Модуляция экспрессии hsp47

Модуляция экспрессии hsp47

Иллюстрации

Показать все

Реферат

РОДСТВЕННЫЕ ЗАЯВКИ НА ПОЛУЧЕНИЕ ПАТЕНТА

[0001] Настоящая заявка испрашивает приоритет согласно предварительным заявкам на патент США US 61/372,072, поданной 9 августа 2010, US 61/307,412, поданной 23 февраля, 2010 и US 61/285,149, поданной 9 декабря, 2009, каждая из которых имеет название «Модуляция экспрессии HSP47», и которые включены в настоящее описание в полном объеме посредством ссылки и для всех целей.

СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

[0002] Настоящая заявка включает список последовательностей, который обозначен 220-PCT1_ST25_07-Dec-10.txt, при этом копия этого списка в стандарте ASCII, созданная 7 декабря, 2010, размером 533 kb, включена в настоящее описание в полном объеме посредством ссылки.

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ

[0003] Предложены композиции и способы модуляции экспрессиии hsp47.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

[0004] В работе Sato, Y., et al. описано введение липосом, соединенных с витамином А, для доставки малых интерферирующих РНК (siRNA) против gp46, крысиного гомолога белка теплового шока 47 человека, крысиной животной модели цирроза печени. Sato, Y., et al., Nature Biotechnology, vol. 26(4), p.431-442 (2008).

[0005] Chen, J-J., et al. описывал трансфекцию образцов келоидных рубцов человека HSP47-shRNA (малые РНК, образующие шпильки) для исследования пролиферации фибробластов келоидных рубцов. Chen, J-J., et al., British Journal of Dermatology, vol. 156, p.1188-1195 (2007).

[0006] В публикации РСТ патента № WO 2006/068232 описан носитель лекарственного средства, специфичный в отношении астроцитов, который включает производное ретиноевой кислоты и/или аналог витамина А.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ НАСТОЯЩЕГО ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0007] В настоящем описании обеспечиваются композиции, способы и наборы для модуляции экспрессии генов-мишеней. В различных аспектах и вариантах настоящего изобретения композиции, способы и наборы, которые обеспечиваются в настоящем описании, модулируют экспрессию белка теплового шока 47 (hsp47), который также известен как SERPINH1. Указанные композиции, способы и наборы могут включать применение молекул нуклеиновых кислот (например, малые интерферирующие нуклеиновые кислоты (siНК), короткие интерферирующие РНК (siРНК), двухцепочечные РНК (dsPHK), микро-РНК (miPHK) или короткие РНК, образующие шпильки, (shPHK)), которые связывают последовательность нуклеотидов (например, последовательность мРНК), кодирующую hsp47, например, кодирующую последовательность мРНК hsp47 человека, примером которой является SEQ ID NO:1. Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации композиции, способы и наборы согласно настоящему описанию подавляют экспрессию hsp47. Например, обеспечиваются молекулы, siНК (например, молекулы dsHK длины RISC или молекулы dsHK длины Dicer), которые снижают или подавляют экспрессию hsp47. Также обеспечиваются композиции, способы и наборы для лечения и/или предотвращения заболеваний, состояний или нарушений, вызываемых hsp47, таких как фиброз печени, цирроз печени, пневмофиброз, включая фиброз легких (в том числе ИЛФ), фиброз почек в результате любых заболеваний (например, ХБП, включая ТХПН), перитонеальный фиброз, хроническое повреждение печени, фибриллогенез, фибротические заболевания других органов, аномальные рубцы (келоидные рубцы) в результате любых возможных типов повреждений кожи: случайных и ятрогенных (операции); склеродермия; кардиофиброз, неудачная фильтрующая операция при глаукоме, а также кишечные спайки.

[0008] Согласно одному аспекту обеспечиваются молекулы нуклеиновых кислот (например, молекулы siНК), в которых (а) молекула нуклеиновой кислоты содержит смысловую цепь и антисмысловую цепь; (b) каждая цепь молекулы нуклеиновой кислоты имеет независимо 15-49 нуклеотидов в длину; (с) последовательность 15-49 нуклеотидов антисмысловой цепи комплементарна последовательности мРНК, кодирующей hsp47 человека (например, SEQ ID NO:1); и (d) последовательность 15-49 нуклеотидов смысловой цепи комплементарна последовательности антисмысловой цепи и содержит последовательность 15-49 нуклеотидов мРНК, кодирующей hsp47 человека (например, SEQ ID NO:1).

[0009] Согласно некоторым вариантам реализации, последовательность антисмысловой цепи, которая комплементарна последовательности мРНК, кодирующей hsp47 человека, включает последовательность, комплементарную последовательности между нуклеотидами 600-800; или 801-899; или 900-1000; или 1001-1300 SEQ ID NO:1; или между нуклеотидами 650-730; или 900-975 SEQ ID NO:1. Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая цепь включает последовательность, которая комплементарна последовательности мРНК, кодирующей hsp47 человека, соответвующей нуклеотидам 674-693 SEQ ID NO:1 или ее части; или нуклеотидам 698-716 SEQ ID NO:1 или ее части; или нуклеотидам 698-722 SEQ ID NO:1 или ее части; или нуклеотидам 701-720 SEQ ID NO:1 или ее части; или нуклеотидам 920-939 SEQ ID NO:1 или ее части; или нуклеотидам 963-982 SEQ ID NO:1 или ее части; или нуклеотидам 947-972 SEQ ID NO:1 или ее части; или нуклеотидам 948-966 SEQ ID NO:1 или ее части; или нуклеотидам 945-969 of SEQ ID NO:1 или ее части; или нуклеотидам 945-963 SEQ ID NO:1 или ее части.

[0010] Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая цепь молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) согласно настоящему описанию включает последовательность, соответствующую SEQ ID NO:4 или ее части; или SEQ ID NO:6 или ее части; или SEQ ID NO:8 или ее части; или SEQ ID NO:10 или ее части; или SEQ ID NO:12 или ее части; или SEQ ID NO:14 или ее части; или SEQ ID NO:16 или ее части; или SEQ ID NO:18 или ее части; или SEQ ID NO:20 или ее части; или SEQ ID NO:22 или ее части; или SEQ ID NO:24 или ее части; или SEQ ID NO:26 или ее части; или SEQ ID NO:28 или ее части; или SEQ ID NO:30 или ее части; или SEQ ID NO:32 или ее части; или SEQ ID NO:34 или ее части; или SEQ ID NO:36 или ее части; или SEQ ID NO:38 или ее части; или SEQ ID NO:40 или ее части; или SEQ ID NO:42 или ее части; или SEQ ID NO:44 или ее части; или SEQ ID NO:46 или ее части; или SEQ ID NO:48 или ее части; или SEQ ID NO:50 или ее части; или SEQ ID NO:52 или ее части; или SEQ ID NO:54 или ее части; или SEQ ID NO:56 или ее части; или SEQ ID NO:58 или ее части. Согласно некоторым вариантам реализации смысловая цепь молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) согласно настоящему описанию включает последовательность, соответствующую SEQ ID NO:3 или ее части; или SEQ ID NO:5 или ее части; или SEQ ID NO:7 или ее части; или SEQ ID NO:9 или ее части; или SEQ ID NO:11 или ее части; или SEQ ID NO:13 или ее части; или SEQ ID NO:15 или ее части; или SEQ ID NO:17 или ее части; или SEQ ID NO:19 или ее части; или SEQ ID NO:21 или ее части; или SEQ ID NO:23 или ее части; или SEQ ID NO:25 или ее части; или SEQ ID NO:27 или ее части; или SEQ ID NO:29 или ее части; или SEQ ID NO:31 или ее части; или SEQ ID NO:33 или ее части; или SEQ ID NO:35 или ее части; или SEQ ID NO:37 или ее части; или SEQ ID NO:39 или ее части; или SEQ ID NO:41 или ее части; или SEQ ID NO:43 или ее части; или SEQ ID NO:45 или ее части; или SEQ ID NO:47 или ее части; или SEQ ID NO:49 или ее части; или SEQ ID NO:51 или ее части; или SEQ ID NO:53 или ее части; или SEQ ID NO:55 или ее части; или SEQ ID NO:57 или ее части.

[0011] Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации антисмысловая цепь молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) согласно настоящему описанию включает последовательность, соответствующую любой из антисмысловых последовательностей, представленных в Таблице А-19. Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации антисмысловую цепь и смысловую цепь выбирают из пар последовательностей, показанных в Таблице А-19. Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловую и смысловую цепи выбирают из пар последовательностей, представленных в SERPINH1_4, SERPINH1_12, SERPINH1_18, SERPINH1_30, SERPINH1_58 и SERPINH1_88. Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловую цепь и смысловую цепь выбирают из пар последовательностей, представленных в SERPINH1_4 (SEQ ID NOS:195 и 220), SERPINH1_12 (SEQ ID NOS:196 и 221), SERPINH1_30 (SEQ ID NOS:199 и 224), и SERPINH1_58 (SEQ ID NOS:208 и 233).

[0012] Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) согласно настоящему описанию включают пары последовательностей, представленные в SERPINH1_4 (SEQ ID NOS:195 и 220). Согласно некоторым вариантам реализации молекула нуклеиновой кислоты (например, молекула siНК) согласно настоящему описанию включает антисмысловую и смысловую цепи пар последовательностей, представленных в SERPINH1_12 (SEQ ID NOS:196 и 221). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) согласно настоящему описанию включают пары последовательностей, представленные в SERPINH1_30 (SEQ ID NOS:199 и 224). Согласно некоторым вариантам реализации молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) согласно настоящему описанию она включает антисмысловую и смысловую цепи пар последовательностей, представленных в SERPINH1_58 (SEQ ID NOS:208 и 233).

[0013] Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая цепь молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) согласно настоящему описанию включает последовательность, соответствующую любой из антисмысловых последовательностей, представленных в любой из Таблиц В или С.

[0014] Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации антисмысловая цепь молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) согласно настоящему описанию включает последовательность, соответствующую любой антисмысловой последовательности, представленной в Таблице А-18. Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации антисмысловую и смысловую цепи выбирают из пар последовательностей, показанных в Таблице А-18. Согласно некоторым вариантам реализации молекула нуклеиновой кислоты (например, молекула siНК) согласно настоящему описанию включает антисмысловую и смысловую цепи, выбранные из пар последовательностей, представленных в SERPINH1_2 (SEQ ID NOS:60 и 127), SERPINH1_6 (SEQ ID NOS:63 и 130), SERPINH1_11 (SEQ ID NOS:68 и 135), SERPINH1_13 (SEQ ID NOS:69 и 136), SERPINH1_45 (SEQ ID NOS:97 и 164), SERPINH1_45a (SEQ ID NOS:98 и 165), SERPINH1_51 (SEQ ID NOS:101 и 168), SERPINH1_52 (SEQ ID NOS:102 и 169) или SERPINH1_86 (SEQ ID NOS:123 и 190). Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации антисмысловую и смысловую цепи выбирают из пар последовательностей, представленных в SERPINH1_2 (SEQ ID NOS:60 и 127), SERPINH1_6 (SEQ ID NOS:63 и 130), SERPINH1_45a (SEQ ID NOS:98 и 165) и SERPINH1_51 (SEQ ID NOS:101 и 168).

[0015] Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации молекула нуклеиновой кислоты (например, молекула siНК) согласно настоящему описанию включает антисмысловую и смысловую цепи, выбранные из пар последовательностей, представленных в SERPINH1_2 (SEQ ID NOS:60 и 127). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи включают пары последовательностей, представленные в SERPINH1_6 (SEQ ID NOS:63 и 130). Согласно некоторым вариантам реализации молекула нуклеиновой кислоты (например, молекула siНК) согласно настоящему описанию включает антисмысловую и смысловую цепи, выбранные из пар последовательностей, представленных SERPINH1_11 (SEQ ID NOS:68 и 135). Согласно некоторым вариантам реализации the antisense and sense strands are the sequence pairs set forth in SERPINH1_13 (SEQ ID NOS:69 и 136). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленных в SERPINH1_45 (SEQ ID NOS:97 и 164). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленных в SERPINH1_45a (SEQ ID NOS:98 и 165). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_51 (SEQ ID NOS:101 и 168).

[0016] Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая цепь молекулы нуклеиновой кислоты(например, молекула siНК) согласно настоящему описанию включает последовательность, соответствующую любой из антисмысловых последовательностей, показанных в любой из Таблиц D или Е.

[0017] Согласно различным вариантам реализации молекул нуклеиновых кислот (например, молекул siНК) согласно настоящему описанию антисмысловая цепь может иметь 15-49 нуклеотидов в длину (например, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48 или 49 нуклеотидов в длину); или 17-35 нуклеотидов в длину; или 17-30 нуклеотидов в длину; или 15-25 нуклеотидов в длину; или 18-25 нуклеотидов в длину; или 18-23 нуклеотидов в длину; или 19-21 нуклеотидов в длину; или 25-30 нуклеотидов в длину; или 26-28 нуклеотидов в длину. Согласно некоторым вариантам реализации молекул нуклеиновых кислот (например, молекул siНК) согласно настоящему описанию антисмысловая цепь может иметь 19 нуклеотидов в длину. Аналогично, смысловая цепь молекул нуклеиновых кислот (например, молекул siНК) согласно настоящему описанию может иметь 15-49 нуклеотидов в длину (например, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48 или 49 нуклеотидов в длину); или 17-35 нуклеотидов в длину; или 17-30 нуклеотидов в длину; или 15-25 нуклеотидов в длину; или 18-25 нуклеотидов в длину; или 18-23 нуклеотидов в длину; или 19-21 нуклеотидов в длину; или 25-30 нуклеотидов в длину; или 26-28 нуклеотидов в длину. Согласно некоторым вариантам реализации молекул нуклеиновых кислот (например, молекул siНК) согласно настоящему описанию, смысловая цепь может иметь 19 нуклеотидов в длину. Согласно некоторым вариантам реализации молекул нуклеиновых кислот (например, молекул siНК) согласно настоящему описанию антисмысловая цепь и смысловая цепь могут иметь 19 нуклеотидов в длину. Двунитевой участок молекул нуклеиновых кислот (например, молекул siНК) согласно настоящему описанию может иметь 15-49 нуклеотидов в длину (например, приблизительно 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48 или 49 нуклеотидов в длину), 15-35 нуклеотидов в длину; или 15-30 нуклеотидов в длину или приблизительно 15-25 нуклеотидов в длину; или 17-25 нуклеотидов в длину; или 17-23 нуклеотидов в длину; или 17-21 нуклеотидов в длину; или 25-30 нуклеотидов в длину; или 25-28 нуклеотидов в длину. Согласно различным вариантам реализации молекул нуклеиновых кислот (например, молекул siНК) согласно настоящему описанию двунитевой участок может иметь 19 нуклеотидов в длину.

[0018] Согласно некоторым вариантам реализации смысловая и антисмысловая цепи нуклеиновой кислоты (например, молекулы нуклеиновой кислоты siНК) согласно настоящему описанию являются отдельными полинуклеотидными цепями. Согласно некоторым вариантам реализации, отдельная антисмысловая и смысловая цепи образуют двухцепочечную структуру посредством водородных связей, например, путем связывания пар оснований по Уотсону-Крику. Согласно некоторым вариантам реализации смысловая и антисмысловая цепи являются отдельными цепями, которые ковалентно связаны друг с другом. Согласно другим вариантам реализации смысловая и антисмысловая цепи являются частью одной цепи полинуклеотидов, имеющей как смысловой, так и антисмысловой участок; согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации указанная полинуклеотидная цепь имеет шпилечную структуру.

[0019] Согласно некоторым вариантам реализации молекула нуклеиновой кислоты (например, молекула siНК) представляет собой молекулу двухцепочечной нуклеиновой кислоты (dsHK), которая имеет симметричные выступающие («липкие») концы и имеет тупой конец с обоих концов. Согласно другим вариантам реализации молекула нуклеиновой кислоты (например, молекула siНК) представляет собой молекулу dsHK, которая имеет симметричные выступающие концы и имеет выступающий конец с обеих сторон молекулы dsHK; предпочтительно указанная молекула имеет выступающие концы длиной 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8 нуклеотидов; предпочтительно молекула имеет выступающие концы из 2 нуклеотидов. Согласно некоторым вариантам реализации выступающие концы представляют собой 5' выступающие концы; согласно другим вариантам реализации выступающие концы представляют собой 3' выступающие концы. Согласно некоторым вариантам реализации нуклеотиды на выступающих концах модифованы с помощью модификаций согласно настоящему описанию. Согласно некоторым вариантам реализации нуклеотиды на выступающих концах представляют собой 2'-дезоксинуклеотиды.

[0020] Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации молекула нуклеиновой кислоты (например, молекула siНК) представляет собой молекулу dsHK, которая является ассимметричной по выступающим концам и имеет тупой конец с на одном конце молекулы и выступающий конец на другом конце молекулы. Согласно некоторым вариантам реализации выступающий конец имеет длину 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8 нуклеотидов; предпочтительно выступающий конец составляет 2 нуклеотида. Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации ассимметричная молекула dsHK имеет 3'-выступающий конец (например, 3'-выступающий конец из 2 нуклеотидов) на одной стороне двунитевого участка, образованного на смысловой цепи, и тупой конец на другом конце молекулы. Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации ассимметричная молекула dsHK имеет 5'-выступающий конец (например, выступающий 5'-конец длиной 2 нуклеотида) на одной стороне дуплекса, образованного на смысловой цепи, и тупой конец на другой стороне молекулы. Согласно другим предпочтительным вариантам реализации ассимметричная молекула dsHK имеет выступающий 3'-конец (например, выступающий 3'-конец длиной 2 нуклеотида) на одной стороне двунитевого участка, образованного на антисмысловой цепи, и тупой конец на другой стороне молекулы. Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации ассимметричная молекула dsHK имеет выступающий 5'-конец (например, выступающий 5'-конец длиной 2 нуклеотида) на одной стороне двунитевого участка, образованного на антисмысловой цепи, и тупой конец на другой стороне молекулы. Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации выступающие концы представляют собой 2'-дезоксинуклеотида.

[0021] Согласно некоторым вариантам реализации молекула нуклеиновой кислоты (например, молекула siНК) имеет шпилечную структуру (имеющую смысловую и антисмысловую цепи на одном полинуклеотиде) со структурой петли на одном конце и тупым концом на втором конце. Согласно некоторым вариантам реализации молекула нуклеиновой кислоты имеет шпилечную структуру со структурой петли на одном конце и выступающим вторым концом (например, выступающим концом длиной 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8 нуклеотидов); согласно некоторым вариантам реализации выступающий конец представляет собой выступающий 3'-конец; согласно некоторым вариантам реализации выступающий конец представляет собой выступающий 5'-конец; согласно некоторым вариантам реализации выступающий конец находится на смысловой цепи; согласно некоторым вариантам реализации выступающий конец находится на антисмысловой цепи.

[0022] Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации молекулу нуклеиновой кислоты выбирают из молекул нуклеиновых кислот, показанных в Таблице 1.

[0023] Молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекула siНК) согласно настоящему описанию могут включать одну или несколько модификаций или модифицированных нуклеотидов, например, согласно настоящему описанию. Например, молекула нуклеиновой кислоты (например, молекула siНК) согласно настоящему описанию может включать модифицированный нуклеотид, имеющий модифицированный остаток сахара; модифицированный нуклеотид, имеющий модифицированное нуклеиновое основание, или модифицированный нуклеотид, имеющий модифицированную фосфатную группу. Аналогично, молекула нуклеиновой кислоты (например, молекула siНК) согласно настоящему описанию может включать модифицированный фосфодиэфирный остов и/или может включать модифицированную концевую фосфатную группу.

[0024] Молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) согласно настоящему описанию могут иметь один или несколько нуклеотидов, которые включают модифицированную сахарную группу, например, согласно настоящему описанию. Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации модифицированную сахарную группу выбирают из группы, состоящей из 2'-O-метила, 2'-метоксиэтокси, 2'-дезокси, 2'-фтора, 2'-аллила, 2'-O-[2-(метиламино)-2-оксиэтила], 4'-тио, 4'-(СН₂)₂-O-2'-мостика, 2'-закрытой нуклеиновой кислоты и 2'-O-(N-метилкарбамата).

[0025] Молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) согласно настоящему описанию могут иметь одно или несколько модифицированных нуклеиновых оснований, например, согласно настоящему описанию, которые предпочтительно могут представлять собой нуклеиновые основания, выбранные из группы, состоящей из ксантина, гипоксантина, 2-аминоаденина, 6-метила и других алкильных производных аденина и гуанина, 2-пропила и других алкильных производных аденина и гуанина, 5-галоурацила и цитозина, 5-пропинилурацила и цитозина, 6-азо урацила, цитозина и тимина, 5-урацила (псевдоурацила), 4-тиоурацила, 8-гало, амино, тиола, тиоалкила, гидроксила и других замещенных в положении 8 аденинов и гуанинов, 5-трифторметила и других 5-замещенных урацилов и цитозинов, 7-метилгуанина и ациклических нуклеотидов.

[0026] Молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) согласно настоящему описанию могут иметь одну или более модификаций фосфодиэфирного остова, например, согласно настоящему описанию. Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации фосфодиэфирная связь модифицирована посредством замещения фофодиэфирной связи на фосфотиоатную, 3'-(или -5')дезокси-3'-(или-5')тио-фосфотиоатную, фосфодитиоатную, фосфоселенатную, 3'-(или -5')дезокси фосфинатную, борано фосфатную, 3'-(или -5')дезокси-3'-(или 5'-)амино фосфоамидатную, гидроген фосфонатную, боранофосфатэфирную, фосфоамидатную, алкил или арил фосфонатную и фосфотриэфирную или фосфористую связи.

[0027] Согласно различным вариантам реализации предлагаемые молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) могут включать одну или несколько модификаций в смысловой цепи, но не в антисмысловой цепи. Согласно некоторым вариантам реализации обеспечиваются молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК), которые включают одну или несколько модификаций в антисмысловой цепи, но не в смысловой цепи. Согласно некоторым вариантам реализации предлагаемые молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) включают одну или несколько модификаций как в смысловой цепи, так и в антисмысловой цепи.

[0028] Согласно некоторым вариантам реализации, в котором предлагаемые молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siНК) имеют модификации, смысловая цепь включает последовательность чередующихся модифицированных и немодифицированных нуклеотидов, и/или антисмысловая цепь включает последовательность чередующихся модифицированных и не модифицированных нуклеотидов; согласно некоторым предпочтительным типам таких вариантов реализации указанная модификация представляет собой 2'-O-метил (2' метокси или 2'ОМе) сахарную группу. Последовательность чередующихся модифицированных и немодифицированных нуклеотидов может начинаться с модифицированного нуклеотида на 5'-конце или 3'-конце одной из цепей; например. Последовательность чередующихся модифицированных и немодифицированных нуклеотидов может начинаться с модифицированного нуклеотида на 5'-конце или 3'-конце смысловой цепи, и/или Последовательность чередующихся модифицированных и немодифицированных нуклеотидов может начинаться с модифицированного нуклеотида на 5'-конце или 3'-конце антисмысловой цепи. Если и антисмысловая и смысловая цепи включают последовательность чередующихся модифицированных нуклеотидов, последовательность модифицированных нуклеотидов может иметь такую конфигурацию, что модифицированные нуклеотиды в смысловой цепи распорложены напротив модифицированных нуклеотидов в антисмысловой цепи, или может происходит сдвиг по фазе в указанной последовательности, такой что модифицированные нуклеотиды смысловой цепи находятся напротив немодифицированных нуклеотидов антисмысловой цепи и наоборот.

[0029] Молекулы нуклеиновых кислот (например, молекулы siHK) согласно настоящему описанию могут включать 1-3 (т.е. 1, 2 или 3) дезоксинуклеотида на 3′-конце смысловой и/или антисмысловой цепи.

[0030] Молекулы нуклеиновой кислоты (например, молекулы siHK) согласно настоящему описанию могут включать фосфатную группу на 5′-конце смысловой и/или антисмысловой цепи.

Согласно одному аспекту обеспечиваются двухцепочечные молекулы нуклеиновой кислоты, имеющие структуру (А1):

(А1) 5′ (N)x-Z 3′ (антисмысловая цепь)

3′ Z′-(N')y-z′′ 5′ (смысловая цепь)

где каждое из N и N′ представляет собой нуклеотид, который может быть немодифицированным или модифицированным, или представляет собой нетрадиционную функциональную группу;

где каждое из (N)x и (N′)y представляет собой олигонуклеотид, в котором каждый следующий N или N′ соединен со следующим N или N′ ковалентной связью;

где каждое из Ζ и Z′ независимости может присутствовать или отсутствовать, но при наличии независимо содержит 1-5 следующих друг за другом нуклеотидов или других функциональных групп или их комбинацию, ковалентно присоединенные к 3′-концу цепи, в которой он присутствует;

где z′′ может присутствовать или отсутствовать, но при наличии представляет собой блокирующую группу, ковалетно присоединенную к 5′-концу (N′)y;

где каждое из x и y независимо представляет собой целое число от 18 до 40; где последовательность (N′)y комплементарна последовательности (N)x; и при этом (N)x включает антисмысловую последовательность к SEQ ID ΝΟ:1. Согласно некоторым вариантам реализации (N)x включает антисмысловой олигонуклеотид, представленный в Таблице А-19. Согласно другим вариантам реализации (N)x выбирают из антисмыслового нуклеотида, представленного в Таблицах D или С.

[0031] Согласно некоторым вариантам реализации ковалентная связь, соединяющая каждые соседние N или N', представляет собой фосфодиэфирную связь.

[0032] Согласно некоторым вариантам реализации x=y, и каждое из x и y равно 19, 20, 21, 22 или 23. Согласно различным вариантам реализации х=у=19.

[0033] Согласно некоторым вариантам реализации молекул нуклеиновых кислот (например, молекул siНК) согласно настоящему описанию двухцепочечная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой siРНК, siНК или miPHK.

[0034] Согласно некоторым вариантам реализации, антисмысловую и смысловую цепи выбирают из пар последовательностей, представленных в SERPINH1_4 (SEQ ID NOS:195 и 220), SERPINH1_2 (SEQ ID NOS:196 и 221), SERPINH1_30 (SEQ ID NOS:199 и 224) и SERPINH1_58 (SEQ ID NOS:208 и 233).

[0035] Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_4 (SEQ ID NOS:195 и 220). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_12 (SEQ ID NOS:196 и 221). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_30 (SEQ ID NOS:199 и 224). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_58 (SEQ ID NOS:208 и 233).

[0036] Согласно некоторым вариантам реализации двухцепочечные молекулы нуклеиновой кислоты содержат ДНК группу или несоответствие мишени в положении 1 антисмысловой цепи (5'-конец). Такая структура описана ниже. Согласно одному варианту реализации обеспечиваются модифицированные молекулы нуклеиновых кислот, имеющие структуру (А2), изложенную ниже:

(А2) 5' N¹-(N)x-Z 3'(антисмысловая цепь)

3' Z'-N²-(N')y-z" 5'(смысловая цепь)

где каждое из N², N и N' представляет собой немодифицированный или модифицированный рибонуклеотид или нетрадиционную группу;

где каждое из (N)x и (N')y представляет собой олигонуклотид, в котором каждый последующий N или N' соединен с прилегающим N или N' ковалентной связью;

где каждый из x и y независимо представляет собой целое число от 17 до 39;

где последовательность (N')y имеет комплементарность последовательности (N)x, и (N)x имеет комплементарность непрерывной последовательности в РНК-мишени;

где N¹ ковалентно соединена с (N)x и не соответствует РНК-мишени или представляет собой ДНК группу, комплементарную РНК-мишени;

где N¹ представляет собой группу, выбранную из группы, состоящей из природного или модифицированного уридина, дезоксирибоуридина, риботимидина, дезоксириботимидина, аденозина или дезоксиаденозина;

где z" может присутствовать или отсутствовать, но при наличии представляет собой блокирующую группу, ковалентно присоединенную к 5'-концу N²-(N')y; и

где каждое из Z и Z' независимо друг от друга присутствует или отсутствует, но при наличии независимо представляет 1-5 последовательных нуклеотидов, последовательных не являющихся нуклеотидами групп или их комбинацию, ковалентно соединенные с 3'-концом цепи, в которой оно присутствует.

[0037] Согласно некоторым вариантам реализации последовательность (N')y полностью комплементарна последовательности (N)x. Согласно различным вариантам реализации последовательность N²-(N')y комплементарна последовательности N¹-(N)x. Согласно некоторым вариантам реализации (N)x содержит антисмысловую последовательность, которая полностью комплементарна приблизительно 17-39 следующим друг за другом нуклеотидам в РНК-мишени. Согласно другим вариантам реализации (N)x содержит антисмысловую последовательность, которая существенно комплементарна приблизительно 17-39 следующим друг за другом нуклеотидам в РНК-мишени.

[0038] Согласно некоторым вариантам реализации N¹ и N² образуют пару оснований по Уотсону-Крику. Согласно некоторым вариантам реализации N¹ и N² образуют пару оснований не по Уотсону-Крику. Согласно некоторым вариантам реализации образуется пара оснований между рибонуклеотидом и дезоксирибонуклеотидом.

[0039] Согласно некоторым вариантам реализации x=y=18, x=y=19 или x=y=20. Согласно предпочтительным вариантам реализации x=y=18. Если х=18 в N¹-(N)x, N¹ обозначает положение 1, и положения 2-19 включены в (N)₁₈. Если у=18 в N²-(N')y, N^2. обозначает положение 19, и положения 1-18 включены в (N')₁₈.

[0040] Согласно некоторым вариантам реализации N¹ ковалентно связано с (N)x и не соответствует РНК-мишени. Согласно различным вариантам реализации N¹ ковалентно связано с (N)x и представляет собой ДНК группу, комплементарную РНК-мишени.

[0041] Согласно некоторьм вариантам реализации уридин в положении 1 антисмысловой цепи замещен на N¹, выбранное из аденозина, дезоксиаденозина, дезоксиуридина (dU), риботимидина или дезокситимидина. Согласно различным вариантам реализации N¹ выбирают из аденозина, дезоксиаденозина или дезоксиуридина.

[0042] Согласно некоторым вариантам реализации гуанозин в положении 1 антисмысловой цепи замещен на N¹, выбранное из аденозина, дезоксиаденозина, уридина, дезоксиуридина, риботимидина или дезокситимидина. Согласно различным вариантам реализации N¹ выбирают из аденозина, дезоксиаденозина, уридина или дезоксиуридина.

[0043] Согласно некоторым вариантам реализации цитидин в положении 1 антисмысловой цепи замещен на N¹, выбранный из аденозина, дезоксиаденозина, уридина, дезоксиуридина, риботимидина или дезокситимидина. Согласно различным вариантам реализации N¹ выбирают из аденозина, дезоксиаденозина, уридина или дезоксиуридина.

[0044] Согласно некоторым вариантам реализации аденозин в положении 1 антисмысловой цепи замещен на N1, выбранный из дезоксиаденозина, дезоксиуридина, риботимидина или дезокситимидина. Согласно различным вариантам реализации N¹ выбирают из дезоксиаденозина или дезоксиуридина.

[0045] Согласно некоторым вариантам реализации N¹ и N² образуют пару оснований между уридином или дезоксиуридином, и аденозином или дезоксиаденозином. Согласно другим вариантам реализации N¹ и N² образуют пару оснований между дезоксиуридином и аденозином.

[0046] Согласно некоторым вариантам реализации двухцепочечная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой siРНК, siНК или miPHK. Двухцепочечные молекулы нуклеиновой кислоты согласно настоящему описанию также обозначают термином «дуплексы».

[0047] Согласно некоторым вариантам реализации (N)x включает антисмысловой олигонуклеотид, представленный в Таблице А-18. Согласно некоторым вариантам реализации x=y=18, и N1-(N)x включает антисмысловой олигонуклеотид, представленный в Таблице А-18. Согласно некоторым вариантам реализации x=y=19 или x=y=20. Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации х=у=18. Согласно некоторым вариантам реализации х=y=18, и последовательности N1-(N)x и N2-(N')y выбирают из пар олигонуклеотидов, представленных в Таблице А-18. Согласно некоторым вариантам реализации х=y=18, и последовательности N1-(N)x и N2-(N')y выбирают из пар олигонуклеотидов, представленных в Таблицах D и Е. Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловую цепь и смысловую цепь выбирают из пар последовательностей, представленных в SERPINH1_2 (SEQ ID NOS:60 и 127), SERPINH1_6 (SEQ ID NOS:63 и 130), SERPINH1_1 (SEQ ID NOS:68 и 135), SERPINH1_3 (SEQ ID NOS:69 и 136), SERPINH1_45 (SEQ ID NOS:97 и 164), SERPINH1_45a (SEQ ID NOS:98 и 165), SERPINH1_51 (SEQ ID NOS:101 и 168), SERPINH1_51a (SEQ ID NOS:105 и 172), SERPINH1_52 (SEQ ID NOS:102 и 169) или SERPINH1_86 (SEQ ID NOS:123 и 190). Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации антисмысловую цепь и смысловую цепь выбирают из пар последовательностей, представленных в SERPINH1_2 (SEQ ID NOS:60 и 127), SERPINH1_6 (SEQ ID NOS:63 и 130), SERPINH1_45a (SEQ ID NOS:98 и 165), SERPINH1_51 (SEQ ID NOS:101 и 168) и SERPINH1_51a (SEQ ID NOS:105 и 172).

[0048] Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации антисмысловую цепь и смысловую цепь выбирают из пар последовательностей, представленных в SERPINH1_2 (SEQ ID NOS:60 и 127). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_6 (SEQ ID NOS:63 и 130). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_11(SEQ ID NOS:68 и 135). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_13 (SEQ ID NOS:69 и 136). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_45 (SEQ ID NOS: 97 и 164). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_45a (SEQ ID NOS: 98 и 165). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_51 (SEQ ID NOS: 101 и 168). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_51a (SEQ ID NOS: 105 and 172). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_52 (SEQ ID NOS: 102 и 169). Согласно некоторым вариантам реализации антисмысловая и смысловая цепи представляют собой пары последовательностей, представленные в SERPINH1_86 (SEQ ID NOS: 123 и 190). Согласно некоторым предпочтительным вариантам реализации антисмысловую цепь и смысловую цепь выбирают из пар последовательностей, представленных в SERPINH1_2 (SEQ ID NOS: 60 и 127), SERPINH1_6 (SEQ ID NOS: 63 и 130), SERPINH1_45a (SEQ ID NOS: 98 и 165), SERPINH1_51 (SEQ ID NOS: 101 и 168) и SERPINH1_51a (SEQ ID NOS: 105 и 172).

[0049] Согласно некоторым вариантам реализации N1 и N2 образуют пару оснований по Уотсону-Крику. Согласно другим вариантам реализации N1 и N2 образуют пару оснований не по Уотсону-Крику. Согласно некоторым вариантам реализации N1 представляет собой модифицированный рибоаденозин или модифицированный рибоуридин.

[0050] Согласно некоторым вариантам реализации N1 и N2 образуют пару оснований по Уотсону-Крику. Согласно другим вариантам реализации N1 и N2 образуют пару оснований не по Уотсону-Крику. Согласно некоторым вариантам реализации N1 выбирают из группы, состоящей из рибоаденозина, модифицированного рибоаденозина, дезоксирибоаденозина, модифицированного дезоксирибоаденозина. Согласно другим вариантам реализации N1 выбирают из группы, состоящей из рибоуридина, дезоксирибоуридина, модифицированного рибоуридина и модифицированного дезоксирибоуридина.

[0051] Согласно некоторым вариантам реализации положение 1 в антисмысловой цепи (5′-конец) содержит дезоксирибоуридин (dU) или аденозин. Согласно некоторым вариантам реализации N1 выбирают из группы, состоящей из рибоаденозина, модифицированного рибоаденозина, дезоксирибоаденозина, модифицированного дезоксирибоаденозина, и N2 выбирают из группы, состоящей из рибоуридина, дезоксирибоуридина, модифицированного рибоуридина и модифицированного дезоксирибоуридина. Согласно некоторым вариантам реализации N1 выбирают из группы, состоящей из рибоаденозина и модифицированного рибоаденозина, и N2 выбирают из группы, состоящей из рибоуридина и модифицированного рибоуридина.

[0052] Согласно некоторым вариантам реализации N1 выбирают из группы,