Notch 1-специфические молекулы мирнк
Иллюстрации
Показать всеИзобретение относится к биотехнологии. Описана молекула нуклеиновой кислоты, содержащая двухцепочечную структуру,
где двухцепочечная структура образована первой цепью и второй цепью, где первая цепь состоит из следующей нуклеотидной последовательности:
5'-acGaGcUgGaCcAcUgGuCdTSdT-3' и вторая цепь состоит из следующей нуклеотидной последовательности:
5'-GAcCaGuGgUcCaGcUcGudTSdT-3', где то, что нуклеотид указан строчной буквой, указывает на то, что нуклеотид является 2'-F-модифицированным, и подчеркивание нуклеотида указывает на то, что нуклеотид является 2'-O-метил-модифицированным и где dTSdT указывает на то, что на 3'-конце присоединен динуклеотид, состоящий из двух нуклеотидов dT, где указанные два dT ковалентно связаны посредством фосфотиоатной связи. Описано применение описанной молекулы нуклеиновой кислоты в получении средства для восстановления чувствительности злокачественных клеток к лекарственному средству и для лечения и/или профилактики заболевания. Представлены фармацевтическая композиция и наноэмульсия, содержащие описанную молекулу нуклеиновой кислоты. 7 н. и 104 з.п. ф-лы, 5 ил., 3 табл., 5 пр.
Реферат
Настоящее изобретение относится к молекуле нуклеиновой кислоты, содержащей двухцепочечную структуру, молекуле нуклеиновой кислоты, содержащей двухцепочечную структуру для применения в способе лечения и/или профилактики заболевания, молекуле нуклеиновой кислоты, содержащей двухцепочечную структуру для применения в способе восстановления чувствительности злокачественных клеток к лекарственному средству, применению молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей двухцепочечную структуру, для получения лекарственного средства, применению молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей двухцепочечную структуру, в получееении средства для восстановления чувствительности злокачественных клеток к лекарственному средству, наноэмульсии, содержащей молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую двухцепочечную структуру, наноэмульсии для применения в способе лечения и/или профилактики заболевания, наноэмульсии для применения в способе восстановления чувствительности злокачественных клеток к лекарственному средству, применению наноэмульсии структуры для получения лекарственного средства, применению наноэмульсии в получении средства для восстановления чувствительности злокачественных клеток к лекарственному средству, фармацевтической композиции, содержащей молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую двухцепочечную структуру, фармацевтической композиции для применения в способе лечения и/или профилактики заболевания, фармацевтической композиции для применения в способе восстановления чувствительности злокачественных клеток к лекарственному средству, способу лечения и/или профилактики заболевания, включающему введение молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей двухцепочечную структуру, способу восстановления чувствительности злокачественных клеток к лекарственному средству, включающему введение молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей двухцепочечную структуру, набору, содержащему молекулу нуклеиновой кислоты, содержащую двухцепочечную структуру, набору для применения в способе лечения и/или профилактики заболевания, набору для применения в способе восстановления чувствительности злокачественных клеток к лекарственному средству, набору, содержащему наноэмульсию, набору для применения в способе лечения и/или профилактики заболевания и набору для применения в способе восстановления чувствительности злокачественных клеток к лекарственному средству.
Notch 1 является геном, кодирующим однопроходный трансмембранный рецептор, также классифицируемый как трансмембранный белок типа 1. Notch 1 человека впервые описан Ellisen LW et al. (Ellisen LW et al., Cell 66(4), 649-661 (1991)). Notch 1 является членом семейства Notch. Члены этого семейства обладают структурными характеристиками, включающими внеклеточный домен, состоящий из множества подобных эпидермальному фактору роста (EGF) повторов, и внутриклеточный домен, состоящий из множества различных типов доменов. Члены семейства Notch играют роль во множестве процессов развития, контролируя предопределение судьбы клеток. Сигнальная сеть Notch является эволюционно консервативным межклеточным путем передачи сигнала, регулирующим взаимодействия между физически близкими клетками. Notch 1 и продукт его трансляции представляют собой мишень для лекарственных средств при многих опухолях. Информацию о последовательности, включающую нуклеотидную последовательность кДНК Notch 1 человека, например, можно получать в GenBank под регистрационным номером NM_017617.3.
В этой области существует постоянная потребность в средствах сайленсинга или нокдауна уровней экспрессии Notch 1 in vitro и in vivo, включая использование миРНК для лечения заболевания, которое можно лечить или подвергать профилактике, снижая экспрессию гена Notch 1, и более конкретно, снижая трансляцию мРНК, кодирующей Notch 1. Одной группой заболеваний, которые можно лечить таким образом, являются различные опухоли и злокачественные новообразования.
Таким образом, задачей, лежащей в основе настоящего изобретения, является получение средств для сайленсинга или нокдауна Notch 1, и более предпочтительно - сайленсинга или нокдауна уровней экспрессии Notch 1 in vitro и in vivo. Дополнительной задачей, лежащей в основе настоящего изобретения, является разработка способа лечения заболевания, более предпочтительно - заболевания, которое можно лечить или подвергать профилактике, снижая экспрессию гена Notch 1, и более конкретно, снижая трансляцию мРНК, кодирующей Notch 1, и средств, применимых в таком способе. Еще одной задачей, лежащей в основе настоящего изобретения, является разработка способа восстановления чувствительности злокачественных клеток к лекарственному средству и средств, применимых в таком способе. Наконец, задачей, лежащей в основе настоящего изобретения, является разработка способа вспомогательной терапии в лечении злокачественного новообразования и средств, применимых в таком способе.
Эти и другие задачи, лежащие в основе настоящего изобретения, решают посредством объекта прилагаемых независимых пунктов формулы изобретения. Предпочтительные варианты осуществления можно вывести из прилагаемых зависимых пунктов формулы изобретения.
Конкретные варианты осуществления будут очевидны специалисту в этой области с учетом описания, включающего эти варианты осуществления, приведенные ниже. Эти варианты осуществления, приведенные ниже, в равной степени решают указанные выше и другие проблемы, лежащие в основе настоящего изобретения.
Вариант осуществления 1: Молекула нуклеиновой кислоты, содержащая двухцепочечную структуру,
где двухцепочечная структура образована первой цепью и второй цепью,
где первая цепь содержит первый фрагмент смежных нуклеотидов, и вторая цепь содержит второй фрагмент смежных нуклеотидов,
где первый фрагмент смежных нуклеотидов содержит
a) нуклеотидную последовательность, где нуклеотидная последовательность является по меньшей мере на 63% идентичной по отношению к
(i) нуклеотидной последовательности 5'-ACGAGCUGGACCACUGGUC-3' (SEQ ID NO: 1) или
(ii) нуклеотидной последовательности 5'-CGAGCUGGACCACUGGU-3' (SEQ ID NO: 8); или
b) нуклеотидную последовательность, где нуклеотидная последовательность содержит по меньшей мере фрагмент из 8 или 9 нуклеотидов из
(i) нуклеотидной последовательности 5'-ACGAGCUGGACCACUGGUC-3' (SEQ ID NO: 1) или
(ii) нуклеотидной последовательности 5'-CGAGCUGGACCACUGGU-3' (SEQ ID NO: 8)
и
где молекула нуклеиновой кислоты способна вызывать посттранскрипционный сайленсинг гена.
Вариант осуществления 2: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 1, где посттранскрипционный сайленсинг гена является РНК-интерференцией.
Вариант осуществления 3: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-2, где ген является Notch 1, предпочтительно, Notch 1 человека.
Вариант осуществления 4: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-3, где молекула нуклеиновой кислоты способна вызывать деградацию мРНК, кодирующей ген или предшественник указанной мРНК, предпочтительно, в клетке.
Вариант осуществления 5: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 4, где нуклеотидная последовательность кДНК мРНК доступна в GenBank под регистрационным номером NM_017617.3.
Вариант осуществления 6: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-5, где кДНК состоит из нуклеотидной последовательности SEQ ID NO: 2.
Вариант осуществления 7: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-6, где второй фрагмент смежных нуклеотидов является по меньшей мере частично комплементарным части первого фрагмента смежных нуклеотидов.
Вариант осуществления 8: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-7, где второй фрагмент смежных нуклеотидов является по меньшей мере частично комплементарным первому фрагменту смежных нуклеотидов.
Вариант осуществления 9: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-8, где первый фрагмент смежных нуклеотидов содержит от 13 до 29 нуклеотидов, предпочтительно от 17 до 25 или от 19 до 25 нуклеотидов, и более предпочтительно от 19 до 23 нуклеотидов.
Вариант осуществления 10: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-9, где второй фрагмент смежных нуклеотидов содержит от 13 до 29 нуклеотидов, предпочтительно от 17 до 25 или от 19 до 25 нуклеотидов, и более предпочтительно от 19 до 23 нуклеотидов.
Вариант осуществления 11: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-10, где первый фрагмент смежных нуклеотидов и второй фрагмент смежных нуклеотидов содержит от 13 до 29 нуклеотидов, предпочтительно от 17 до 25 или от 19 до 25 нуклеотидов, и более предпочтительно от 19 до 23 нуклеотидов.
Вариант осуществления 12: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 9-11, где нуклеотиды являются последовательными нуклеотидами.
Вариант осуществления 13: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-12, где первая цепь состоит из первого фрагмента смежных нуклеотидов.
Вариант осуществления 14: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-13, где вторая цепь состоит из второго фрагмента смежных нуклеотидов.
Вариант осуществления 15: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-14, где первая цепь состоит из первого фрагмента смежных нуклеотидов, и вторая цепь состоит из второго фрагмента смежных нуклеотидов.
Вариант осуществления 16: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-14, где двухцепочечная структура содержит от 13 до 29 пар оснований, предпочтительно от 16 до 27 или от 19 до 25 пар оснований, и более предпочтительно от 19 до 23 пар оснований.
Вариант осуществления 17: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-16, где первый фрагмент смежных нуклеотидов содержит
(i) нуклеотидную последовательность 5'-ACGAGCUGGACCACUGGUC-3' (SEQ ID NO: 1) или
(ii) нуклеотидную последовательность 5'-CGAGCUGGACCACUGGU-3' (SEQ ID NO: 8).
Вариант осуществления 18: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-17, где второй фрагмент смежных нуклеотидов содержит
(i) нуклеотидную последовательность 5'-GACCAGUGGUCCAGCUCGU-3' (SEQ ID NO: 3) или
(ii) нуклеотидную последовательность 5'-ACCAGUGGUCCAGCUCG-3' (SEQ ID NO: 9).
Вариант осуществления 19: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 17-18, где первый фрагмент смежных нуклеотидов содержит
(i) нуклеотидную последовательность 5'-ACGAGCUGGACCACUGGUC-3' (SEQ ID NO: 1) или
(ii) нуклеотидную последовательность 5'-CGAGCUGGACCACUGGU-3' (SEQ ID NO: 8), и
второй фрагмент смежных нуклеотидов содержит
(i) нуклеотидную последовательность 5'-GACCAGUGGUCCAGCUCGU-3' (SEQ ID NO: 3) или
(ii) нуклеотидную последовательность 5'-ACCAGUGGUCCAGCUCG-3' (SEQ ID NO: 9).
Вариант осуществления 20: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-19, где молекула нуклеиновой кислоты имеет тупой конец по меньшей мере на одном конце.
Вариант осуществления 21: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 20, где молекула нуклеиновой кислоты имеет тупой конец на конце, определяемом 5'-концом первой цепи и 3'-концом второй цепи.
Вариант осуществления 22: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 20, где молекула нуклеиновой кислоты имеет тупой конец на конце, определяемом 3'-концом первой цепи и 5'-концом второй цепи.
Вариант осуществления 23: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 20-22, где молекула нуклеиновой кислоты имеет тупой конец на конце, определяемом 5'-концом первой цепи и 3'-концом второй цепи, и на конце, определяемом 3'-концом первой цепи и 5'-концом второй цепи.
Вариант осуществления 24: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-19, где молекула нуклеиновой кислоты имеет липкий конец по меньшей мере на одном конце.
Вариант осуществления 25: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 24, где молекула нуклеиновой кислоты имеет липкий конец на конце, определяемом 5'-концом первой цепи и 3'-концом второй цепи.
Вариант осуществления 26: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 25, где липкий конец является липким 5'-концом.
Вариант осуществления 27: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 25, где липкий конец является липким 3'-концом.
Вариант осуществления 28: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 24, где молекула нуклеиновой кислоты имеет липкий конец на конце, определяемом 3'-концом первой цепи и 5'-концом второй цепи.
Вариант осуществления 29: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 28, где липкий конец является липким 5'-концом.
Вариант осуществления 30: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 28, где липкий конец является липким 3'-концом.
Вариант осуществления 31: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 24, где молекула нуклеиновой кислоты имеет липкий конец на конце, определяемом 5'-концом первой цепи и 3'-концом второй цепи, и на конце, определяемом 3'-концом первой цепи и 5'-концом второй цепи.
Вариант осуществления 32: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 31, где липкий конец является липким 5'-концом.
Вариант осуществления 33: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 32, где липкий конец является липким 3'-концом.
Вариант осуществления 34: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 24-33, где липкий конец состоит из одного, двух, трех, четырех или пяти нуклеотидов.
Вариант осуществления 35: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 34, где липкий конец состоит из двух нуклеотидов.
Вариант осуществления 36: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 34-35, где нуклеотид является dT.
Вариант осуществления 37: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-19 и 24-36, где первый фрагмент смежных нуклеотидов содержит
(i) нуклеотидную последовательность 5'-ACGAGCUGGACCACUGGUCdTdT-3' (SEQ ID NO: 4) или
(ii) нуклеотидную последовательность 5'-CGAGCUGGACCACUGGUdTdT-3' (SEQ ID NO: 10).
Вариант осуществления 38: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-19 и 24-37, где второй фрагмент смежных нуклеотидов содержит
(i) нуклеотидную последовательность 5'-GACCAGUGGUCCAGCUCGUdTdT-3' (SEQ ID NO: 5) или
(ii) нуклеотидная последовательность 5'-ACCAGUGGUCCAGCUCGdTdT-3' (SEQ ID NO: 11).
Вариант осуществления 39: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 37-38, где
первый фрагмент смежных нуклеотидов содержит
(i) нуклеотидную последовательность 5'-ACGAGCUGGACCACUGGUCdTdT-3' (SEQ ID NO: 4) или
(i) нуклеотидную последовательность 5'-CGAGCUGGACCACUGGUdTdT-3' (SEQ ID NO: 10), и
второй фрагмент смежных нуклеотидов содержит
(i) нуклеотидную последовательность 5'-GACCAGUGGUCCAGCUCGUdTdT-3' (SEQ ID NO: 5) или
(Ii) нуклеотидную последовательность 5'-ACCAGUGGUCCAGCUCGdTdT-3' (SEQ ID NO: 11).
Вариант осуществления 40: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из предшествующих вариантов осуществления, где первая цепь и вторая цепь ковалентно связаны друг с другом, предпочтительно, 3'-конец первой цепи ковалентно связан с 5'-концом второй цепи.
Вариант осуществления 41: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-40, где один или несколько нуклеотидов, образующих первый фрагмент смежных нуклеотидов, являются модифицированными.
Вариант осуществления 42: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-41, где один или несколько нуклеотидов, образующих второй фрагмент смежных нуклеотидов, являются модифицированными.
Вариант осуществления 43: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 41 и 42, где один или несколько нуклеотидов, образующих первый фрагмент смежных нуклеотидов, являются модифицированными, и один или несколько нуклеотидов, образующих второй фрагмент смежных нуклеотидов, являются модифицированными.
Вариант осуществления 44: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-43, где один или несколько нуклеотидов, образующих первую цепь, являются модифицированными.
Вариант осуществления 45: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-44, где один или несколько нуклеотидов, образующих вторую цепь, являются модифицированными.
Вариант осуществления 46: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 44-45, где один или несколько нуклеотидов, образующих первую цепь, являются модифицированными, и один или несколько нуклеотидов, образующих вторую цепь, являются модифицированными.
Вариант осуществления 47: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 41-46, где модификация одного или нескольких нуклеотидов является модификацией сахарного остатка одного или нескольких нуклеотидов и/или модификацией фосфатного остатка одного или нескольких нуклеотидов.
Вариант осуществления 48: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 47, где модификация сахарного остатка выбрана из группы, содержащей 2'O-метил и 2'-F.
Вариант осуществления 49: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 47-48, где модификация фосфатного остатка является такой, что между двумя нуклеотидами образуется фосфотиоатная связь.
Вариант осуществления 50: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 41-43 и 47-49, где один или несколько нуклеотидов в зависимости от положения во фрагменте являются модифицированными.
Вариант осуществления 51: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 50, где по всей длине первого и/или второго фрагмента или его части нуклеотид в четном положении фрагмента является модифицированным.
Вариант осуществления 52: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 50 и 51, где по всей длине первого и/или второго фрагмента или его части нуклеотид в нечетном положении фрагмента является модифицированным.
Вариант осуществления 53: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 51-52, где по всей длине первого и/или второго фрагмента или его части нуклеотид в четном положении фрагмента является модифицированным, и где по всей длине первого и/или второго фрагмента или его части нуклеотид в четном положении фрагмента является модифицированным, где модификация нуклеотидов в четном положении отличается от модификации нуклеотидов в нечетном положении.
Вариант осуществления 54: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 51-53, где (a) модификация нуклеотидов в четном положении является 2'-O-метильной модификацией, и модификация нуклеотидов в нечетном положении является 2'-F-модификацией, или (b) модификация нуклеотидов в нечетном положении является 2'-O-метильной модификацией, и модификация нуклеотидов в четном положении является 2'-F-модификацией.
Вариант осуществления 55: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 44-50, где один или несколько нуклеотидов является модифицированным в зависимости от положения в цепи.
Вариант осуществления 56: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 55, где по всей длине первой и/или второй цепи или ее части нуклеотид в четном положении цепи является модифицированным.
Вариант осуществления 57: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 55 и 56, где по всей длине первой и/или второй цепи или ее части нуклеотид в нечетном положении цепи является модифицированным.
Вариант осуществления 58: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 56-57, где по всей длине первой и/или второй цепи или ее части нуклеотид в четном положении цепи является модифицированным, и где по всей длине первой и/или второй цепи или ее части нуклеотид в четном положении цепи является модифицированным, где модификация нуклеотидов в четном положении отличается от модификации нуклеотидов в нечетном положении цепи.
Вариант осуществления 59: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 56-58, где (a) модификация нуклеотидов в четном положении является 2'-O-метильной модификацией, и модификация нуклеотидов в нечетном положении является 2'-F-модификацией, или (b) модификация нуклеотидов в нечетном положении является 2'-O-метильной модификацией, и модификация нуклеотидов в четном положении является 2'-F-модификацией.
Вариант осуществления 60: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 41-54, где первый фрагмент содержит на 5'-конце по меньшей мере один, предпочтительно два нуклеотида, где по меньшей мере один нуклеотид является 2'-F-модифицированным.
Вариант осуществления 61: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 60, где после по меньшей мере одного нуклеотида непосредственно следующий (в 5'->3' направлении) нуклеотид и каждый последующий второй нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным нуклеотидом по всей длине первого фрагмента или его части.
Вариант осуществления 62: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 60 и 61, где, начиная после по меньшей мере одного нуклеотида, второй следующий (в 5'->3' направлении) нуклеотид и каждый последующий второй нуклеотид является 2'-F-модифицированным нуклеотидом по всей длине первого фрагмента или его части.
Вариант осуществления 63: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 41-55 и 60-62, где второй фрагмент содержит на 5'-конце по меньшей мере один, предпочтительно два нуклеотида, где по меньшей мере один нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным.
Вариант осуществления 64: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 63, где после по меньшей мере одного нуклеотида непосредственно следующий (в 5'->3' направлении) нуклеотид и каждый последующий второй нуклеотид является 2'-F-модифицированным нуклеотидом по всей длине второго фрагмента или его части.
Вариант осуществления 65: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 63 и 64, где, начиная после по меньшей мере одного нуклеотида, второй следующий (в 5'->3' направлении) нуклеотид и каждый последующий второй нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным нуклеотидом по всей длине первого фрагмента или его части.
Вариант осуществления 66: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 60-65, где первый фрагмент содержит на 5'-конце по меньшей мере один, предпочтительно два нуклеотида, где по меньшей мере один нуклеотид является 2'-F-модифицированным, где, начиная после по меньшей мере одного нуклеотида, второй следующий (в 5'->3' направлении) нуклеотид и каждый последующий второй нуклеотид является 2'-F-модифицированным нуклеотидом по всей длине первого фрагмента или его части, где второй фрагмент содержит на 5'-конце по меньшей мере один, предпочтительно два нуклеотида, где по меньшей мере один нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным, и где, начиная после по меньшей мере одного нуклеотида, второй следующий (в 5'->3' направлении) нуклеотид и каждый последующий второй нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным нуклеотидом по всей длине первого фрагмента или его части.
Вариант осуществления 67: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 60-66, где первый фрагмент содержит на своем 3'-конце два dT нуклеотида, и второй фрагмент содержит на своем 3'-конце два dT нуклеотида, где два dT нуклеотида ковалентно связаны посредством фосфотиоатной связи.
Вариант осуществления 68: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 41-49 и 55-59, где первая цепь содержит на 5'-конце по меньшей мере один, предпочтительно два нуклеотида, где по меньшей мере один нуклеотид является 2'-F-модифицированным.
Вариант осуществления 69: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 68, где после по меньшей мере одного нуклеотида непосредственно следующий (в 5'->3' направлении) нуклеотид и каждый последующий второй нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным нуклеотидом по всей длине первой цепи или ее части.
Вариант осуществления 70: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 68 и 69, где, начиная после по меньшей мере одного нуклеотида, второй следующий (в 5'->3' направлении) нуклеотид и каждый последующий второй нуклеотид является 2'-F-модифицированным нуклеотидом по всей длине первой цепи или ее части.
Вариант осуществления 71: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 41-49, 55-59 и 68-70, где вторая цепь содержит на 5'-конце по меньшей мере один, предпочтительно два нуклеотида, где по меньшей мере один нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным.
Вариант осуществления 72: Молекула нуклеиновой кислоты по варианту осуществления 71, где после по меньшей мере одного нуклеотида непосредственно следующий (в 5'->3' направлении) нуклеотид и каждый последующий второй нуклеотид является 2'-F-модифицированным нуклеотидом по всей длине второй цепи или ее части.
Вариант осуществления 73: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 71 и 72, где, начиная после по меньшей мере одного нуклеотида, второй следующий (в 5'->3' направлении) нуклеотид и каждый последующий второй нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным нуклеотидом по всей длине первой цепи или ее части.
Вариант осуществления 74: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 68-73, где первая цепь содержит на 5'-конце по меньшей мере один, предпочтительно два нуклеотида, где по меньшей мере один нуклеотид является 2'-F-модифицированным, где, начиная после по меньшей мере одного нуклеотида, второй следующий (в 5'->3' направлении) нуклеотид и каждый последующий второй нуклеотид является 2'-F-модифицированным нуклеотидом по всей длине первой цепи или ее части, где вторая цепь содержит на 5'-конце по меньшей мере один, предпочтительно два нуклеотида, где по меньшей мере один нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным, и где, начиная после по меньшей мере одного нуклеотида, второй следующий (в 5'->3' направлении) нуклеотид и каждый последующий второй нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным нуклеотидом по всей длине первой цепи или ее части.
Вариант осуществления 75: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 68-74, где первая цепь содержит на своем 3'-конце два dT нуклеотида, и вторая цепь содержит на своем 3'-конце два dT нуклеотида, где два dT нуклеотида ковалентно связаны посредством фосфотиоатной связи.
Вариант осуществления 76: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-75, где
нуклеотидную последовательность 5'-ACGAGCUGGACCACUGGUC-3' (SEQ ID NO: 1) модифицируют следующим образом:
5'-acGaGcUgGaCcAcUgGuC-3' (SEQ ID NO: 6), и
нуклеотидную последовательность 5'-CGAGCUGGACCACUGGU-3' (SEQ ID NO: 8) модифицируют следующим образом:
5'-cgAgCuGgAcCaCuGgU-3' (SEQ ID NO: 13),
где то, что нуклеотид указан строчной буквой, указывает на то, что нуклеотид является 2'-F-модифицированным, и подчеркивание нуклеотида указывает на то, что нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным.
Вариант осуществления 77: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-76, где
нуклеотидную последовательность 5'-GACCAGUGGUCCAGCUCGU-3' (SEQ ID NO: 3) модифицируют следующим образом
5'-GAcCaGuGgUcCaGcUcGu-3' (SEQ ID NO: 7), и
нуклеотидную последовательность 5'-ACCAGUGGUCCAGCUCG-3' (SEQ ID NO: 9) модифицируют следующим образом
5'-ACcAgUgGuCcAgCuCg-3' (SEQ ID NO: 14),
где то, что нуклеотид указан строчной буквой, указывает на то, что нуклеотид является 2'-F-модифицированным, и подчеркивание нуклеотида указывает на то, что нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным.
Вариант осуществления 78: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-77, где первый фрагмент смежных нуклеотидов содержит следующую нуклеотидную последовательность:
5'-acGaGcUgGaCcAcUgGuC-3' (SEQ ID NO: 6) или
5'-cgAgCuGgAcCaCuGgU-3' (SEQ ID NO: 13),
где то, что нуклеотид указан строчной буквой, указывает на то, что нуклеотид является 2'-F-модифицированным, и подчеркивание нуклеотида указывает на то, что нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным.
Вариант осуществления 79: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-78, где второй фрагмент смежных нуклеотидов содержит следующую нуклеотидную последовательность:
5'-GAcCaGuGgUcCaGcUcGu-3' (SEQ ID NO: 7) или
5'-ACcAgUgGuCcAgCuCg-3' (SEQ ID NO: 14),
где то, что нуклеотид указан строчной буквой, указывает на то, что нуклеотид является 2'-F-модифицированным, и подчеркивание нуклеотида указывает на то, что нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным.
Вариант осуществления 80: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-79, где
a) первый фрагмент смежных нуклеотидов содержит следующую нуклеотидную последовательность:
5'-acGaGcUgGaCcAcUgGuC-3' (SEQ ID NO: 6), и
второй фрагмент смежных нуклеотидов содержит следующую нуклеотидную последовательность:
5'-GAcCaGuGgUcCaGcUcGu-3' (SEQ ID NO: 7), или
b) первый фрагмент смежных нуклеотидов содержит следующую нуклеотидную последовательность:
5'-cgAgCuGgAcCaCuGgU-3' (SEQ ID NO: 13), и
второй фрагмент смежных нуклеотидов содержит следующую нуклеотидную последовательность:
5'-GAcCaGuGgUcCaGcUcGu-3' (SEQ ID NO: 7), или
c) первый фрагмент смежных нуклеотидов содержит следующую нуклеотидную последовательность:
5'-acGaGcUgGaCcAcUgGuC-3' (SEQ ID NO: 6), и
второй фрагмент смежных нуклеотидов содержит следующую нуклеотидную последовательность:
5'-ACcAgUgGuCcAgCuCg-3' (SEQ ID NO: 14), или
d) первый фрагмент смежных нуклеотидов содержит следующую нуклеотидную последовательность:
5'-cgAgCuGgAcCaCuGgU-3' (SEQ ID NO: 13), и
второй фрагмент смежных нуклеотидов содержит следующую нуклеотидную последовательность:
5'-ACcAgUgGuCcAgCuCg-3' (SEQ ID NO: 14),
где то, что нуклеотид указан строчной буквой, указывает на то, что нуклеотид является 2'-F-модифицированным, и подчеркивание нуклеотида указывает на то, что нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным.
Вариант осуществления 81: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-80, где молекула нуклеиновой кислоты состоит из
a) первого фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-acGaGcUgGaCcAcUgGuC-3' (SEQ ID NO: 6), и
второго фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-GAcCaGuGgUcCaGcUcGu-3' (SEQ ID NO: 7), или
b) первого фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-cgAgCuGgAcCaCuGgU-3' (SEQ ID NO: 13), и
второго фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-GAcCaGuGgUcCaGcUcGu-3' (SEQ ID NO: 7), или
c) первого фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-acGaGcUgGaCcAcUgGuC-3' (SEQ ID NO: 6), и
второго фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-ACcAgUgGuCcAgCuCg-3' (SEQ ID NO: 14), или
d) первого фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-cgAgCuGgAcCaCuGgU-3' (SEQ ID NO: 13), и
второго фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-ACcAgUgGuCcAgCuCg-3' (SEQ ID NO: 14),
где то, что нуклеотид указан строчной буквой, указывает на то, что нуклеотид является 2'-F-модифицированным, и подчеркивание нуклеотида указывает на то, что нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным.
Вариант осуществления 82: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-81, где молекула нуклеиновой кислоты состоит из
a) первого фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-acGaGcUgGaCcAcUgGuC-3' (SEQ ID NO: 6), и
второго фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-GAcCaGuGgUcCaGcUcGu-3' (SEQ ID NO: 7), или
b) первого фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-cgAgCuGgAcCaCuGgU-3' (SEQ ID NO: 13), и
второго фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-GAcCaGuGgUcCaGcUcGu-3' (SEQ ID NO: 7), или
c) первого фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-acGaGcUgGaCcAcUgGuC-3' (SEQ ID NO: 6), и
второго фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-ACcAgUgGuCcAgCuCg-3' (SEQ ID NO: 14), или
d) первого фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-cgAgCuGgAcCaCuGgU-3' (SEQ ID NO: 13), и
второго фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-ACcAgUgGuCcAgCuCg-3' (SEQ ID NO: 14),
где то, что нуклеотид указан строчной буквой, указывает на то, что нуклеотид является 2'-F-модифицированным, и подчеркивание нуклеотида указывает на то, что нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным.
Вариант осуществления 83: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-81, где молекула нуклеиновой кислоты состоит из
a) первого фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-acGaGcUgGaCcAcUgGuCdTsdT-3' (SEQ ID NO: 69), и
второго фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-GAcCaGuGgUcCaGcUcGudTsdT-3' (SEQ ID NO: 70), или
b) первого фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-cgAgCuGgAcCaCuGgUdTsdT-3' (SEQ ID NO: 71), и
второго фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-GAcCaGuGgUcCaGcUcGudTsdT-3' (SEQ ID NO: 70), или
c) первого фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-acGaGcUgGaCcAcUgGuCdTsdT-3' (SEQ ID NO: 69), и
второго фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-ACcAgUgGuCcAgCuCgdTsdT-3' (SEQ ID NO: 72), или
d) первого фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-cgAgCuGgAcCaCuGgUdTsdT-3' (SEQ ID NO: 71), и
второго фрагмента смежных нуклеотидов, содержащего следующую нуклеотидную последовательность:
5'-ACcAgUgGuCcAgCuCgdTsdT-3' (SEQ ID NO: 72),
где то, что нуклеотид указан строчной буквой, указывает на то, что нуклеотид является 2'-F-модифицированным, и подчеркивание нуклеотида указывает на то, что нуклеотид является 2'O-метил-модифицированным и
где dTsdT указывает на то, что на 3'-конце присоединен динуклеотид, состоящий из двух dT, где указанные два dT ковалентно связаны посредством фосфотиоатной связи.
Вариант осуществления 84: Молекула нуклеиновой кислоты по любому из вариантов осуществления 1-83 для применения в способе лечения и/



