Способы лечения бактериальных инфекций

Способы лечения бактериальных инфекций

Иллюстрации

Показать все

Реферат

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ

Настоящее изобретение относится к способам лечения и профилактики бактериальной инфекции у субъекта, способам получения лекарственного средства для применения в лечении и профилактике бактериальной инфекции у субъекта, а также к фармацевтическим и ветеринарным антибактериальным композициям, применяемым в таких способах.

ПРЕДШЕСТВУЮЩИЙ УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

Заметное увеличение распространения множественной лекарственной устойчивости у болезнетворных грамположительных (G+) (Staphylococcus aureus, Enterococcus spp. и Streptococcus pneumoniae) и грамотрицательных (G-) патогенов (Escherichia coli/, Enterobacter spp., Salmonella spp., Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae и Pseudomonas aeruginosa) совпало с беспрецедентным глобальным снижением инвестиций в новые противоинфекционные лекарственные средства. В настоящее время зарегистрировано лишь небольшое количество лекарственных средств для лечения бактериальных инфекций со множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ), в результате чего практикующие врачи вынуждены делать выбор в пользу лекарственных средств предыдущего поколения, таких как колистин, с узким спектром действия и значительным риском токсичных побочных эффектов. Кроме того, существует незначительное количество противоинфекционных терапевтических средств новых классов, находящихся в процессе разработки.

С 2000 года, в течение почти 15 лет, Управлением по контролю за продуктами питания и лекарственными средствами (FDA) США было одобрено только 5 антибактериальных агентов с новым механизмом действия: линезолид (оксазолидинон) - в 2000 году, даптомицин (липопептид) - в 2003 году, ретапамулин (плевромутилин) - в 2007 году, фидаксомицин (макролид тиакумицин) - в 2011 году, и бедаквилин (диарилхинолин) - в 2012 году. Примечательно, что ни один из этих агентов не обладает значительной активностью в отношении грамотрицательных бактерий. В 2013 году не было одобрено ни одного из антибактериальных агентов с новым механизмом действия, и на сегодняшний день в 2014 году для одобрения в США были рекомендованы только тедизолид и далбаванцин, которые оба являются аналогами существующих классов. Хотя в настоящее время более 300 противоинфекционных лекарственных средств находятся на различных стадиях разработки, большинство из них, представляют собой ранее одобренные антибактериальные соединения или их производные, которые проходят проверку на возможность применения по новым показаниям.

Кроме того, распространение множественной лекарственной устойчивости среди патогенов, специфичных для животных, наряду с усложнением процедур регистрации и применения противомикробных препаратов у животных, побуждает ветеринаров в большей степени полагаться на традиционные классы противомикробных агентов. Риск передачи зоонозов с МЛУ от животных человеку также вызвал призывы к дальнейшим ограничениям применения некоторых недавно зарегистрированных антибактериальных препаратов, таких как фторхинолоны и цефалоспорины третьего и четвертого поколения.

Эпидемиология развития антибактериальной устойчивости у патогенов человека и животных

Эволюция развития устойчивости во многом обусловлена изменениями в эпидемиологии ключевых организмов с МЛУ. Когда-то ограниченные только больницами и организациями по уходу за престарелыми, метициллин-устойчивые штаммы Staphylococcus aureus (MRSA, methicillin resistant Staphylococcus aureus) в настоящее время распространены среди населения в угрожающих масштабах. Кроме того, штаммы MRSA, приобретенные населением, с большей долей вероятности несут токсин лейкоцидин Пантон-Валентина (ПВЛ), фактор вирулентности, связанный с поражениями кожи и мягких тканей, а также быстрой, молниеносной, некротической пневмонией со значительным числом ассоциированных с ними смертельных исходов. Недавно штаммы MRSA адаптировались к обитанию в ряде значимых видов животных в качестве хозяев, включая домашний скот, лошадей и домашних животных, и известны регулярные случаи их передачи от человека к животному и от животного к человеку. Этот факт имеет важные последствия для передачи штаммов и общественного здоровья. Недавнее обследование 751 австралийских ветеринаров на назальное носительство MRSA показало, что 21,4% ветеринаров, работающих с лошадьми, оказались MRSA-положительными, по сравнению с 4,9% ветеринаров, работающими с мелкими животными, и 0,9% ветеринаров, имевших незначительные контакты с животными. Такого рода смещение в экологии MRSA наряду с появлением устойчивости к новым лекарственным средствам, разработанным специально для MRSA, например, к линезолиду, подтверждает, что срочно необходимы новые противоинфекционные средства для борьбы с MRSA. Более того, больницам, использующим ванкомицин для лечения MRSA, затем приходится бороться со вспышками среди пациентов инфекций, вызванных ванкомицин-устойчивыми энтерококками (VRE), для борьбы с которыми выбор противомикробных средств также ограничен.

Глобальное появление и распространение в обществе высоко вирулентных грамотрицательных (G-) бактерии с МЛУ, таких как Е. coli O25b:ST131, подтверждает, что у бактериальных патогенов могут одновременно развиваться детерминанты как вирулентности, так и устойчивости. Как отголосок недавних эпидемий MRSA, штамм Е. coli O25b:ST131, основной возбудитель инфекций мочевыводящих путей и кровотока в организме человека, в настоящее время выделяют из внекишечных инфекций у домашних животных и птиц. Растущая значимость Е. coli O25b:ST131 и других энтеробактерий с МЛУ при их комбинированной устойчивости к фторхинолонам и бета-лактамам расширенного спектра, а также карбапенемам является другой тревожной тенденцией, особенно с учетом того, что за последнее время было разработано лишь небольшое количество противоинфекционных препаратов со спектром действия против «G-» бактерий, за исключением продолжающегося продвижения лекарственных средств класса карбапенемов.

Всемирная организация здравоохранения определила устойчивость к антибиотикам в качестве одного из трех основных угроз здоровью людей в будущем. В недавнем сообщении от Центров профилактики и контроля заболеваемости США (CDC) подсчитано, что «в Соединенных Штатах каждый год более двух миллионов человек заболевают инфекциями, устойчивыми к антибиотикам, и в результате по меньшей мере 23000 из них умирают». Только в США дополнительный медицинские расходы, связанные с лечением и контролем одного случая инфекции, устойчивой к антибиотикам, по оценкам составляют от 18588$ до 29069$ в год, в результате чего общие прямые затраты системы здравоохранения США составляют более 20 млрд $ в год. Кроме того, издержки американских семей в плане потери производительности оцениваются более чем в 35 млрд $ в год. Двадцать пять тысяч пациентов в странах Европейского союза (ЕС) по-прежнему ежегодно умирают в результате инфекций бактериями с МЛУ, несмотря на то, что во многих странах ЕС имеются лучшие системы надзора за больницами и стратегии инфекционного контроля мире. Затраты ЕС на здравоохранение и издержки в связи с потерей производительности, связанные с инфекциями с МЛУ, по оценкам составляют по меньшей мере 1,5 млрд в год.

Существует неудовлетворенная клиническая потребность в антибактериальных агентах с новыми механизмами действия для дополнения и замещения имеющихся в настоящее время антибактериальных агентов, эффективность которых все в большей степени подрывается механизмами устойчивости бактерий. Сохраняется потребность в альтернативных антибактериальных агентах в лечении инфекций, вызванных бактериями со множественной устойчивостью. Однако, по сообщению Американского общества инфекционистов и Европейского центра по контролю и профилактике заболеваний, в настоящее время разрабатывается лишь небольшое количество новых препаратов, предлагающих многообещающие результаты, по сравнению с существующими способами лечения (Infectious Diseases Society of America 2010, Clinical Infectious Diseases, 50(8): 1081-1083).

Задачей настоящего изобретения является преодоление по меньшей мере одного из недостатков предшествующего уровня техники.

Обсуждение предшествующего уровня техники, изложенное выше, предназначено для облегчения понимания всего настоящего изобретения. Обсуждение не подразумевает признание или принятие того, что какой-либо из упомянутых источников является или являлся частью общедоступных сведений на дату приоритета заявки.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

В соответствии с одним аспектом настоящего изобретения, предложен способ лечения или профилактики бактериальной колонизации или инфекции у субъекта, включающий стадию: введения субъекту терапевтически эффективного количества робенидина, или его терапевтически приемлемой соли. В этом аспекте бактериальная колонизация или инфекция вызвана бактериальным агентом.

В соответствии с другим аспектом настоящего изобретения, предложено применение робенидина или терапевтически приемлемой соли, в изготовлении лекарственного средства для лечения бактериальной колонизации или инфекции у субъекта. В этом аспекте бактериальная колонизация или инфекция вызвана бактериальным агентом.

Субъект может представлять собой любой субъект, который может быть колонизирован или инфицирован бактериями. Субъект может представлять собой млекопитающее, рыбу или птицу. Предпочтительно субъект выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, псовых, кошачьих, крупный рогатый скот, овец, коз, других видов жвачных, свиней, лошадей, птиц или рыб.

[0001] При использовании в настоящей заявке термин робенидин (также известный как 1,2-бис[(Е)-(4-хлорфенил)метилиденамино]гуанидин или NCL812, согласно настоящему описанию) относится к соединению, имеющему химическую структуру:

Робенидин можно вводить субъекту в дозе, выбранной из группы, включающей от 0,1 мг до 250 мг/кг массы тела, предпочтительно от 1 мг/кг до 100 мг/кг массы тела, и более предпочтительно от 5 мг/кг до 50 мг/кг массы тела. Робенидин можно вводить субъекту с помощью режима дозирования, выбранного из группы, включающей: каждый час, три раза в день; два раза в день; ежедневно; через день; два раза в неделю; один раз в неделю; один раз в две недели; один раз в месяц; один раз в два месяца, или путем инфузии с постоянной скоростью или с переменной скоростью. Предпочтительно, робенидин вводят до тех пор, пока колонизация или признаки и симптомы инфекции не будут по меньшей мере частично излечены или облегчены.

В одном варианте реализации концентрация робенидина (или метаболита робенидин) в крови субъекта после лечения находится в пределах диапазона, выбранного из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными: от 0,1 до 10 мкг/мл через 2 часа, от 1 до 200 мкг/мл через 12 часов; от 0,1 до 5 мкг/мл после 24 часов; от 0,01 до 2 мкг/мл после 48 часов; от 0,0001 до 1 мкг/мл после 72 часов. Предпочтительно, концентрация выбрана из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, менее чем 200 мкг/мл после 12 часов; менее чем 5 мкг/мл после 24 часов; менее чем 1 мкг/мл после 48 часов и менее чем 0,5 мкг/мл после 72 часов.

Агент, вызывающий бактериальную инфекцию, представляет собой бактериальный агент. В одном предпочтительном варианте реализации агент не является видом простейших В одном предпочтительном варианте реализации агент не является простейшим группы кокцидий. Более предпочтительно агент не представляет собой ни Clostridium perfringens, ни гетеротрофные виды бактерий, присутствующие в образцах почвы, собранных Хансеном и соавторами в Жиндеваде, Дания, как описано в следующих статьях: Hansen et al. 2012, Chemosphere, 86:212-215; and Hansen et al. 2009, Environmental Pollution 157:474-480.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамотрицательным. В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным. В другом варианте реализации бактериальный агент не имеет клеточной стенки. В другом варианте реализации бактериальная инфекция вызвана смесью по меньшей мере двух агентов, выбранных из группы, включающей: грамотрицательных, грамположительных бактериальных агентов и бактериальных агентов, не имеющих клеточной стенки.

Бактериальный агент, вызывающий бактериальную инфекцию, может представлять собой грамположительный бактериальный агент, выбранный из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Staphylococcus spp, стрептококки, Enterococcus spp, Leuconostoc spp, Corynebacterium spp, Arcanobacteria spp, Trueperella spp, Rhodococcus spp, Bacillus spp, анаэробные кокки, анаэробные грамположительные неспорулирующие бациллы, Actinomyces spp, Clostridium spp, Nocardia spp, Erysipelothrix spp, Listeria spp, Kytococcus spp, Mycoplasma spp, Ureaplasma spp и Mycobacterium spp.

В одном варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Staphylococcus spp. Примеры бактерий Staphylococcus spp включают Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus lugdunensis, Staphylococcus saprophytics, Staphylococcus auricularis, Staphylococcus capitis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus carnosus, Staphylococcus cohnii, Staphylococcus hominis, Staphylococcus pasteuri, Staphylococcus pettenkoferi, Staphylococcus pulvereh, Staphylococcus saccharolyticus, Staphylococcus simulans, Staphylococcus schleiferi, Staphylococcus warneri, Staphylococcus xylosus, Staphylococcus arlettae, Staphylococcus caseolyticus, Staphylococcus chromogenes, Staphylococcus condimenti, Staphylococcus delphini, Staphylococcus equorum, Staphylococcus felis, Staphylococcus fleurettii, Staphylococcus gallinarum, Staphylococcus hyicus, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus kloosii, Staphylococcus lentus, Staphylococcus lutrae, Staphylococcus muscae, Staphylococcus nepalensis, Staphylococcus piscifermentans, Staphylococcus pseudintermedius, Staphylococcus sciuri, Staphylococcus simiae, Staphylococcus succinus и Staphylococcus vitulinus.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Streptococcus spp. Примеры Streptococcus spp включают Streptococcus agalactiae, Streptococcus alactolyticus, Streptococcus anginosus, Streptococcus canis, Streptococcus constellatus, Streptococcus cricetus, Streptococcus cristatus, Streptococcus downei, Streptococcus dysgalactiae subsp. dysgalactiae, Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis, Streptococcus equi subsp. equi, Streptococcus equi subsp. zooepidemicus, Streptococcus ferus, Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus (ранее Streptococcus bovis биотип i), Streptococcus gallolyticus subsp. pasteurianus (ранее Streptococcus bovis биотип ii/2), Streptococcus gordonii, Streptococcus hyointestinalis, Streptococcus hyovaginalis, Streptococcus infantarius, Streptococcus infantarius subsp infantarius, Streptococcus infantis, Streptococcus iniae, Streptococcus intermedius, Streptococcus lutetiensis (ранее Streptococcus bovis биотип ii.1), Streptococcus macaccae, Streptococcus mitis, Streptococcus mutans, Streptococcus oralis, Streptococcus orisratti, Streptococcus parasanguinis, Streptococcus peroris, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus porcinus, Streptococcus pseudintermedius, Streptococcus pyogenes, Streptococcus ratti, Streptococcus salivarius, Streptococcus sanguinis, Streptococcus sobrinus, Streptococcus suis, Streptococcus thermophilus, Streptococcus vestibularis, а также варианты стрептококков по потребляемым питательным веществам (недостаточность по питательным веществам) (Abiotrophia defective, Granulicatella adiacens, Granulicatella elegans и Granulicatella para-adiacens) и родственные виды, такие как Rothia mucilaginosa (ранее Stomatococcus mucilaginosus) и Pediococcus.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Enterococcus spp. Примеры Enterococcus spp включают Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Enterococcus gallinarum, Enterococcus durans, Enterococcus avium, Enterococcus raffinosus, Enterococcus pallens, Enterococcus gilvus, Enterococcus cecorum, Enterococcus malodoratus, Enterococcus italicus, Enterococcus sanguinicola, Enterococcus mundtii, Enterococcus casseliflavus/flavescens, Enterococcus dispar, Enterococcus hirae, Enterococcus pseudoavium и Enterococcus bovis.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбраны из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Leuconostoc spp. Примеры Leuconostoc spp. включают Leuconostoc mesenteroides, Leuconostoc pseudomesenteroides, Leuconostoc paramesenteroides, Leuconostoc citreum и Leuconostoc lactis.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Corynebacterium spp. Примеры Corynebacterium spp включают нелипофильные ферментативные виды Corynebacterium spp, такие как Corynebacterium ulcerans, Corynebacterium pseudotuberculosis, Corynebacterium xerosis, Corynebacterium striatum, Corynebacterium minutissimum, Corynebacterium amycolatum, Corynebacterium glucuronolyticum, Corynebacterium argentoratense, Corynebacterium matruchotii, Corynebacterium riegelii, Corynebacterium confusum, Corynebacterium cystidis, Corynebacterium diphtheria, Corynebacterium simulans, Corynebacterium sundvallense, Corynebacterium thomssensii, Corynebacterium freneyi и Corynebacterium aurimucosum, нелипофильные неферментативные виды Corynebacterium spp, такие как Corynebacterium afermentans afermentans, Corynebacterium auris, Corynebacterium pseudodiphtheriticum и Corynebacterium propinquum, и липофильные виды Corynebacterium spp, такие как Corynebacterium jeikeium, Corynebacterium urealyticum, Corynebacterium afermentans lipophilum, Corynebacterium accolens, Corynebacterium macginleyi, Corynebacterium tuberculostearum, Corynebacterium kroppenstedtii, Corynebacterium kutscheri, Corynebacterium pilosum, Corynebacterium bovis, CDC coryneform групп F-1 и G и Corynebacterium lipophiloflavum, а также другие виды Corynebacterium spp, такие как Turicella, Arthrobacter, Brevibacterium, Dermabacter, Rothia, Oerskovia, Microbacterium и Leifsonia aquatica.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Arcanobacteria spp. Примеры Arcanobacteria spp. включают A. haemolyticum, A. pyogenes (сейчас известный как Trueperella pyogenes, ранее известный как Actinomyces pyogenes) и А. bernardiae.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Rhodococcus spp. Примеры Rhodococcus spp зключают Rhodococcus equi, Rhodococcus erythropolis, Rhodococcus fasciens и Rhodococcus rhodochrous.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Gordonia spp..

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Tsukamurella spp.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Acholeplasma spp.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, такие как актинобактерии, такие как Crossiella equi.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Bacillus spp. Примеры Bacillus spp. включают Bacillus anthracis, Bacillus cereus, Bacillus circulans, Bacillus licheniformis, Bacillus megaterium, Bacillus pumilus, Bacillus sphaericus, Bacillus subtilis, Brevibacillus brevis, Brevibacillus laterosporus и Paenibacillus alvei.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, анаэробные кокки. Примеры анаэробных кокков включают Anaerococcus murdochii, Anaerococcus prevotii, Anaerococcus tetradius, Anaerococcus octavius, Anaerococcus hydrogenalis, Anaerococcus lactolyticus, Anaerococcus vaginalis, Atopobium parvulum, Finegoldia magna, Gallicola barnesae, Gemella asaccharolytica, Gemella bergeri, Gemella cuniculi, Gemella haemolysans, Gemella morbillorum, Gemella palaticanis, Gemella sanguinis; Parvimonas micra, Peptococcus niger, Peptoniphilus asaccharolyticus, Peptoniphilus gorbachii, Peptoniphilus indolicus, Peptoniphilus harei, Peptoniphilus ivorii, Peptoniphilus lacrimalis, Peptoniphilus olsenii, Peptostreptococcus stomatis, Peptostreptococcus anaerobius, Ruminococcus productus, Slackia heliotrinireducens и Staphylococcus saccharolyticus.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, анаэробные грамположительные неспорулирующие бациллы. Примеры анаэробных грамположительных неспорулирующих бацилл включают Alloscardovia omnicolens, виды Atopobium (такие как Atopobium minutum, Atopobium rimae, Atopobium parvulum и Atopobium vaginae), Bifidobacteria (такие как Bifidobacteria adolescentis, Bifidobacteria dentium, Bifidobacteria scardovii), Catabacter hongkongensis, Collinsella aerofaciens, Eggerthella (такие как Eggerthella lenta, Eggerthella hongkongensis и Eggerthella sinensis), Eubacterium и родственные виды (такие как Eubacterium nodatum, Eubacterium tenue, Eubacterium brachy, Eubacterium infirmum, Eubacterium minutum, Eubacterium nodatum, Eubacterium saphenum, Eubacterium sulci, Filifactor alocis, Mogibacterium timidum, Mogibacterium vescum, Pseudoramibacter alactolyticus, Bulleidia extructa и Solobacterium moorei), виды Lactobacillus (такие как Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus casei, Lactobacillus fermentum, Lactobacillus gasseri, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus iners и Lactobacillus ultunensis), виды Mobiluncus (такие как Mobiluncus curtisii, Mobiluncus mulieris), Moryella indoligenes, оральные виды Olsenella (такие как Olsenella uli и Olsenella profuse), Oribacterium sinus, Propionibacterium (такие как Propionibacterium acnes и Propionibacterium propionicum), Slackia exigua и Turicibacter sanguine.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Actinomyces spp. Примеры Actinomyces spp включают Actinomyces israelii, Actinomyces naeslundii, Actinomyces viscosus, Actinomyces odontolyticus, Actinomyces meyeri и Actinomyces gerencseriae (ранее Actinomyces israelii серотип II), Actinomyces europaeus, Actinomyces neuii, Actinomyces radingae, Actinomyces graevenitzii, Actinomyces hordeovulneris, Actinomyces turicensis, Actinomyces georgiae, Arcanobacterium (Actinomyces) pyogenes, Arcanobacterium (Actinomyces) bernardiae, Actinomyces funkei, Actinomyces lingnae, Actinomyces houstonensis и Actinomyces cardiffensis.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Clostridium spp. Примеры Clostridium spp. включают Clostridium baratii, Clostridium bifermentans, Clostridium botulinum, Clostridium botulinum (типы А, В, C, D, E, F, G), Clostridium butyricum, Clostridium difficile, Clostridium histolyticum, Clostridium novyi (тип A), Clostridium novyi (тип В), Clostridium perfringens, Clostridium perfringens (типы A-E), Clostridium ramosum, Clostridium septicum, Clostridium sordelli, Clostridium sphenoides, Clostridium tertium и Clostridium tetani.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Nocardia spp. Примеры Nocardia spp включают Nocardia asteroides, Nocardia brasiliensis, Nocardia farcinica, Nocardia nova, Nocardia otitidiscaviarum и Nocardia transvalensis.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Erysipelothrix spp, такие как Erysipelothrix rhusiopathiae.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Listeria spp, например, Listeria monocytogenes.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Kytococcus spp, такие как Kytococcus schroeteri.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Mycobacterium spp. Примеры Mycobacterium spp включают Mycobacterium abscessus, Mycobacterium arupense, Mycobacterium asiaticum, Mycobacterium aubagnense, Mycobacterium avium complex, Mycobacterium bolletii, Mycobacterium bolletii, Mycobacterium branderi, Mycobacterium canettii, Mycobacterium caprae, Mycobacterium celatum, Mycobacterium chelonae, Mycobacterium chimaera, Mycobacterium colombiense, Mycobacterium conceptionense, Mycobacterium conspicuum, Mycobacterium elephantis, Mycobacterium farcinogenes, Mycobacterium florentinum, Mycobacterium fortuitum group, Mycobacterium genavense, Mycobacterium goodii, Mycobacterium haemophilum, Mycobacterium heckeshornense, Mycobacterium heidelbergense, Mycobacterium houstonense, Mycobacterium immunogenum, Mycobacterium interjectum, Mycobacterium intracellulare, Mycobacterium senegalense, Mycobacterium africanum, Mycobacterium avium subsp paratuberculosis, Mycobacterium kansasii, Mycobacterium lacus, Mycobacterium lentiflavum, Mycobacterium leprae, Mycobacterium lepraemurium, Mycobacterium mageritense, Mycobacterium malmoense, Mycobacterium marinum, Mycobacterium massiliense, Mycobacterium microti, Mycobacterium montefiorense (патоген угрей,), Mycobacterium moracense, Mycobacterium mucogenicum, Mycobacterium nebraskense, Mycobacterium neoaurum, Mycobacterium novocastrense, Mycobacterium palustre, Mycobacterium parmense, Mycobacterium phlei, Mycobacterium phocaicum, Mycobacterium pinnipedii, Mycobacterium porcinum, Mycobacterium pseudoshottsii (патоген рыб), Mycobacterium pseudotuberculosis, Mycobacterium saskatchewanense, Mycobacterium scrofulaceum, Mycobacterium senuense, Mycobacterium septicum, Mycobacterium simiae, Mycobacterium smegmatis, Mycobacterium szulgai, Mycobacterium terrae/chromogenicum complex, Mycobacterium triplex, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium tusciae, Mycobacterium ulcerans, Mycobacterium wolinskyi и Mycobacterium xenopi.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, Trueperella spp. Примеры Trueperella spp включают Trueperella abortisuis, Trueperella bernardiae, Trueperella bialowiezensis, Trueperella bonasi, Trueperella pyogenes (Arcanobacterium pyogenes).

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным, грамотрицательным или не имеет клеточной стенки, и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, патогены сельскохозяйственных животных. Примеры патогенов сельскохозяйственных животных включают Actinobaculum suis, Actinomyces bovis, Arcanobacterium pyogenes, Bacillus anthracis, cereus, licheniformis, pumilus, melaninogenicus, subtilis, Clostridium botulinum, chauvoei, haemolyticum, novyi, perfringens, septicum, sordellii, tetani, colinum, Corynebacterium pseudotuberculosis, renale, Dermatophilus congolensis, Enterococcus spp (такие как E. faecalis, E. faecium, E. durans, E. avium, E. hirae), Erysipelothrix rhusiopathiae, Listeria ivanovii, grayi, innocua, seeligeri, welshimeri, monocytogenes, Mycobacterium avium, bovis, paratuberculosis (болезнь Джона), Mycoplasma (такие как capricolum subsp. capripneumoniae, subsp. capricolum, M. mycoides subsp mycoides, M. agalactiae, M. ovipneumoniae, M. conjunctivae, M. arginini, M. Bovis и M. putrefaciens) Mycoplasma bovis, dispar, mycoides subsp. mycoides (например, возбудители контагиозной плевропневмонии крупного рогатого скота, СВРР) Mycoplasma gallisepticum (MG), iowae meleagridis (MM), synoviae (MS) Mycoplasma haemosuis (ранее Eperythrozoon suis), alkalescens, bovigenitalum, bovirhinis, bovoculi, californicum, canadense, cynos, equigenitalium, gateae, haemocanis, haemofelis, hyopneumoniae, hyorhinis, hyosynoviae, iowae, leachii, meleagridis, mycoides subsp capri, wenyonii, suis, Rhodococcus equi, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus simulans, Staphylococcus felis, Staphylococcus xylosus, Staphylococcus chromogenes, Staphylococcus warneri, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus sciuri, Staphylococcus saprophytics, Staphylococcus hominis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus cohnii subsp. cohnii, Staphylococcus cohnii subsp. urealyticus, Staphylococcus capitis subsp. capitis, Staphylococcus capitis subsp. urealyticus, Staphylococcus hyicus, Staphylococcus aureus, Staphylococcus pseudintermedius, Staphylococcus delphini, Staphylococcus schleiferi subsp. coagulans, Staphylococcus aureus subsp. anaerobius, Streptococcus uberis, Streptococcus canis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus bovis, Streptococcus equi subsp. Zooepidemicus, Streptococcus equinus, Streptococcus equi (Streptococcus equi subsp equi), Streptococcus equisimilis (Streptococcus dysgalactiae subsp equisimilis), porcinus, suis, zooepidemicus, Streptococcus zooepidemicus (Streptococcus equi subsp zooepidemicus), Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis, Propionibacterium acnes, Propionibacterium granulosum, Eubacterium, Peptococcus indolicus и Peptostreptococcus anaerobius; а также различные виды родов следующих грамотрицательных бактерий: Actinobacillus, Aeromonas, Anaplasma, Arcobacter, Avibacterium, Bacteroides, Bartonella, Bordetella, Borrelia, Brachyspira, Brucella, Campylobacter, Capnocytophaga, Chlamydia, Chlamydophila, Chryseobacterium, Coxiella, Cytophaga, Dichelobacter, Edwardsiella, Ehrlichia, Escherichia, Flavobacterium, Francisella, Fusobacterium, Gallibacterium, Haemophilus, Histophilus, Klebsiella, Lawsonia, Leptospira, Mannheimia, Megasphaera, Moraxella, Neorickettsia, Nicoletella, Ornithobacterium, Pasteurella, Photobactehum, Piscichlamydia, Piscirickettsia, Porphyromonas, Prevotella, Proteus, Pseudomonas, Rickettsia, Riemerella, Salmonella, Streptobacillus, Tenacibaculum, Vibrio и Yersinia.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамположительным и выбран из группы, включающей, но не ограниченной перечисленными, патогены видов домашних животных (животных-компаньонов), таких как кошки, собаки и лошади. Примерами таких патогенов являются патогены лошадей, такие как Streptococcus equi, Streptococcus zooepidemicus, Rhodococcus equi, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Corynebacterium pseudotuberculosis, Clostridium piliforme, Actinomyces bovis, Staphylococcus aureus, beta haemolytic Steptococcus spp, Dermatophilus congolense, Clostridiium tetani и Clostridium botulinum. Другие примеры включают патогены собак и кошек, такие как Staphylococcus spp, Streptococcus spp, Clostridium spp, Actinomyces spp, Enterococcus spp, Nocardia spp, Mycoplasma spp и Mycobacterium spp.

В другом варианте реализации бактериальный агент является грамотрицательным и выбраны из группы, включающей следующие репрезентативные семейства и виды: Acetobacteraceae: - Roseomonas cervicalis; Roseomonas fauriae; Roseomonas gilardii. - Aeromonadaceae: - Aeromonas allosaccharophila; Aeromonas aquariorum; Aeromonas caviae; Aeromonas hydrophila (and subspecies); Aeromonas salmonicida; Aeromonas shubertii; Aeromonas veronii biovar sobria (Aeromonas sobria). - Alcaligenaceae: - Achromobacter xylosoxidans; Alcaligenes faecalis; Bordetella ansorpii; Bordetella avium; Bordetella bronchiseptica; Bordetella hinzii; Bordetella holmesii; Bordetella parapertussis; Bordetella pertussis; Bordetella petrii; Bordetella trematum; Oligella ureolytica; Oligella urethralis. - Anaplasmataceae: - Anaplasma phagocytophilum; Anaplasma platys; Anaplasma bovis; Anaplasma centrale; Anaplasma marginale; Anaplasma odocoilei; Anaplasma ovis; Ehrlichia canis; Ehrlichia chaffeensis; Ehrlichia ewingii; Ehrlichia muris; Ehrlichia ovina; Ehrlichia ruminantium; Neoehrlichia lotoris; Neoehrlichia mikurensis; Neorickettsia helminthoeca; Neorickettsia risticii; Neorickettsia sennetsu; Wolbachia pipientis. - Armatimonadaceae: - Armatimonas rosea. - Bacteroidaceae: - Bacteroides forsythus; Bacteroides fragilis; Bacteroides melaninogenicus; Bacteroides ruber; Bacteroides urealtyicus. - Bartonellaceae: - Bartonella alsatica; Bartonella australis; Bartonella bacilliformis; Bartonella birtlesii; Bartonella bovis; Bartonella capreoli; Bartonella chomelii; Bartonella clarridgeiae; Bartonella doshiae; Bartonella elizabethae; Bartonella grahamii; Bartonella henselae; Bartonella koehlerae; Bartonella peromysci; Bartonella phoceensis; Bartonella quintana; Bartonella rattimassiliensis; Bartonella rochalimae; Bartonella schoenbuchensis; Bartonella talpae; Bartonella tamiae; Bartonella taylorii; Bartonella tribocorum; Bartonella vinsonii subsp berkhoffii; Bartonella vinsonii subsp. arupensis; Bartonella vinsonii subsp. vinsonii. - Bdellovibrionaceae: - Bdellovibrio spp. - Brachyspiraceae: - Brachyspira spp including Brachyspira hampsonii, Brachyspira hyodysentenae, Brachyspira murdochii, Brachyspira pilosicoli. - Brucellaceae: - Brucella abortus; Brucella canis; Brucella ceti; Brucella melitensis; Brucella ovis; Brucella pinnipedialis; Brucella suis; Ochrobactrum anthropi; Ochrobactrum intermedium. - Burkholderiaceae: - Burkholderia aborts; Burkholderia ambifaria (genomovar VII); Burkholderia anthina (genomovar VIII); Burkholderia cenocepacia (genomovar III); Burkholderia cepacia (genomovar I); Burkholderia diffusa; Burkholderia dolosa (genomovar VI); Burkholderia latens; Burkholderia mallei; Burkholderia metallica; Burkholderia multivorans (genomovar II); Burkholderia pseudomallei; Burkholderia pyrrocinia (genomovar IX); Burkholderia seminalis; Burkholderia stabilis (genomovar IV); Burkholderia ubonensis (genomovar X); Burkholderia vietnamiensis (genomovar V); Cupriavidus pauculus; Cupriavidus gilardii; Ralstonia pickettii; Ralstonia mannitolilytica; Sphaerotilus hippei; Sphaerotilus montanus; Sphaerotilus natans. - Campylobacteraceae: - Arcobacter spp includng Arcobacter skirrowii; Campylobacter coli; Campylobacter concisus; Campylobacter curvus; Campylobacter fetus; Campylobacter gracilis; Campylobacter helveticus; Campylobacter hominis; Campylobacter hyointestinalis; Campylobacter insulaenigrae; Campylobacter jejuni; Campylobacter lanienae; Campylobacter lari; Campylobacter laridis; Campylobacter mucosalis; Campylobacter rectus; Campylobacter showae; Campylobacter sputorum; Campylobacter upsaliensis. - Candidatus: - Piscichlamydia salmonis. - Cardiobacteriaceae: - Cardiobacterium hominis; Cardiobacterium valvarum; Dichelobacter nodosus. - Chlamydiaceae: - Chlamydia spp including Chlamydia avium, Chlamydia gallinacea, Chlamydia muridarum, Chlamydia suis, Chlamydia trachomatis; Chlamydophila spp including Chlamydophila pneumoniae, Chlamydophila pecorum, Chlamydophila psittaci, Chlamydophila abortus, Chlamydophila caviae, and Chlamydophila felis. - Chthonomonadaceae: - Chthonomonas calidirosea. - Comamonadaceae: - Comamonas testosteroni; Verminephrobacter spp.- Coxiellaceae: - Coxiella burnetii. - Cytophagaceae: - Cytophaga columnaris; Cytophaga hutchinsonii; Flexibacter echinicida; Flexibacter elegans; Flexibacter flexilis; Flexibacter litoralis; Flexibacter polymorphus; Flexibacter roseolus; Flexibacter ruber. - Desulfovibrionaceae: - Bilophila wadsworthia; Lawsonia intracellularis. - Enterobacteriaceae: - Cedecea davisae; Cedecea lapagei; Cedecea neteri; amalonaticus; Citrobacter diversus; Citrobacter freundii; Citrobacter koseri; Cronobacter condimenti; Cronobacter dublinensis; Cronobacter helveticus; Cronobacter malonaticus; Cronobacter muytjensii; Cronobacter pulveris; Cronobacter sakazakii; Cronobacter turicensis; Cronobacter universalis; Cronobacter zurichensis; Edwardsiella ictaluri; Edwardsiella tarda; Enterobacter aerogenes; Enterobacter agglomerans; Enterobacter cloacae; Enterobacter cowanii; Escherichia albertii; Escherichia coli, в том числе AIEC - адгезивно-инвазивные E. coli, EaggEC = энтероагрегативные Е. coli; ЕНЕС = энтерогеморрагические Е. coli; ВЕС = энтероинвазивные Е. coli; ЕРЕС = энтеропатогенные Е. coli; ЕТЕС = энтеротоксигенные Е. coli; ЕхРЕС = внекишечные патогенные Е. coli, NMEC = Е. coli неонатального менингита, NTEC = некротоксигенные Е. coli, UPEC = уропатогенные Е. coli.; Escherichia fergusonii; Ewingella americana; Hafnia alvei; Hafnia paralvei; Klebsiella granulomatis; Klebsiella oxytoca; Klebsiella pneumoniae; Kluyvera ascorbata; Kluyvera cryocrescens; Morganella morganii; Pantoea (formerly Enterobacter) agglomerans; Photorhabdus asymbiotica; Plesiomonas shigelloides; Proteus mirabilis; Proteus penneri; Proteus vulgaris; Providencia alcalifaciens; Providencia rettgeri; Providencia stuartii; Raoultella electrica; Raoultella ornithinolytica; Raoultella planticola; Raoultella terrigena; Salmonella bongori, Salmonella enterica subspecies enterica (множество серотипов); Serratia liquifaciens; Serratia marcesans; Shigella boydii; Shigella dysenteriae; Shigella flexneri; Shigella sonnei; Yersinia enterocolitica; Yersinia pestis; Yersinia pseudotuberculosis; Yersinia ruckeri. - Fimbriimonadaceae: - Fimbriimonas ginsengisoli. - Flavobacteriaceae: - Bergeyella zoohelcum; Capnocytophaga canimorsus; Capnocytophaga cynodegmi; Capnocytophaga gingivalis; Capnocytophaga granulosa; Capnocytophaga haemolytica; Capnocytophaga leadbetteri; Capnocytophaga ochracea; Capnocytophaga sputigena; Chryseobacterium indologenes; Chryseobacterium piscicola; Elizabethkingia meningoseptica; Flavobacterium branchiophilum; Flavobacterium columnare; Flavobacterium oncorhynchi; Flavobacterium piscicida; Flavobacterium psychrophilum; Myroides odoratus; Myroides odoratimimus; Ornithobacterium rhinotracheale; Riemerella anatipestifer; Riemerella columbina; Riemerella columbipharyngis; Tenacibaculum dicentrarchi; Tenacibaculum discolour; Tenacibaculum gallaicum; Tenacibaculum maritimum; Tenacibaculum soleae; Weeksella virosa. - Francisellaceae: - Francisella tularensis subsp. tularensis; Francisella tularensis subsp. holarctica; Francisella tularensis subsp. novicida; Francisella philomiragia; Francisella noatunensis; Francisella noatunensis subsp. orientalis (также известный как Francisella asiatica). - Fusobacteriaceae: - Fusobacterium spp. Включая Fusobacterium necrophorum, Fusobacterium nucleatum, Fuso-bacterium polymorphum. - Helicobacteraceae: - Helicobacter cinaedi; Helicobacter fennelliae; Helicobacter pylori. - Legionellaceae: - Legionella pneumophila and other species including; Legionella anisa; Legionella birminghamensis; Legionella bozemannii; Legionella cincinnatiensis; Legionella dumoffii; Legionella feeleii; Legionella gormanii; Legionella hackeliae; Legionella jordanis; Legionella lansingensis; Legionella longbeachae; Legionella maceachernii; Legionella micdadei; Legionella oakridgensis; Legionella parisiensis; Legionella sainthelens; Legionella tusconensis; Legionella wadsworthii; Legionella waltersii. - Leptospiraceae: - Leptospira alexanderi (включая Leptospira alexanderi serovar Hebdomadis, Leptospira alexanderi serovar Manhao 3); Leptospira alstoni (включая Leptospira alstoni serovar Pingchang, Leptospira alstoni serovar Sichuan); Leptospira biflexa (включая Leptospira biflexa serovar Ancona, Leptospira biflexa serovar Canela); Leptospira borgpetersenii (включая Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo, Leptospira borgpetersenii serovar Hardjobovis, Leptospira borgpetersenii serovar Pomona, Leptospira borgpetersenii serovar Tarassovi); Leptospira broomii (включая Leptospira broomii serovar Hurstbridge); Leptospira fainei (включая Leptospira fainei serovar Hurstbridge); Leptospira idonii; Leptospira inadai (включая Leptospira inadai serovar Lyme, Leptospira inadai serovar Malaya); Leptospira interrogans (включая Leptospira interrogans serovar Australis, Leptospira interrogans serovar Autumnalis, Leptospira interrogans serovar Bratislava, Leptospira interrogans serovar Canicola, Leptospira interrogans serovar Grippotyphosa, Leptospira interrogans serovar Hardjo, Leptospira interrogans serovar Hardjo-bovis, Leptospira interrogans serovar Icterohaemorrhagiae, Leptospira interrogans serovar Pomona, Leptospira interrogans serovar Pyrogenes, Leptospira interrogans serovar Tarassovi); Leptospira kirschneri (включая Leptospira kirschneri serovar Bulgarica, Leptospira kirschneri serovar Cynopteri, Leptospira kirschneri serovar Grippotyphosa); Leptospira kmetyi; Leptospira licerasiae; Leptospira meyeri (включая Leptospira meyeri serovar Sofia); Leptospira noguchii (включая Leptospira noguchii serovar Panama, Leptospira noguchii serovar Pomona); Leptospira santarosai; Leptospira terpstrae; Leptospira vanthielii; Leptospira weilii (включая Leptospira weilii serovar Celledoni, Leptospira weilii serovar Sarmin); Leptospira wolbachii; Leptospira wolffii; Leptospira yanagawae. - Leptotrichiaceae: - Leptotrichia buccalis; Streptobacillus moniliformis. - Methylobacteriaceae: - Methylobacterium extorquens group; Methylobacterium fujisawaense; Methylobacterium mesophilicum; Methylobacterium zatmanii. - Moraxellaceae: - Acinetobacter baumannii (genomic species 2); Acinetobacter baylyi; Acinetobacter bouvetii; Acinetobacter calcoaceticus (genomic species 1); Acinetobacter gerneri; Acinetobacter grimontii; Acinetobacter haemolyticus (genomic species 4); Acinetobacterjohnsonii (genomic species 7); Acinetobacter junii (genomic species 5); Acinetobacter Iwoffi (genomic species 8/9); Acinetobacter parvus; Acinetobacter radioresistens (genomic species 12); Acinetobacter schindleri; Acinetobacter tandoii; Acinetobacter tjernbergiae; Acinetobacter towneri; Acinetobacter ursingii; Acinetobacter venetianus; Moraxella atlantae; Moraxella boevrei; Moraxella bovis; Moraxella bovoculi; Moraxella canis; Moraxella caprae; Moraxella catarrhalis; Moraxella caviae; Moraxella cuniculi; Moraxella equi; Moraxella lacunata; Moraxella lincolnii; Moraxella macacae; Moraxella nonliquefaciens; Moraxella oblonga; Moraxella osloensis; Moraxella ovis; Moraxella phenylpyruvica; Moraxella pluranimalium; Moraxella porci. - Moritellaceae: - Moritella abyssi; Moritella dasanensis; Moritella japonica; Moritella marina; Moritella pro-funda; Moritella viscosa; Moritella yayanosii. - Neisseriaceae: - Chromobacterium violaceum; Eikenella corrodens; Kingella denitrificans, Kingella kingae, Kingella oralis, Kingella potus; Neisseria cinerea; Neisseria elongata; Neisseria flavescens; Neisseria gonorrhoeae; Neisseria lactamica; Neisseria meningitidis; Neisseria mucosa; Neisseria polysaccharea; Neisseria sicca; Neisseria subflava; Neisseria weaver; Vitreoscilla spp.- Nitrosomonadaceae: - Nitrosomonas eutropha; Nitrosomonas halophila; Nitrosomonas oligotropha. - Pasteurellaceae: - Actinobacillus actinomycetemcomitans; Actinobacillus equuli; Actinobacillus lignieresii; Actinobacillus pleuropneumoniae; Actinobacillus seminis; Actinobacillus succinogenes; Actinobacillus ureae; Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Aggregatibacter segnis, Aggregatibacter aphrophilus; Avibacterium avium; Avibacterium endocarditidis; Avibacterium gallinarum; Avibacterium paragallinarum; Avibacterium volantium; Bibersteinia trehalose; Gallibacterium anatis; Gallibacterium genomospecies 1; Gallibacterium genomospecies 2; Gallibacterium genomospecies 3; Gallibacterium group V; Gallibacterium melopsittaci; Gallibacterium salpingitis; Gallibacterium trehalosifermentans; Haemophilus aegyptius; Haemophilus avium; Haemophilus ducreyi; Haemophilus haemolyticus; Haemophilus influenzae; Haemophilus parahaemolyticus; Haemophilus parainfluenzae; Haemophilus parasuis; Histophilus somni; Mannheimia caviae; Mannheimia glucosida; Mannheimia granulomatis; Mannheimia haemolytica; Mannheimia ruminalis; Mannheimia varigena; Nicoletella semolina; Pasteurella aerogenes; Pasteurella bettyae; Pasteurella caballi; Pasteurella canis; Pasteurella dagmatis; Pasteurella multocida (подвиды multocida, septicum, gallicida); Pasteurella pneumotropica; Pasteurella stomatis; Pasteurella trehalosi. - Piscirickettsiaceae: - Piscirickettsia salmonis. - Plesiomonadaceae: - Plesiomonas shigelloides. - Polyangiaceae: - Sorangium cellulosum. - Porphyromonadaceae: - Dysgonomonas capnocytophagoides; Dysgonomonas gadei; Dysgonomonas hofstadii; Dysgonomonas mossii; Dysgonomonas oryzarvi; Dysgonomonas wimpennyi; Porphyromonas gingivalis. - Prevotellaceae: - Prevotella spp. включая Prevotella intermedia, Prevotella melaninogenica. - Pseudomonadaceae: - Chryseomonas luteola; Pseudomonas aeruginosa; Pseudomonas luteola; Pseudomonas fluorescens; Pseudomonas putida; Pseudomonas stutzeri; Pseudomonas oryzihabitans. - Rhizobiaceae: - Agrobacterium tumefaciens; Rhizobium radiobacter. - Rickettsiaceae: - Orientia chuto; Orientia tsutsugamushi; Rickettsia aeschlimannii; Rickettsia africae; Rickettsia akari; Rickettsia argasii; Rickettsia asiatica; Rickettsia australis; Rickettsia bellii; Rickettsia canadensis; Rickettsia conorii; Rickettsia cooleyi; Rickettsia felis; Rickettsia heilongjiangensis; Rickettsia helvetica; Rickettsia honei; Rickettsia hoogstraalii; Rickettsia hulinensis; Rickettsia hulinii; Rickettsia japonica; Rickettsia marmionii; Rickettsia martinet; Rickettsia massiliae; Rickettsia monacensis; Rickettsia montanensis; Rickettsia monteiroi; Rickettsia moreli; Rickettsia parkeri; Rickettsia peacockii; Rickettsia philipii; Rickettsia prowazekii; Rickettsia raoultii; Rickettsia rhipicephali; Rickettsia rickettsii; Rickettsia sibirica subgroup; Rickettsia slovaca; Rickettsia tamurae; Rickettsia typhi. - Shewanellaceae: - Shewanella putrefaciens. - Sphingomonadaceae: - Sphingobacterium multivorum; Sphingobacterium spiritivorum; Sphingomonas paucimobilis. - Spirillaceae: - Spirillum minus; Spirillum volutans; Spirillum winogradskyi. - Spirochaetaceae: - Borrelia afzelii; Borrelia anserina; Borrelia bissettii; Borrelia burgdorferi; Borrelia coriaceae; Borrelia duttonii; Borrelia garinii; Borrelia hermsii; Borrelia hispanica; Borrelia japonica; Borrelia lonestari; Borrelia lusitaniae; Borrelia miyamotoi; Borrelia parkeri; Borrelia persica; Borrelia recurrentis; Borrelia spielmanii; Borrelia turicatae; Borrelia turicatae; Borrelia valaisiana; Treponema carateum; Treponema pallidum ssp. endemicum; Treponema pallidum ssp. pallidum; Treponema pallidum ssp. pertenue. - Succinivibrionaceae: - Anaerobic-spirillum spp. - Sutterellaceae: - Sutterella spp включая Sutterella wadsworthia. - Thermaceae: - Meiothermus spp. - Thermotogaceae: - Thermotoga neapolitana. - Veillonellaceae: - Dialister spp; Megamonas spp; Megasphaera spp; Pectinatus spp; Pelosinus spp; Propionispora spp; Sporomusa spp; Veillonella spp.; Zymophilus spp. - Vibrionaceae: - Photobacterium damselae; Vibrio adaptatus; Vibrio alginolyticus; Vibrio azasii; Vibrio campbellii; Vibrio cholera; Vibrio damsel; Vibrio fluvialis; Vibrio furnisii; Vibrio hollisae; Vibrio metchnikovii; Vibrio mimicus; Vibrio parahaemolyticus; Vibrio vulnificus. - Wolbachieae: - Wolbachia spp. - Xanthomonadaceae: - Luteimonas aestuarii; Luteimonas aquatica; Luteimonas composti; Luteimonas lutimaris; Luteimonas marina; Luteimonas mephitis; Luteimonas vadosa; Pseudoxanthomonas broegbernensis; Pseudoxanthomonas japonensis; Stenotrophomonas maltophilia; Stenotrophomonas nitritireducens.

Наиболее предпочтительно, бактериальный агент, вызывающий бактериальную инфекцию, является грамотрицательным и выбран из группы, включающей: виды Acinetobacter, Aeromonas hydrophila, Citrobacter species, Enterobacter species, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Morganella morganii, Pseudomonas aeruginosa и Stenotrophomonas maltophilia.

В другом предпочтительном варианте реализации бактериальный агент, вызывающий бактериальную колонизацию или инфекцию, устойчив к стандартным антибиотикам, используемым для лечения колонизации или инфекции. В одном предпочтительном варианте реализации бактериальный агент устойчив к соединению, выбранному из группы, включающей: один или более аминогликозид (например гентамицин, тобрамицин, амикацин или нетилмицин); цефалоспорины, действующие против MRSA (например цефтаролин); антипсевдомонадные пенициллины + ингибиторы β-лактамазы (например тикарциллин-клавулановая кислота или пиперациллин-тазобактам); карбапенемы (например, эртапенем, имипенем, меропенем или дорипенем); цефалоспорины не расширенного спектра; цефалоспорины 1-го и 2-го поколения (например цефазолин или цефуроксим); цефалоспорины расширенного спектра; цефалоспорины 3-го и 4-го поколения (например цефотаксим или цефтриаксон); цефамицины (например цефокситин или цефотетан); фторхинолоны (например, ципрофлоксацин); ингибиторы фолатного пути (например, триметоприм-сульфаметоксазол); глицилциклины (например, тигециклин); монобактамы (например, азтреонам); пенициллины (например, ампициллин); пенициллины + ингиб