клетками-мишенями, которые экзогенно экспрессируют HJURP и HLA-A*0201. В качестве контролей готовили COS7-клетки, трансфицированные HLA-A*0201, или полноразмерный ген HJURP. CTL-клон, установленный с HJURP-A02-10-128 (SEQ ID NO:38), обнаруживал специфическую CTL-активность против с COS7-клеток, трансфицированных как HJURP, так и HLA-A*0201 (черный ромб). С другой стороны, не детектировали значимо специфической CTL-активности против клеток-мишеней, экспрессирующих либо HLA-A*0201 (треугольник), либо HJURP (кружок).

ОПИСАНИЕ ВАРИАНТОВ ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ

[0028] Хотя любые способы и материалы, подобные или эквивалентные способам и материалам, описанным здесь, могут быть использованы в практике или тестировании вариантов осуществления данного изобретения, теперь описываются предпочтительные материалы, способы и устройства. Однако, перед описанием этих материалов и способов должно быть понятно, что эти описания являются лишь иллюстративными и не предназначены для ограничения. Должно быть также понятно, что данное изобретение не ограничивается описанными здесь конкретными размерами, формами, размерностями, методологиями, протоколами и т.д., так как они могут варьироваться в соответствии с рутинным экспериментированием и оптимизацией. Должно быть также понятно, что терминология, используемая в этом описании, предназначена только для цели описания конкретных версий или вариантов осуществления и не предназначена для ограничения объема данного изобретения, который будет ограничиваться только прилагаемой формулой изобретения.

[0029] Раскрытие каждой публикации, патента или заявки на патент, упоминаемых в этом описании изобретения, специально включено здесь посредством ссылки в полном виде. Однако, ничто здесь не должно пониматься как признание того, что это изобретение не дает права на датирование задним числом такого раскрытия на основании предыдущего изобретения.

Если нет другого определения, все технические и научные термины, используемые здесь, имеют то же самое значение, что и значение, обычно понимаемое специалистом, квалифицированным в области, к которой принадлежит данное изобретение. В случае противоречия, данное описание изобретения, в том числе определения, будут служить контролем. Кроме того, эти материалы, способы и примеры являются только иллюстративными и не предназначены для ограничения.

[0030] I. Определения

Слова, упоминаемые в настоящем описании в единственном числе, обозначают в данном контексте "по меньшей мере один", если нет других указаний.

Термины "полипептид", "пептид" и "белок" используются здесь взаимозаменяемо для ссылки на полимер аминокислотных остатков. Эти термины относятся к аминокислотным полимерам, в которых один или более аминокислотных остатков являются модифицированным остатком или не встречающимся в природе остатком, таким как искусственный химический миметик соответствующей природно-встречающейся аминокислоты, а также к природно-встречающимся аминокислотным полимерам.

[0031] Термин "олигопептид", используемый иногда в этом описании изобретения, используется для ссылки на пептид, который имеет длину 20 остатков или менее, обычно 15 остатков или менее и обычно состоит из приблизительно 8 - приблизительно 11 остатков, часто из 9 или 10 остатков.

Термин "аминокислота" в данном контексте относится к природно-встречающимся и синтетическим аминокислотам, а также аминокислотным аналогам и аминокислотным миметикам, которые имеют функцию, сходную с функцией природно-встречающихся аминокислот. Природно-встречающимися аминокислотами являются аминокислоты, кодируемые генетическим кодом, а также аминокислоты, модифицированные после трансляции в клетках (например, гидроксипролин, гамма-карбоксиглутамат и О-фосфосерин). Фраза "аналог аминокислот" относится к соединениям, которые имеют одну и ту же базовую химическую структуру (альфа-углерод, связанный с водородом, карбоксигруппа, аминогруппа и R-группа), что и природно-встречающаяся аминокислота, но имеют модифицированную R-группу или модифицированные скелеты макромолекулы (например, гомосерин, норлейцин, метионин, сульфоксид, метионинметилсульфоний). Фраза "аминокислотный миметик" относится к химическим соединениям, которые имеют различные структуры, но сходные функции с обычными аминокислотами.

Аминокислоты могут называться здесь их обычно известными трехбуквенными символами или однобуквенными символами, рекомендуемыми IUPAC-IUB Biochemical Nomenclature Commission.

[0032] Термины "ген", "полинуклеотиды", "нуклеотиды" и "нуклеиновые кислоты" используются здесь взаимозаменяемо, если нет других указаний, и подобно аминокислотам, называются их общепринятыми однобуквенными кодами.

Термины "агент", "вещество" и "композиция" используются здесь взаимозаменяемо в отношении продукта, включающего в себя указанные ингредиенты в указанных количествах, а также любого продукта, который происходит, прямо или косвенно, из комбинации указанных ингредиентов в указанных количествах. Такие термины в отношении определения "фармацевтические" предназначены для включения в себя продукта, в том числе активного ингредиента (активных ингредиентов), и любого инертного ингредиента (инертных ингредиентов), которые составляют этот носитель, а также любого продукта, который происходит, прямо или косвенно, из объединения, комплексообразования или агрегации любых двух или нескольких из этих ингредиентов, или диссоциации одного или нескольких из этих ингредиентов, или из других типов реакций или взаимодействий одного или нескольких из этих ингредиентов. Таким образом, в контексте данного изобретения, термины "фармацевтический агент" и "фармацевтическая композиция" используются взаимозаменяемо в отношении любого агента, вещества или композиции, приготовленных смешиванием продукта данного изобретения и фармацевтически или физиологически приемлемого носителя.

[0033] Фраза "фармацевтически приемлемый носитель" или "физиологически приемлемый носитель", обозначает в данном контексте фармацевтически или фармакологически приемлемый материал, композицию, вещество или носитель, включающие в себя, но не ограничивающиеся ими, жидкий или твердый наполнитель, разбавитель, эксципиент, растворитель или инкапсулирующий материал, участвующий в несении или транспорте удерживаемых субъектом полифармакофоров из одного органа, или части тела, в другой орган, или в другую часть тела.

Фармацевтические агенты или композиции этого изобретения находят особое применение в качестве вакцин. В контексте данного изобретения, фраза "вакцина" (также называемая "иммуногенной композицией") относится к веществу, которое имеет функцию индуцирования противоопухолевого иммунитета после инокуляции в животных.

[0034] Если нет других указаний, термин "рак" относится к типам рака, сверхэкспрессирующим ген HJURP, примеры которых включают в себя, но не ограничиваются ими, AML, рак мочевого пузыря, рак молочной железы, рак шейки матки, холангиоцеллюлярную карциному, CML, колоректальный рак, рак пищевода, желудочный рак диффузного типа, рак печени, NSCLC, лимфому, остеосаркому, рак яичника, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы, рак почки, SCLC, опухоль мягкой ткани и опухоль яичка.

Если нет других указаний, термины "цитотоксический Т-лимфоцит", "цитотоксическая Т-клетка" и "CTL" используются здесь взаимозаменяемо и, если не оговорено иное, относятся к подгруппе Т-лимфоцитов, которые способны распознавать не-свои клетки (например, опухолевые клетки, инфицированные вирусом клетки) и индуцировать смерть таких клеток.

[0035] Если нет других указаний, термин "HLA-A24" относится к типу HLA-A24, содержащему подтипы, примеры которых включают в себя, но не ограничиваются ими, HLA-A*2401, HLA-A*2402, HLA-A*2403, HLA-A*2404, HLA-A*2407, HLA-A*2408, HLA-A*2420, HLA-A*2425 и HLA-A*2488.

Если нет других указаний, термин "HLA-A2", в данном контексте, относится репрезентативно к подтипам, примеры которых включают в себя, но не ограничиваются ими, HLA-A*0201, HLA-A*0202, HLA-A*0203, HLA-A*0204, HLA-A*0205, HLA-A*0206, HLA-A*0207, HLA-A*0210, HLA-A*0211, HLA-A*0213, HLA-A*0216, HLA-A*0218, HLA-A*0219, HLA-A*0228 и HLA-A*0250.

Если нет других указаний, термин "набор" используется в данном контексте в отношении комбинации реагентов и других материалов. Здесь обсуждается, что этот набор может включать в себя микроэррей (микрочип) чип, маркер и т.д. У авторов нет намерения ограничения термина "набор" конкретной комбинацией реагентов и/или материалов.

[0036] При применении здесь, в контексте субъекта или пациента, фраза "HLA-A2-положительный" означает, что этот субъект или пациент гомозиготно или гетерозиготно имеет ген HLA-A2-антигена, и HLA-A2-антиген экспрессируется в клетках этого субъекта или пациента в виде HLA-антигена.

Подобным образом, при применении здесь, в контексте субъекта или пациента, фраза "HLA-A24-положительный" означает также, что этот субъект или пациент гомозиготно или гетерозиготно имеет ген HLA-A24-антигена, и HLA-A24-антиген экспрессируется в клетках этого субъекта или пациента в виде HLA-антигена.

[0037] В той степени, в которой способы и композиции этого изобретения нах